소프트웨어를 강조하는 논문 출판 장소

소프트웨어는 전산 과학의 기본 부분이며 과학 기록의 필수 부분으로 점차 인식되고 있습니다. 기존의 잘 테스트 된 코드를 사용하는 것의 가치를 감안할 때 유용한 코드의 존재를 가능한 한 널리 알리고 제작자에게 크레딧을주는 것이 좋습니다. 학업 환경에서 이것은 주로 소프트웨어에 중점을 둔 논문을 출판하는 것을 의미합니다.

전산 소프트웨어에 중점을 둔 학술 저작물을 어디에서 출판 할 수 있습니까? 완전히 명확하게하기 위해, 나는 새로운 수학, 알고리즘 등을 포함하지 않을 수있는 저작물을 언급하고 있습니다. 그것들은 실제로 소프트웨어에 중점을두고 있습니다.

또한 이러한 논문을이 저널에 제출 한 사람들, 경험이 어떤지, 어떤 장소를 추천했는지에 관심이 있습니다.

주어진 답변 요약 :

• 수학적 소프트웨어 거래
• 과학 프로그래밍
• 과학 컴퓨팅 (SISC) 소프트웨어에 대한 SIAM 저널 섹션
• 수치 소프트웨어의 아카이브
• 공개 연구 계산
• 컴퓨터 물리 통신
• 엔지니어링 소프트웨어의 발전
• 통계 소프트웨어 저널
• 화학 이론 및 계산 저널
• 생물학 및 의학 소스 코드
• 하나를 PLoS
• 양자 화학의 국제 저널
• 역학
• 과학 및 공학 컴퓨팅
• 전산 화학 저널
• 지구과학 모델 개발
• 기계 학습 연구 저널
• 수학적 프로그래밍 계산
• 오픈 소스 소프트웨어 저널

다른 응용 분야별 저널 (예 : Journal of Computational Physics 또는 Computer Physics Communications) 과 같이 알고리즘 및이를 구현하는 데 사용되는 소프트웨어에 대한 기사를 허용하는 저널이 있습니다. 화학 분야에 종사 하고 있다면 Journal of Chemical Theory and Computation 이 고려해야 할 또 다른 저널 일 수 있습니다. 이 모든 것들이 패키지를 게시 할 수있게 해줍니다. 내가 사용한 코드를 보았습니다. 컴퓨터 및 화학 공학 에서는 소프트웨어 구현 용지를 사용할 수 있지만 "증분"용지가 될 수없는 독창적 인 작업이 필요합니다.

엔지니어링 소프트웨어의 발전은 좋은 것이며 응용 프로그램은 매우 다양합니다.

통계 소프트웨어의 저널은 소프트웨어에 초점을 맞추고 다른 하나이지만, 응용 프로그램 별이다. 이 중 많은 R.

나는 이것들 중 어느 것에도 출판 한 적이 없다고 덧붙여 야한다. 그래서 나는 그 경험에 대해 말할 수는 없지만, 나는 그것들을 따르고 기사들이 좋은 품질임을 알게된다.

몇 가지 소프트웨어 논문을 발표했습니다. 하나는 생물학 및 의학의 BMC 소스 코드- 멀티 스케일 시스템 면역학 프로젝트 : 게놈 기반 협회 연구의 SNP 데이터를 위한 세포 기반 면역 학적 시뮬레이션 및 PLoS ONE- SNPpy- 데이터베이스 관리 용 소프트웨어입니다 .

이들은 매우 다른 두 프로젝트입니다. 전자는 면역학 시스템을 모델링하기 위해 작성된 시뮬레이션 에이전트 기반 시스템이므로 계산 생물학에 속합니다. 후자는 GWAS 컨텍스트에서 SNP 데이터를 관리하기위한 데이터베이스 기반 시스템이므로 생물 정보학에 속합니다.

출판 경험이있는 한, 대기 시간은 수학 논문에 비해 낮았으므로 좋았습니다. 평가자들은 나에게 힘든 시간을주지 않았다. 단점은 소프트웨어 페이퍼를 출판하는 데 시간이 많이 걸리는 것입니다. 사용자 문서는 말할 것도없고 처리 할 종이와 코드베이스가 있습니다.

내가 혼란 스러웠던 한 가지는 리뷰어가 실제로 소프트웨어를 실행하려고 시도한 증거가 거의없고 코드 설계를 이해했거나 코드를 보았던 증거가 없다는 것입니다. 위의 두 저널에는 각각 두 개의 검토 자 보고서가 있습니다. 전자 (BMC)의 경우, 한 리뷰어는 소프트웨어를 설치 / 실행하려고했지만 실패했지만 (우리가 해결 한 문제) 네 가지 리뷰 중 실제 소프트웨어에 대해 구체적으로 언급 한 유일한 리뷰였습니다. 대부분의 의견은 논문에서 내가 한 과학적 문제와 해결 요점에 대해 더 일반적이었습니다. 전반적으로, 나는 리뷰어들이 대부분 신문을 읽은 느낌을 받았습니다. 이상적인 세계에서 검토자는 성능, 종속성, 이식성, 확장 성 및 테스트. SNPpy의 검토 자들은 이식성과 확장성에 대해 질문했습니다. 논문에서 소프트웨어가 휴대 가능하고 확장 가능하다고 주장했지만 실제로 코드를 보지 않았다고 생각합니다. 공평하게, 사소한 코드베이스가 무엇인지에 대한 아이디어를 얻는 것은 어려운 일이며, 아마도 무급 검토 자에게 합리적으로 기대할 수있는 것 이상입니다.

