파이썬을 사용하여 인쇄를 .txt 파일로 리디렉션하고 싶습니다. 'for'루프가 있는데,이 출력을 모두 하나의 파일로 리디렉션하고 싶을 때 각 .bam 파일의 출력을 '인쇄'합니다. 그래서 넣어 보았습니다

 f = open('output.txt','w'); sys.stdout = f

내 스크립트의 시작 부분에. 그러나 .txt 파일에는 아무것도 없습니다. 내 스크립트는 다음과 같습니다

#!/usr/bin/python

import os,sys
import subprocess
import glob
from os import path

f = open('output.txt','w')
sys.stdout = f

path= '/home/xug/nearline/bamfiles'
bamfiles = glob.glob(path + '/*.bam')

for bamfile in bamfiles:
    filename = bamfile.split('/')[-1]
    print 'Filename:', filename
    samtoolsin = subprocess.Popen(["/share/bin/samtools/samtools","view",bamfile],
                                  stdout=subprocess.PIPE,bufsize=1)
    linelist= samtoolsin.stdout.readlines()
    print 'Readlines finished!'
    ........print....
    ........print....

그래서 무엇이 문제입니까? 이 sys.stdout 외에 다른 방법이 있습니까?

내 결과는 다음과 같아야합니다.

Filename: ERR001268.bam
Readlines finished!
Mean: 233
SD: 10
Interval is: (213, 252)

이를 수행하는 가장 확실한 방법은 파일 객체로 인쇄하는 것입니다.

with open('out.txt', 'w') as f:
    print >> f, 'Filename:', filename     # Python 2.x
    print('Filename:', filename, file=f)  # Python 3.x

그러나 stdout을 리디렉션하면 효과가 있습니다. 다음과 같은 일회성 스크립트에 적합합니다.

import sys

orig_stdout = sys.stdout
f = open('out.txt', 'w')
sys.stdout = f

for i in range(2):
    print 'i = ', i

sys.stdout = orig_stdout
f.close()

쉘 자체에서 외부로 리디렉션하는 것도 좋은 방법입니다.

./script.py > out.txt

다른 질문:

스크립트에서 첫 번째 파일 이름은 무엇입니까? 초기화되지 않았습니다.

내 첫 번째 추측은 glob이 bamfile을 찾지 못하므로 for 루프가 실행되지 않는다는 것입니다. 폴더가 있는지 확인하고 스크립트에서 bamfile을 인쇄하십시오.

또한 os.path.join 및 os.path.basename 을 사용하여 경로 및 파일 이름을 조작하십시오.

>>운영자 와 함께 인쇄를 재 지정할 수 있습니다 .

f = open(filename,'w')
print >>f, 'whatever'     # Python 2.x
print('whatever', file=f) # Python 3.x

대부분의 경우 파일에 정상적으로 쓰는 것이 좋습니다.

f.write('whatever')

또는 여러 항목이있는 경우 다음과 같이 공백으로 쓰십시오 print.

f.write(' '.join(('whatever', str(var2), 'etc')))

Python 2 또는 Python 3 API 참조 :

print(*objects, sep=' ', end='\n', file=sys.stdout, flush=False)

파일 인수는 가진 객체 여야 write(string)방법; 그것이없는 경우, 또는 None, sys.stdout이용 될 것이다. 인쇄 된 인수는 텍스트 문자열로 변환되므로 print()이진 모드 파일 객체와 함께 사용할 수 없습니다. 이를 위해 file.write(...)대신 사용하십시오.

이후 파일 객체가 정상적으로 포함 write()방법을, 당신이 할 필요가 전달하는 파일 객체를 인수로.

