메트릭 그래프 이론 데이터베이스 검색 알고리즘


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SIGACT News 의 Chemoinformatics 알고리즘 핸드북에 대한 리뷰를 (느리게) 작성하고 있습니다. 한 장에서는 현재 소프트웨어 구현에 대해 설명하고 데이터베이스 검색 (및 다른 응용 프로그램)은 그래프에 대한 정보를 최대한 활용하지 않는 것 같습니다. 반면에 더 이론적 인 알고리즘은 구현하기가 너무 어려울 수 있습니다. 그래도 잠재적 인 열린 공간 인 것 같습니다.

여기 내 질문이 있습니다.

메트릭 정보가있는 그래프 데이터베이스 알고리즘의 이론 및 구현에 대해 논의하는 개요 (또는 소수의 참고 문헌)가 있습니까? (각 모서리는 거리이며 각 정점에는 부피가 있습니다.) 문제의 화학 무 함유 설명은 다음과 같습니다. 그래프 데이터베이스가 제공되면 특정 하위 그래프가 포함 된 모든 그래프를 찾으십시오.


데이터베이스에 메트릭 정보가있는 것이 얼마나 중요합니까? 바이오 영역에서도 그래프 데이터베이스 검색에 대한 많은 작업이 있지만 볼륨 / 거리 레이블 문제에 대해 잘 모르겠습니다.
Suresh Venkat

귀하의 질문에 대한 답변을 1 ~ 2 주 후에 알려 드리겠습니다. 생물 정보학 문제와의 유사점과 차이점은 아직 명확하지 않습니다.
Aaron Sterling

답변:


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이것은 가중치가없는 경우에도 일반적으로 NP- 완전한 하위 그래프 동 형사상 문제 와 관련이있는 것 같습니다 . 해당 Wikipedia 기사는 특정 경우 효율적으로 해결할 수 있다고 주장합니다.

화학 요법이 생물 정보학과 같은 것이면 어쨌든 노이즈를 처리하기 위해 근사 알고리즘에 관심이있을 것입니다. 또한 응용 프로그램으로 데이터베이스를 조회 할 경우 사전 처리에 대한 영리한 아이디어가있을 수 있습니다.

다음을 찾았습니다 (읽지 않음).

http://www.springerlink.com/content/4751121q3575v041/

http://bioinformatics.oxfordjournals.org/content/23/2/232.full

http://portal.acm.org/citation.cfm?id=1368898

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