pydicom을 사용하여 JPEG 압축 DICOM 이미지를 만들려고합니다 . 화려한 DICOM 이미지에 대한 좋은 소스 자료는 여기 에서 찾을 수 있지만 대부분 이론과 C ++입니다. 아래 코드 예제에서 나는 output-raw.dcm
(압축되지 않은) 내부에 옅은 파란색 줄임표를 만듭니다 .
import io
from PIL import Image, ImageDraw
from pydicom.dataset import Dataset
from pydicom.uid import generate_uid, JPEGExtended
from pydicom._storage_sopclass_uids import SecondaryCaptureImageStorage
WIDTH = 100
HEIGHT = 100
def ensure_even(stream):
# Very important for some viewers
if len(stream) % 2:
return stream + b"\x00"
return stream
def bob_ross_magic():
image = Image.new("RGB", (WIDTH, HEIGHT), color="red")
draw = ImageDraw.Draw(image)
draw.rectangle([10, 10, 90, 90], fill="black")
draw.ellipse([30, 20, 70, 80], fill="cyan")
draw.text((11, 11), "Hello", fill=(255, 255, 0))
return image
ds = Dataset()
ds.is_little_endian = True
ds.is_implicit_VR = True
ds.SOPClassUID = SecondaryCaptureImageStorage
ds.SOPInstanceUID = generate_uid()
ds.fix_meta_info()
ds.Modality = "OT"
ds.SamplesPerPixel = 3
ds.BitsAllocated = 8
ds.BitsStored = 8
ds.HighBit = 7
ds.PixelRepresentation = 0
ds.PhotometricInterpretation = "RGB"
ds.Rows = HEIGHT
ds.Columns = WIDTH
image = bob_ross_magic()
ds.PixelData = ensure_even(image.tobytes())
image.save("output.png")
ds.save_as("output-raw.dcm", write_like_original=False) # File is OK
#
# Create compressed image
#
output = io.BytesIO()
image.save(output, format="JPEG")
ds.PixelData = ensure_even(output.getvalue())
ds.PhotometricInterpretation = "YBR_FULL_422"
ds.file_meta.TransferSyntaxUID = JPEGExtended
ds.save_as("output-jpeg.dcm", write_like_original=False) # File is corrupt
결국 압축 된 DICOM을 만들려고합니다. 다양한 전송 구문, PIL을 사용한 압축을 시도했지만 운이 없습니다. 생성 된 DICOM 파일이 손상되었다고 생각합니다. 원시 DICOM 파일을 gdcm-tools로 압축 된 JPEG로 변환하려는 경우 :
$ gdcmconv -J output-raw.dcm output-jpeg.dcm
을 수행하여 dcmdump
이에 변환 된 파일 우리는 내가 pydicom를 사용하여 재생하는 방법을 모르는 흥미로운 구조를 볼 수 있습니다 :
$ dcmdump output-jpeg.dcm
# Dicom-File-Format
# Dicom-Meta-Information-Header
# Used TransferSyntax: Little Endian Explicit
(0002,0000) UL 240 # 4, 1 FileMetaInformationGroupLength
(0002,0001) OB 00\01 # 2, 1 FileMetaInformationVersion
(0002,0002) UI =SecondaryCaptureImageStorage # 26, 1 MediaStorageSOPClassUID
(0002,0003) UI [1.2.826.0.1.3680043.8.498.57577581978474188964358168197934098358] # 64, 1 MediaStorageSOPInstanceUID
(0002,0010) UI =JPEGLossless:Non-hierarchical-1stOrderPrediction # 22, 1 TransferSyntaxUID
(0002,0012) UI [1.2.826.0.1.3680043.2.1143.107.104.103.115.2.8.4] # 48, 1 ImplementationClassUID
(0002,0013) SH [GDCM 2.8.4] # 10, 1 ImplementationVersionName
(0002,0016) AE [gdcmconv] # 8, 1 SourceApplicationEntityTitle
# Dicom-Data-Set
# Used TransferSyntax: JPEG Lossless, Non-hierarchical, 1st Order Prediction
...
... ### How to do the magic below?
...
(7fe0,0010) OB (PixelSequence #=2) # u/l, 1 PixelData
(fffe,e000) pi (no value available) # 0, 1 Item
(fffe,e000) pi ff\d8\ff\ee\00\0e\41\64\6f\62\65\00\64\00\00\00\00\00\ff\c3\00\11... # 4492, 1 Item
(fffe,e0dd) na (SequenceDelimitationItem) # 0, 0 SequenceDelimitationItem
pydicom의 encaps 모듈 을 사용하려고했지만 쓰기가 아닌 데이터를 읽는 데 주로 사용됩니다. 다른 사람 이이 문제를 처리하는 방법,이를 생성 / 인코딩하는 방법에 대한 아이디어가 PixelSequence
있습니까? 외부 도구를 실행하지 않고 일반 Python에서 JPEG 압축 DICOM을 만들고 싶습니다.
PyDicom을 통해 JPEG 압축 이미지를 읽을 수 있습니까?
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norok2
물론 압축을 풀고 읽을 수 있습니다. : 물론, 당신은 여기에 가능한 조합이다, 몇 가지 추가 라이브러리가 설치되어 있어야합니다 pydicom.github.io/pydicom/stable/image_data_handlers.html
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mseimys을
이 사용 사례가 모두 해결 되었습니까? 직접 문서를보고 싶습니다.
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Steven Hart