독점 라이브러리가 필요한 경우 재현 가능한 연구를 수행하는 가장 좋은 방법은 무엇입니까?

재현 가능한 계산 연구는 다른 논문에서 계산 논문의 결과를 생성하는 데 필요한 코드를 다른 연구원들이 이용할 수 있도록하여이 코드를 실행하여 해당 논문의 결과를 재현 할 수 있도록하는 것을 목표로합니다. 두 논문은 내가 사용에 대한 사내 자동 차별화 패키지 (라고하고 있어요 : 내 연구의 재현을 모두하고 싶습니다,하지만 난하다가 조금 실행 해요 DAEPACK을 (독점 라이브러리) CHEMKIN- II ; 라이센스 조건이 명확하지 않음).

이러한 소프트웨어 구성 요소를 오픈 소스 버전으로 교체하는 데 시간이 오래 걸립니다. CHEMKIN-II의 오픈 소스 대체는 Cantera 이지만 Cantera는 C ++에 있고 CHEMKIN-II는 Fortran 77에 있습니다. Cantera 코드를 충분히 수정하여 자동으로 처리 할 수 ​​있도록 많은 노력이 필요합니다 C ++를위한 차별화 도구.

이러한 독점 패키지가 필요하다는 것을 감안할 때, 연구원들이 CHEMKIN-II에 접근 할 수 없다고 가정 할 때 연구를 가능한 한 재현 할 수있는 가장 좋은 방법은 무엇입니까? DAEPACK은 소스 간 번역기이므로 반드시 DAEPACK을 배포 할 필요는 없습니다. 파생 상품을 계산하는 Fortran 소스 파일 인 출력을 포함 할 수 있습니다.

보다 일반적으로, 작업에 독점 소프트웨어가 필요하고 해당 독점 소프트웨어를 광범위하게 사용할 수없는 경우 (예 : MATLAB, Mathematica 등) 작업을 어떻게 재현 할 수 있습니까?

"재생 가능한 연구"의 정의는 저자가 얻은 결과를 재현하는 데 필요한 모든 도구를 무료로 제공해야한다고 생각하지 않습니다. 그중 일부가 독점적 인 경우 필요한 소프트웨어를 획득하기 위해 계약을 작성하는 것은 저자가 아닌 미래의 사용자에게 달려 있습니다. (다른 사람이 결과를 재현 할 수 있도록 소프트웨어를 구축 할 필요는 없 겠는가?) 물론 사용한 독점 소프트웨어의 릴리즈를 정확하게 지정해야 할 책임이 있지만, 기대하는 것은 부당합니다. 당신은 오픈 소스 소프트웨어 연구 코드가 호환되도록하는 단지 는 오픈 소스이기 때문이다.

[일부 소프트웨어가 독점적 일 때 소프트웨어의 재현성에 대해 이야기하는 것 외에도 더 근본적인 문제를 먼저 해결해야한다고 생각합니다. 소프트웨어는 다른 설치 환경 (예 : 다른 아키텍처 및 예를 들어, 프로세서 수의 차이로 인한 반올림 오차와 할당 차이는 많은 분자 시뮬레이션 계산이 할당에 포함 된 프로세서 수를 변경하는 것만으로도 다른 결과를 제공함을 의미합니다 (통계 평균은 동일해야 함). 장소, 그러나 궤도는 아마도 매우 다를 수 있습니다.)]

"재생 가능한 연구"란 동료 독자와 과학자들이 결과를 완전히 재현하기 위해 "실행"(또는 컴파일 또는 무엇을해야 함)을 클릭해야한다는 의견을 들어 본 적이 없습니다. 그렇지 않다면 독점 통계 분석 패키지를 사용하는 사람의 연구를 중단 시키거나, 패션에서 벗어난 플랫폼이나 언어로 제작 된 경우 "복제 할 수없는"것이됩니다. 또는 그 문제로 누군가 누군가 코드를 재생하고 싶지만 사용하는 언어를 이해 / 사용하지 못합니다.

CrossValidated는 주제에 대해 비슷한 토론을했습니다. "재생 가능"이란 데이터에 대한 분석을 복제 할 수 있거나 실험 자체를 처음부터 다시 실행할 수 있으며 확인 결과를 제공 할 수 있음을 의미합니다. 링크는 다음과 같습니다 : /stats/14999/how-are-we-defining-reproducible-research

더 중요한 요소는 충분히 관심이있는 사람 이 코딩 할 수있는 수준에서 수행 한 작업 을 설명 하는 것이며 상업적 도구를 사용하는 경우 해당 도구를 언급하는 것입니다. 실험 복제와 코드 오류를 다시 확인하는 데 도움이되기 때문입니다.

귀하가 사용한 코드를 전혀 배포 할 권한이없는 경우에는 알고리즘에 대한 자세한 설명이 최선일 수 있습니다. 코드가 얼마나 복잡한 지에 따라 누군가는 사용 가능한 도구를 통해 원하는 코드를 재생할 수 있습니다.

그렇지 않으면, 주위에 물어보고 당신이 풀어 놓은 작품의 양을 확인한 다음 풀어 놓으십시오.

재현 가능한 연구를 수행하는 가장 좋은 방법은 특정 플랫폼의 특정 코드와 같이 수명이 짧은 것에 의존하지 않는 것입니다. 어제 우리는 구멍을 뚫은 카드로, 오늘날 실리콘으로 된 전자에서, 내일은 단백질이나 심지어 살아있는 세포가있는 레이저에서, 내일은 양자점으로, 다음 주에는 무엇이 될지 누가 알 수 있는지 계산했습니다.

재현 가능한 연구는 개념과 아이디어를 명확하게하고 연구 결과를 재현하기 위해 하드웨어 나 소프트웨어와 같은 현재 사용 가능한 도구를 전제 조건으로 홍보하지 않아야합니다. 사용 된 알고리즘은 명확한 보편적 형태로 상세해야한다. 특정 하드웨어, 컴파일러 또는 소프트웨어 패키지의 현재 버전은 연구 결과를 보여주는 도구로만 사용할 수 있습니다.

생성 된 포트란 코드를 게시하는 것은 귀하의 경우에 아주 좋은 솔루션 인 것 같습니다.

일반적으로 게시되지 않은 소프트웨어의 사용은 재현 가능한 연구 목표와 호환되지 않는다고 생각합니다. 이것이 바로 재현 가능한 연구를 즉시 적용해야하는 것이 아니라 장기 목표로 보는 이유 중 하나입니다.

Elsevier에서 일합니다. 우리 회사는 저널 이슈에서 실행 가능한 Paper Grand Challenge에 대한 응답으로 개발 된 Collage 프레임 워크를 사용하여 저자가 기사와 함께 실행 가능한 코드를 게시 할 수있게했습니다. 이 기능을 통해 독자는 기사에보고 된 결과를보다 쉽게 ​​재현하고 출판 된 자료를 자신의 연구에 재사용 할 수 있습니다. Collage은 오픈 소스 소프트웨어 외에도 다양한 독점 소프트웨어를 지원합니다. 자세한 내용은 여기 의 정보 비디오 및 콜라주 제작 환경 웹 사이트 에서 확인할 수 있습니다 .