파일 쓰기 / 덮어 쓰기

with open('file.txt', 'w') as f:
    print('hello world', file=f)

파일에 쓰기 / 추가

with open('file.txt', 'a') as f:
    print('hello world', file=f)

이것은 완벽하게 작동합니다.

import sys
sys.stdout=open("test.txt","w")
print ("hello")
sys.stdout.close()

이제 hello가 test.txt 파일에 작성됩니다. 를 닫 확인 stdout로모그래퍼 close파일에 저장되지 않습니다없이, 컨텐츠를

사용하지 마십시오 print, 사용logging

sys.stdout파일을 가리 키도록 변경할 수는 있지만,이 문제를 처리하는 것은 매우 어수선하고 유연하지 않은 방법입니다. 을 사용하는 대신 모듈을 print사용하십시오 logging.

을 사용 logging하여 원하는대로 인쇄 stdout하거나 출력을 파일에 쓸 수도 있습니다. 당신은 (다른 메시지 수준을 사용할 수 있습니다 critical, error, warning, info, debug), 예를 들어, 콘솔 만에 주요 이슈를 인쇄 할 수 있지만, 여전히 파일에 마이너 코드의 작업을 기록합니다.

간단한 예

Import를 가져 logging와서 logger처리 레벨을 설정하십시오.

import logging
logger = logging.getLogger()
logger.setLevel(logging.DEBUG) # process everything, even if everything isn't printed

stdout으로 인쇄하려면 다음을 수행하십시오.

ch = logging.StreamHandler()
ch.setLevel(logging.INFO) # or any other level
logger.addHandler(ch)

파일에도 쓰려면 (파일에만 쓰려면 마지막 섹션은 건너 뛰십시오) :

fh = logging.FileHandler('myLog.log')
fh.setLevel(logging.DEBUG) # or any level you want
logger.addHandler(fh)

그런 다음 어디에서 사용 하든지 다음 방법 print중 하나를 사용하십시오 logger.

# print(foo)
logger.debug(foo)

# print('finishing processing')
logger.info('finishing processing')

# print('Something may be wrong')
logger.warning('Something may be wrong')

# print('Something is going really bad')
logger.error('Something is going really bad')

더 많은 고급 logging기능을 사용하는 방법에 대한 자세한 내용은 loggingPython 문서에서 훌륭한 자습서를 읽으십시오 .

가장 쉬운 해결책은 파이썬을 통한 것이 아닙니다. 껍질을 통해. 파일의 첫 번째 줄 ( #!/usr/bin/python)에서 유닉스 시스템을 사용하고 있다고 생각합니다. print평소처럼 문장을 사용 하고 스크립트에서 파일을 전혀 열지 마십시오. 파일을 실행할 때 대신

./script.py

파일을 실행하려면

./script.py > <filename>

여기서 <filename>출력을 넣을 파일 이름으로 바꿉니다. >토큰은 다음과 같은 토큰에 의해 기술 된 파일에 설정된 표준 출력으로 (대부분의) 껍질을 알려줍니다.

여기서 언급해야 할 중요한 사항 중 하나는 "script.py"를 실행하기 ./script.py위해 실행 가능해야한다는 것 입니다.

따라서 실행하기 전에이 ./script.py명령을 실행하십시오.

chmod a+x script.py (모든 사용자가 스크립트를 실행 가능하게하십시오)

Linux를 사용하는 경우 tee명령 을 사용하는 것이 좋습니다 . 구현은 다음과 같습니다.

python python_file.py | tee any_file_name.txt

코드에서 아무것도 바꾸고 싶지 않다면 이것이 최선의 해결책이라고 생각합니다. 로거를 구현할 수도 있지만 코드를 약간 변경해야합니다.

이 답변이 마음에 들지 않을 수도 있지만 정답이라고 생각합니다. 반드시 필요한 경우가 아니면 stdout 대상을 변경하지 마십시오 (stdout에만 출력되는 라이브러리를 사용하고 있습니까?

나는 좋은 습관으로 미리 데이터를 문자열로 준비한 다음 파일을 열고 모든 것을 한 번에 작성해야한다고 생각합니다. 이는 입력 / 출력 조작이 파일 핸들을 더 오래 열면이 파일에 오류가 발생할 가능성이 높기 때문입니다 (파일 잠금 오류, i / o 오류 등). 한 번의 작업으로 모든 작업을 수행하면 언제 잘못되었는지 의심 할 여지가 없습니다.

