답변:
생물 정보학에 Perl을 유용하게 만드는 이유는 1) 비교적 배우기 쉬운 언어, 2) bioPerl을 포함한 기존 스크립트가 많이 있으며 3) 수백 개의 스크립트와 모듈이있는 실험실이 될 가능성이 있다는 것입니다. 이미 Perl로 작성되었습니다.
프로그래머의 수준은 언어의 선택과 관련이 없으며 그 다음에 요구되는 작업입니다. 고급 또는 계산 비용이 많이 드는 작업은 일반적으로 Java 또는 C로 작성되며 클러스터에서 실행됩니다.
생물 정보학에 대해 이해해야 할 한 가지는 다양한 분야이며, 그것을 수행하는 사람들에게 다양한 과제가 제기된다는 것입니다. 하루에 Perl, R 및 Java를 사용하는 것은 드문 일이 아닙니다. 스크립트 스크립팅, 파일 이동, 다운로드, 기본 데이터 분석 등, 데이터 시각화를위한 R, 알고리즘 계산 / 응용 프로그램 작업 및 수정을위한 Java를위한 Perl. 즉, 내가하는 대부분의 작업은 Perl을 사용해야하지만 루비로 전환하고 싶습니다. 루비에는 고급 기능, 람다 및 프로세서가있어보다 간결한 코드로 이어질 수 있으며 완전히 객체 지향적입니다.
Perl의 고유 한 미덕을 제외하면 이것의 일부는 단순히 역사입니다. 인간 게놈 프로젝트로 인해 세기 초에 생물 정보학이 크게 확장되었습니다. 당시 Perl은 지금까지 가장 널리 사용되는 스크립트 언어 였습니다 . 루비와 파이썬은 확실히 있었지만 오늘날 그들이하는 지원 / 마인드 쉐어는 거의 없었습니다. 이것은 Perl에게 많은 운동량을 주었다.
생물 정보학에서 Perl의 사용이 감소하고 있으며 R의 인기가 급격히 증가하고 있다고 생각합니다. 그러나 이름을 지정하려는 모든 언어에 대해 해당 정보를 사용하는 생물 정보학 실험실을 찾을 수 있습니다.
나는 그들 중 많은 사람들이 요점을 놓쳤다 고 생각하면서 여기에 대답을 추가 할 것입니다 ...
Perl은 원래 텍스트 처리 언어이므로 생물 정보학에서 널리 사용 됩니다 .
펄은 쉽게 할 수 있습니다 :
또한 다음과 같은 이점이 있습니다.
C와 동등한 속도로 실행되는 처리 프로그램을 만들 수는 없지만 개발 시간은 훨씬 열등하며 텍스트 처리 ( 강력한 정규 표현식 , 누구?) 와 관련하여 배터리가 포함되어 있어 쉽게 사용할 수 있습니다. 이러한 작업을 해결하기 위해 랩 컨텍스트에서 선택하여 사용합니다.
또한 분명히 :
그러나 Perl에 대한 생물 정보학 (일반적으로 과학적인) 확장과 모듈이 너무 많은 이유는 위에 주어진 이유 때문입니다. 대부분의 경우, 언어의 디자인과 능력은 언어가 작업에 거의 완벽하게 맞습니다 (많은 원한이 원한을 가질 수 있음).
이 모든 것 때문에 Perl은 과학적 연구에있어 특히 경쟁자가되며 특히 처리 할 데이터가 주로 텍스트 형식 인 분야에서 경쟁자가됩니다.
물론 다른 언어가 등장하여 다른 이유로 (시장력을 높이고 가독성을 높이고, 모호한 해킹과 전문가를위한 라이너를 피하는 등의 이유로) 시장 점유율을 주장하지만 특정 측면에서 여전히 Perl과 경쟁합니다 (Ruby is 예를 들어 데이터 처리 속도가 느리기 때문에 학습 속도가 빠릅니다). 따라서 텍스트 형식, 빠른 연구주기 및 점점 커지고있는 점점 더 큰 데이터 (감사, 유전체학 및 NGS)를 다루는 생물 정보학 (또는 NLP) 영역에서 Perl은 여전히 관련성이 높습니다.
실제로 maple_shaft , Charles 및 geoffjentry 의 의견을 보았습니다.이 의견은 정규 표현식의 중요성도 언급했기 때문에 모든 사람이 이것을 간과하지 않았습니다. :)