14 저는 분자 역학 (MD) 시뮬레이션을 처음 사용합니다. 시뮬레이션 시간 측면에서 분자 역학 시뮬레이션의 복잡성은 무엇입니까? 다시 말해, 시뮬레이션 시간을 10 나노초에서 20 나노초로 늘리려면 런타임 증가와 관련하여 무엇을 기대할 수 있습니까? molecular-dynamics complexity — 다니엘 스탠리 지 소스
16 분자 역학 시뮬레이션은 O(n)시뮬레이션 된 시간 길이에서 선형 ( )입니다 (단일 타임 스텝 (Δ의 tΔ티)는 변경되지 않습니다). 각 타임 스텝은 이전 구성에만 의존하기 때문에 (그리고 그 이전의 것은 아님) 타임 스텝 수를 늘리면 시간이 선형으로 증가합니다. — 브라이언 딕스 소스 6 또한 시뮬레이션 된 시스템 크기 측면에서 복잡성은 일반적으로 PME와 같은 수정 된 정전기를 사용하지 않을 때 O (n ^ 2)로 확장됩니다. — Keith Callenberg 1 @KeithCallenberg 사실입니다. 질문이 묻지 않았기 때문에 언급하지 않았습니다. 으로 확장 말을 더 완전 할 수있는 O(n^2)O(t)곳 n크기 (입자의 수를)이며, t시간 간격 (시간의 길이마다 단계의 크기로 나눈 시뮬레이션 된)의 수이다. — 브라이언 딕스 1 그것보다 조금 더 복잡하지 않습니까? 컷오프없이 시스템을 연구하는 경우 O (N ^ 2) 여야합니다. 메시 기반 접근 방식의 컷오프 또는 충전 시스템이있는 충전되지 않은 시스템을 수행하는 경우 O (N log N)입니다. — aeismail