백만 개의 정점으로 그래프 시각화

1000000 개의 정점이있는 그래프를 시각화 (정점 및 모서리 그리기)하는 데 가장 적합한 도구는 무엇입니까? 그래프에는 약 50000 개의 가장자리가 있습니다. 개별 정점과 모서리의 위치를 ​​계산할 수 있습니다.

svg를 생성하는 프로그램을 작성하려고합니다. 다른 제안?

또한 매우 강력한 것으로 보이는 Gephi소프트웨어 ( https://gephi.github.io ) 도 제안 합니다 . 사용하는 방법에 대한 몇 가지 추가 정보 Gephi와 함께 대규모 네트워크를 찾을 수 있습니다 여기에 , 더 일반적으로, 그리고 여기 . Cytoscape( http://www.cytoscape.org )는 Gephi복잡한 네트워크 분석 및 시각화를위한 또 다른 인기있는 플랫폼 인 대안 입니다.

R, Python 또는 C / C ++에서 프로그래밍 방식 으로 네트워크 (가상화 포함) 로 작업 하려면 igraph라이브러리 모음을 확인할 수 있습니다 . R에 관해서는 다음과 같은 흥미로운 블로그 게시물을 찾을 수 있습니다. Cytoscape 와 함께 R 을 사용 하고 ( http://www.vesnam.com/Rblog/viznets1 ) R을 Gephi와 함께 사용하는 경우 ( http://www.vesnam.com/ Rblog / viznets2 ).

대한 광범위한 목록 의 네트워크 분석 및 시각화 소프트웨어 일부 비교 및 리뷰를 포함, 당신은 다음 페이지를 확인 할 수 있습니다 : 1) http://wiki.cytoscape.org/Network_analysis_links을 ; 2) http://www.kdnuggets.com/software/social-network-analysis.html ; 3) http://www.activatenetworks.net/social-network-analysis-sna-software-review .

https://gephi.github.io/ 는 백만 개의 가장자리를 처리 할 수 ​​있다고 말합니다. 그래프에 1000000 개의 꼭짓점이 있고 50000 개의 가장자리 만있는 경우 대부분의 꼭짓점에는 가장자리가 없습니다.

실제로 Gephi 사양은 다음과 같은 두 가지 예입니다. "최대 50,000 개의 노드와 1,000,000 개의 네트워크 네트워크"

Gephi메모리 부족 문제가 발생할 수 있으므로 최소 8Gb의 RAM이 필요 하다고 생각 합니다. 가장자리 수는 그리 크지 않지만.

이 경우에 더 적절한 도구는 다음과 같습니다 GraphViz. 네트워크 시각화를위한 명령 줄 도구이며 아마도 그래프 크기에 더 관대 할 것입니다. 또한 내가 기억하는 것처럼 GraphViz계산을 용이하게하기 위해 미리 계산 된 좌표를 사용할 수 있습니다.

GraphViz거대한 그래프와 함께 사용하는 실제 사례를 찾으려고 했지만 성공하지 못했습니다. 나는 전산 과학에 대해 비슷한 토론을 찾았지만 .

다시보고 : 나는 graphml을 코딩하고 시각화를 위해 yEd를 사용했다. 모든 노드의 위치를 ​​계산했기 때문에 메모리는 그리 큰 문제가되지 않았습니다. 가장자리의 위치를 ​​명시 적으로 지정할 필요가 없으므로 graphml 코딩은 svg 코딩과 비교하기가 약간 쉽습니다.

PajekXXL 은 거대한 네트워크를 처리하도록 설계되었습니다. 그러나 Pajek은 또한 직관적이지 않은 인터페이스를 가진 기괴한 프로그램입니다.

Graphexp를 사용하는 것이 좋습니다. Gephi는 컴퓨터의 RAM에 크게 의존하므로 분명히 제한되어 있습니다. 반면 Graphexp는 다른 노드로 이동할 수있는 제한된 수의 노드 만 표시합니다. Graphexp를 UI로 사용하고 Janusgraph를 HBase를 백엔드 스토리지로 사용하여 7 억 개의 정점으로 그래프를 시각화했습니다. https://github.com/bricaud/graphexp

Graphistry를 살펴보면 1Mil 노드와 모서리를 처리 할 수 ​​있습니다.