이 두 논문 모두에 LaTeX를 사용했습니다. PLoS의 경우, 실제로 LaTeX를 사용하지 않고 일부 변환 프로그램을 실행하고 있었기 때문에 원고가 원하는 방식으로 보이도록 후프를 뛰어 넘었습니다. PLoS는 TikZ를 사용하여 수행 한 내 그림을 변환하는 것을 망쳤습니다. PLoS가 원고 증명을 제공하지 않는다는 점도 주목할 가치가 있습니다.

전산 화학 저널 (특별 기사 장)과 양자 화학의 국제 저널은 소프트웨어와 알고리즘에 대한 보고서.

내가 아직이 목록에서 보지 못한 두 가지는 어느 시점에서 나 외에 다른 사람에게 관심이있을 수있는 미국 전염병학 및 역학 저널입니다 .

역학 학자들이 관심을 갖고있는 무언가를 달성하기 위해 영리한 소프트웨어를 작성했다면, 그들은 그것을 잘 게시 할 수 있습니다. SAS 매크로에 대한 최근의 짧은 기사를 통해 좀 더 복잡한 통계 분석, 결합 점 회귀를 수행하는 프로그램 및 방향성 비순환 그래프를 사용하여 일부 필드 관련 작업을 수행했습니다.

언급 된 출판물 중 하나 판명이 있었다 역학 : http://journals.lww.com/epidem/Fulltext/2011/09000/DAGitty__A_Graphical_Tool_for_Analyzing_Causal.22.aspx

내가 의심하고 의심하는 저널 은 소프트웨어에 관한 기사를 찾고 있다고 말하지 않습니다. 소프트웨어가 아닌 분야의 분야별 저널은 무엇입니까?하지만 소프트웨어를 포함한 분석은 드문 일이 아니며 링크는 전적으로 소프트웨어 제품에 중점을 둔 기사.

AJE :

역학적 또는 통계적 방법의 실제 적용 (예 : 통계 기법의 구현 또는 인터뷰 전략의 평가)을 다루는 논문은 역학 실습 섹션에 게시됩니다.

역학 : 위 기사는 편지로 출판되었습니다. 친근한 동료 나 현장에 관심이있는 사람이 있다면 소프트웨어 검토도받습니다.

나는 그들이 코드로 전자 보충제를 장려한다는 사실을 알고 있으며 적어도 Github 저장소에 대한 링크로 뭔가를 검토했습니다.

Geoscientific Model Development 는이 목적을위한 공개 액세스 저널입니다. 유럽 ​​지구 물리학 연합의 다른 저널과 마찬가지로 공개 검토 프로세스가 있습니다.

JMLR (Journal of Machine Learning Research)에는 '기계 학습 오픈 소스 소프트웨어'트랙이 있습니다. 상당히 선택적입니다 (좋은 생각입니다). 저널은 전적으로 무료이며 (저자와 독자에게) 자원 봉사자들이 운영했습니다.

수학적 최적화 협회는 최근 저널을 시작했습니다

수학적 프로그래밍 계산

"목표 및 범위"에서 :

수학적 프로그래밍 계산 (MPC)은 수학적 최적화에서 계산 문제를 다루는 독창적 인 연구 논문을 발표합니다. 기사는 혁신적인 소프트웨어, 비교 테스트, 모델링 환경, 데이터 라이브러리 및 / 또는 응용 프로그램에 대해보고합니다. 저널의 주요 특징은 제출 된 원고와 함께 소프트웨어 및 데이터를 포함하는 것입니다.

주제와 관련하여 그들은 다음과 같이 씁니다.

MPC에서 다루는 주제에는 선형 프로그래밍, 볼록 최적화, 비선형 최적화, 확률 적 최적화, 강력한 최적화, 정수 프로그래밍, 조합 최적화, 글로벌 최적화, 네트워크 알고리즘 및 모델링 언어가 포함됩니다.

과학 및 공학에서의 컴퓨팅 은 또 다른 옵션입니다. 과학 저널 (참조 된 특집 기사 포함)과 잡지 (참조되지 않은 일반 열 포함)의 하이브리드입니다. 독자들이 흥미로울만한 기사를 발간합니다. 소프트웨어에 관한 기사는 소프트웨어 자체보다 더 많은 사람들에게 유용한 흥미로운 자료, 예를 들어 사용 된 특정 기술에 관한 기사를 포함해야한다.

아마이 잡지의 편집위원회 회원이라고 덧붙여 야합니다.

과학 프로그래밍 은 과학 소프트웨어 작성에 사용되는 프로그래밍 기술에 중점을 둘 수있는 옵션입니다. (공개 : 저는 편집 자문위원회에 있습니다.)

응용 분야별 저널이 있습니다

컴퓨터 및 지구과학, 컴퓨터 및 유체, 컴퓨터 및 구조물,

기타