R의 Sankey 다이어그램?

R의 Sankey Diagram을 사용하여 데이터 흐름을 시각화하려고합니다.

이 블로그 게시물이 Sankey 다이어그램을 생성하는 R 스크립트에 연결되어 있음을 발견 했습니다 . 안타깝게도 상당히 원시적이며 다소 제한적입니다 (샘플 코드 및 데이터는 아래 참조).

누구든지 더 개발 된 다른 스크립트 또는 패키지에 대해 알고 있습니까? 내 최종 목표는 Sankey Diagrams 예제 에서와 같이 다이어그램 구성 요소의 상대적 크기별로 데이터 흐름과 백분율을 시각화하는 것입니다 .

나는 r-help list에 다소 비슷한 질문을 올렸지 만, 아무런 응답도없이 2 주 후에 나는 여기서 내 행운을 시도하고있다.

고마워, 에릭

추신. 저는 Parallel Sets Plot을 알고 있지만 제가 찾고있는 것은 아닙니다.

# thanks to, https://tonybreyal.wordpress.com/2011/11/24/source_https-sourcing-an-r-script-from-github/
  sourc.https     <- function(url, ...) {
# install and load the RCurl package 
if (match('RCurl', nomatch=0, installed.packages()[,1])==0) {
  install.packages(c("RCurl"), dependencies = TRUE)
  require(RCurl)  
} else require(RCurl)    

# parse and evaluate each .R script
  sapply(c(url, ...), function(u) {
    eval(parse(text = getURL(u, followlocation = TRUE, 
    cainfo  = system.file("CurlSSL", "cacert.pem", 
    package = "RCurl"))), envir = .GlobalEnv)
 } )
 }

# from https://gist.github.com/1423501
sourc.https("https://raw.github.com/gist/1423501/55b3c6f11e4918cb6264492528b1ad01c429e581/Sankey.R")

# My example (there is another example inside Sankey.R):
inputs = c(6, 144)
losses = c(6,47,14,7, 7, 35, 34)
unit = "n ="

labels = c("Transfers",
           "Referrals\n",
           "Unable to Engage",
           "Consultation only",
           "Did not complete the intake",
           "Did not engage in Treatment",
           "Discontinued Mid-Treatment",
           "Completed Treatment",
           "Active in \nTreatment")

SankeyR(inputs,losses,unit,labels)

# Clean up my mess
rm("inputs", "labels", "losses", "SankeyR", "sourc.https", "unit")

위 코드로 생성 된 Sankey Diagram,

이 플롯은 networkD3패키지를 통해 생성 할 수 있습니다 . 대화 형 sankey 다이어그램을 만들 수 있습니다. 여기에서 예를 찾을 수 있습니다 . 또한 스크린 샷을 추가하여 어떻게 생겼는지 알 수 있습니다.

# Load package
library(networkD3)

# Load energy projection data
# Load energy projection data
URL <- paste0(
        "https://cdn.rawgit.com/christophergandrud/networkD3/",
        "master/JSONdata/energy.json")
Energy <- jsonlite::fromJSON(URL)
# Plot
sankeyNetwork(Links = Energy$links, Nodes = Energy$nodes, Source = "source",
             Target = "target", Value = "value", NodeID = "name",
             units = "TWh", fontSize = 12, nodeWidth = 30)

Sankey 함수와 약간 다르지만 기능이 겹치는 패키지 ( riverplot )를 만들었으며 다음 과 같은 플롯을 생성 할 수 있습니다.

R로하고 싶다면, 최고의 입찰가는 @Roman 제안 인 것 같습니다 . SankeyR 기능을 해킹하세요 . 예를 들어-아래는 내 매우 빠른 수정 사항입니다. 레이블을 수직으로 맞추고, slighlty 오프셋을 적용하고, 입력 참조 용 글꼴을 줄여 좀 더보기 좋게 만듭니다. 이 수정은 SankeyR 함수 의 171 및 223 행만 변경 합니다.

    #line171 - change oversized font size of input label
    fontsize = max(0.5,frInputs[j]*1.5)#1.5 instead of 2.5 

    #line223 - srt changes from 35 to 90 to orient labels vertically, 
    #and offset adjusts them to get better alignment with arrows
    text(txtX, txtY, fullLabel, cex=fontsize, pos=4, srt=90, offset=0.1)

나는 삼각법의 에이스가 아니지만, 이것은 화살표의 방향을 바꾸는 데 정말로 필요한 것입니다. 그것은 내 관점에서 이상적 일 것입니다. 만약 당신이 화살표가 수직이 아니라 수평으로 향하도록 루스 화살표를 조정할 수 있다면. 그렇지 않으면 내 솔루션이 레이블 방향 문제를 해결하는 이유는 다이어그램을 훨씬 더 읽기 쉽게 만들지 않습니다.

