Cython : "치명적인 오류 : numpy / arrayobject.h : 해당 파일 또는 디렉토리가 없습니다"

나는 대답을 가속화하기 위해 노력하고있어 여기 사이 썬를 사용하여. 코드를 컴파일하려고 시도 했지만 ( herecygwinccompiler.py 설명 된 핵 을 수행 한 후 ) 오류가 발생합니다. 누구나 내 코드에 문제가 있거나 Cython의 난해한 미묘한 부분이 있는지 말해 줄 수 있습니까?fatal error: numpy/arrayobject.h: No such file or directory...compilation terminated

아래는 내 코드입니다.

import numpy as np
import scipy as sp
cimport numpy as np
cimport cython

cdef inline np.ndarray[np.int, ndim=1] fbincount(np.ndarray[np.int_t, ndim=1] x):
    cdef int m = np.amax(x)+1
    cdef int n = x.size
    cdef unsigned int i
    cdef np.ndarray[np.int_t, ndim=1] c = np.zeros(m, dtype=np.int)

    for i in xrange(n):
        c[<unsigned int>x[i]] += 1

    return c

cdef packed struct Point:
    np.float64_t f0, f1

@cython.boundscheck(False)
def sparsemaker(np.ndarray[np.float_t, ndim=2] X not None,
                np.ndarray[np.float_t, ndim=2] Y not None,
                np.ndarray[np.float_t, ndim=2] Z not None):

    cdef np.ndarray[np.float64_t, ndim=1] counts, factor
    cdef np.ndarray[np.int_t, ndim=1] row, col, repeats
    cdef np.ndarray[Point] indices

    cdef int x_, y_

    _, row = np.unique(X, return_inverse=True); x_ = _.size
    _, col = np.unique(Y, return_inverse=True); y_ = _.size
    indices = np.rec.fromarrays([row,col])
    _, repeats = np.unique(indices, return_inverse=True)
    counts = 1. / fbincount(repeats)
    Z.flat *= counts.take(repeats)

    return sp.sparse.csr_matrix((Z.flat,(row,col)), shape=(x_, y_)).toarray()

당신에 setup.py의는 Extension인수가 있어야합니다 include_dirs=[numpy.get_include()].

또한 np.import_array()코드에서 누락되었습니다 .

-

setup.py 예 :

from distutils.core import setup, Extension
from Cython.Build import cythonize
import numpy

setup(
    ext_modules=[
        Extension("my_module", ["my_module.c"],
                  include_dirs=[numpy.get_include()]),
    ],
)

# Or, if you use cythonize() to make the ext_modules list,
# include_dirs can be passed to setup()

setup(
    ext_modules=cythonize("my_module.pyx"),
    include_dirs=[numpy.get_include()]
)    

귀하와 같은 단일 파일 프로젝트의 경우 다른 대안을 사용하는 것 pyximport입니다. 당신은 만들 필요가 없습니다 setup.py당신이 IPython을 사용하는 경우에도 명령 줄을 열려면 당신은 그것을 모두 아주 편리합니다 ... 필요하지 않습니다 .... 귀하의 경우 IPython 또는 일반 Python 스크립트에서 다음 명령을 실행하십시오.

import numpy
import pyximport
pyximport.install(setup_args={"script_args":["--compiler=mingw32"],
                              "include_dirs":numpy.get_include()},
                  reload_support=True)

import my_pyx_module

print my_pyx_module.some_function(...)
...

물론 컴파일러를 편집해야 할 수도 있습니다. .pyx파일 가져 오기 및 다시로드 작업은 파일 작업과 동일 .py합니다.

출처 : http://wiki.cython.org/InstallingOnWindows

이 오류는 컴파일하는 동안 numpy 헤더 파일을 찾을 수 없음을 의미합니다.

을 수행 export CFLAGS=-I/usr/lib/python2.7/site-packages/numpy/core/include/한 다음 컴파일하십시오. 이것은 몇 가지 다른 패키지의 문제입니다. 동일한 문제로 ArchLinux에 버그가 제기되었습니다. https://bugs.archlinux.org/task/22326

간단한 답변

보다 간단한 방법은 파일 경로를 추가하는 것 distutils.cfg입니다. Windows 7의 경로는 기본적으로 C:\Python27\Lib\distutils\입니다. 다음 내용을 주장하면 문제가 해결됩니다.

[build_ext]
include_dirs= C:\Python27\Lib\site-packages\numpy\core\include

전체 구성 파일

구성 파일이 어떻게 생겼는지 예를 들어, 전체 파일은 다음과 같습니다.

[build]
compiler = mingw32

[build_ext]
include_dirs= C:\Python27\Lib\site-packages\numpy\core\include
compiler = mingw32

여기 에 cythonize()언급 된대로 기능 내에서 수행 할 수 있어야 하지만 알려진 문제 가 있기 때문에 작동하지 않습니다.

설정 파일을 작성하고 include 디렉토리의 경로를 파악하기에 너무 게으른 경우 cyper를 시도 하십시오 . Cython 코드를 컴파일하고 설정할 수 있습니다include_dirs 하고 Numpy로 자동 .

코드를 문자열에로드 한 다음 간단히 실행 cymodule = cyper.inline(code_string)하면 함수를 cymodule.sparsemaker즉시 사용할 수 있습니다 . 이 같은

code = open(your_pyx_file).read()
cymodule = cyper.inline(code)

cymodule.sparsemaker(...)
# do what you want with your function

를 통해 cyper를 설치할 수 있습니다 pip install cyper.