예를 들면 다음과 같습니다.

out_lines = []
for bamfile in bamfiles:
    filename = bamfile.split('/')[-1]
    out_lines.append('Filename: %s' % filename)
    samtoolsin = subprocess.Popen(["/share/bin/samtools/samtools","view",bamfile],
                                  stdout=subprocess.PIPE,bufsize=1)
    linelist= samtoolsin.stdout.readlines()
    print 'Readlines finished!'
    out_lines.extend(linelist)
    out_lines.append('\n')

그런 다음 목록 항목 당 한 줄씩 "데이터 라인"을 모두 수집하면 일부 '\n'문자 와 결합 하여 모든 것을 출력 가능하게 만들 수 있습니다. with추가 안전을 위해 출력 명령문을 블록으로 감쌀 수도 있습니다 (문제가 발생하더라도 출력 핸들을 자동으로 닫습니다).

out_string = '\n'.join(out_lines)
out_filename = 'myfile.txt'
with open(out_filename, 'w') as outf:
    outf.write(out_string)
print "YAY MY STDOUT IS UNTAINTED!!!"

당신이 쓰기에 많은 데이터를 가지고 그러나, 당신은 할 수 그것을 한 번에 하나 개의 조각을 작성합니다. 귀하의 응용 프로그램과 관련이 있다고 생각하지 않지만 여기에 대안이 있습니다.

out_filename = 'myfile.txt'
outf = open(out_filename, 'w')
for bamfile in bamfiles:
    filename = bamfile.split('/')[-1]
    outf.write('Filename: %s' % filename)
    samtoolsin = subprocess.Popen(["/share/bin/samtools/samtools","view",bamfile],
                                  stdout=subprocess.PIPE,bufsize=1)
    mydata = samtoolsin.stdout.read()
    outf.write(mydata)
outf.close()

리디렉션 stdout이 문제에 도움이된다면 Gringo Suave의 답변 은이를 수행하는 방법에 대한 좋은 데모입니다.

더 쉽게 하기 위해 나는 문을 사용하여 간결한 일반 호출 구문에 컨텍스트 관리자 를 사용하는 버전을 만들었습니다 with.

from contextlib import contextmanager
import sys

@contextmanager
def redirected_stdout(outstream):
    orig_stdout = sys.stdout
    try:
        sys.stdout = outstream
        yield
    finally:
        sys.stdout = orig_stdout

그것을 사용하려면 다음을 수행하십시오 (Suave의 예에서 파생 됨).

with open('out.txt', 'w') as outfile:
    with redirected_stdout(outfile):
        for i in range(2):
            print('i =', i)

print모듈이 원하지 않는 방식으로 모듈을 사용할 때 선택적으로 리디렉션 하는 데 유용합니다 . 유일한 단점 (그리고 이것은 많은 상황에서 다루기 힘든 것입니다)은 값이 다른 여러 스레드를 원할 경우 작동하지 않지만 stdout더 나은보다 일반적인 방법 인 간접 모듈 액세스가 필요하다는 것입니다. 이 질문에 대한 다른 답변에서 구현을 볼 수 있습니다.

sys.stdout 값을 변경하면 인쇄 할 모든 호출의 대상이 변경됩니다. 다른 방법으로 인쇄 대상을 변경하면 동일한 결과가 나타납니다.

당신의 버그는 다른 곳에 있습니다 :

• 질문을 위해 제거한 코드에있을 수 있습니다 (호출을 열려면 파일 이름이 어디에서 왔습니까?)
• 데이터가 플러시되기를 기다리지 않을 수도 있습니다. 터미널에 인쇄하면 매 줄마다 데이터가 플러시되지만 파일로 인쇄하면 stdout 버퍼가 가득 찼을 때만 플러시됩니다 (4096 바이트) 대부분의 시스템에서).

루프에 대한 인쇄 기능을 확장하는 것

x = 0
while x <=5:
    x = x + 1
    with open('outputEis.txt', 'a') as f:
        print(x, file=f)
    f.close()