이외에도 rCharts , Sankey의 도면 이제 R로 생성 될 수 googleVis (버전> = 0.5.0). 예 를 들어이 게시물 에서는 googleVis를 사용하여 다음 다이어그램을 생성하는 방법을 설명합니다.

R 충적패키지도이 작업을 수행합니다 (에서 ?alluvial).

# install.packages(c("alluvial"), dependencies = TRUE)
require(alluvial)

# Titanic data
tit <- as.data.frame(Titanic)

# 4d
alluvial( tit[,1:4], freq=tit$Freq, border=NA,
     hide = tit$Freq < quantile(tit$Freq, .50),
     col=ifelse( tit$Class == "3rd" & tit$Sex == "Male", "red", "gray") )

plotly 는 networkD3패키지 ( 예제 링크 ) 와 동일한 전력 을가 집니다 .

이러한 정의로 판단 할 때이 기능은 병렬 집합 플롯과 같이 흐름을 분할하고 결합 할 수있는 능력이 부족합니다 (즉, 하나 이상의 전환을 통해).

이후 Sankey 다이어그램 가중 그래프 관한 같은 패키지 qgraph을 유용 할 수 있습니다.

이 SankeyR기능은 텍스트가 겹치지 않고 화살표 머리에 더 가깝게 배치되므로 손실을 내림차순으로 정렬하면 더 명확한 레이블을 제공합니다.

//sankeybuilder.com 은 시간이 지남에 따라 데이터를 업로드하고 변형을 재생할 수있는 즉시 사용할 수있는 솔루션을 제공 하므로 살펴보십시오 . 전환이 잘 작동합니다 (귀하의 질문에있는 YouTube 데모와 유사). SankeyTrend 데모를로드하면 많은 시간 슬롯 (데이터 연도)이 포함됩니다. 로드되면 (자동으로 sankeys 빌드) 시간 슬롯을 재생하기 위해 페이지의 오른쪽 상단 모서리에있는 재생 버튼을 클릭하면 시간을 일시 중지하고 다시 시작할 수도 있습니다. 데모 URL : SankeyTrend 이것이 완벽한 Sankey 다이어그램을 찾는 데 도움이 되기를 바랍니다.

완성도를 위해 ggalluvial패키지 도 있습니다 .ggplot2 extension 위해 충적 / Sankey 다이어그램 용 .

다음은 패키지 문서에서 가져온 예입니다.

# devtools::install_github("corybrunson/ggalluvial", ref = "optimization")
library(ggalluvial)

titanic_wide <- data.frame(Titanic)
ggplot(data = titanic_wide,
       aes(axis1 = Class, axis2 = Sex, axis3 = Age,
           y = Freq)) +
  scale_x_discrete(limits = c("Class", "Sex", "Age"), expand = c(.1, .05)) +
  xlab("Demographic") +
  geom_alluvium(aes(fill = Survived)) +
  geom_stratum() + geom_text(stat = "stratum", label.strata = TRUE) +
  theme_minimal() +
  ggtitle("passengers on the maiden voyage of the Titanic",
          "stratified by demographics and survival") +
  theme(legend.position = 'bottom')

ggplot(titanic_wide,
       aes(y = Freq,
           axis1 = Survived, axis2 = Sex, axis3 = Class)) +
  geom_alluvium(aes(fill = Class),
                width = 0, knot.pos = 0, reverse = FALSE) +
  guides(fill = FALSE) +
  geom_stratum(width = 1/8, reverse = FALSE) +
  geom_text(stat = "stratum", label.strata = TRUE, reverse = FALSE) +
  scale_x_continuous(expand = c(0, 0), 
                     breaks = 1:3, labels = c("Survived", "Sex", "Class")) +
  scale_y_discrete(expand = c(0, 0)) +
  coord_flip() +
  ggtitle("Titanic survival by class and sex")

^{reprex 패키지 (v0.2.1.9000)에 의해 2018-11-13에 생성됨}

워크 플로 단계를 시각화하기 위해 충적 다이어그램을 사용하는 오픈 소스 패키지입니다. 충적 형태가 사용될 때 역사가 유지되기 때문에 가장자리에 교차가 없습니다.

https://github.com/claytontstanley/shiny.alluvial