질문 : 나는이 생태 선택 모델 (그림 2) 예상보다 훨씬 남쪽 산 중앙 낮다 "산"-allele 주파수 (그림 1)을 준수하는지 확인하는 테스트를 만들 수있는 방법 ( 자세한 내용은 아래를 참조하십시오 )?
문제점 : 저의 초기 생각은 위도 : 경도 및 고도에 대한 모형 잔차를 회귀하는 것입니다 (위도와 경도 사이의 상호 작용 만 중요 함). 문제는 잔차 (그림 3)가 모델에 의해 설명되지 않은 변형을 반영 할 수 있고 그리고 / 또는 그것들이 생물학적으로 발생하고 있다는 것입니다. 관측 된 (그림 1) 대 예상 된 (대표 2) 산 대립 유전자 빈도를 비교하면 특히 스웨덴과 노르웨이의 중앙 산과 남쪽 산에서 뚜렷한 차이가 있습니다. 모델이 모든 변형을 설명 할 수는 없지만 산 대립이 남쪽 산의 중앙에서 잠재력에 도달하지 않았다는 아이디어를 탐색하기 위해 합리적인 테스트를 수행 할 수 있습니까?
배경: 나는 스칸디나비아 반도의 저지대 서식지와 산 (및 위도 : 경도)과 관련된 빈도 분포를 보이는 이중 대립 AFLP 마커를 가지고 있습니다 (그림 1). "산"대립 유전자는 북쪽에 거의 고정되어 있으며 산이 많다. 산이 결여 된 남쪽의 "대지"대립 유전자에 대해서는 거의 결석하거나 고정되어있다. 산에서 북쪽에서 남쪽으로 움직일 때 "산"대립 유전자는 더 낮은 빈도로 발생합니다. 북쪽에서 남쪽으로의 "산"대립 유전자 빈도의 차이는이 지역이 북쪽과 남쪽에서 식민지로 되었기 때문에 단순히 물리학 또는 역사적 과정으로 인한 것일 수 있습니다. 예를 들어, 산 대립 유전자가 북부 인구에서 시작된 경우 남부 인구로 완전히 확장 할 시간이 없었을 수 있습니다.
나의 작업 가설은 "산"대립 유전자 빈도가 생태 선택의 결과라는 것이다 (널 가설은 중립 선택이다).
생태 선택 모델의 경우, 이항 대립 유전자 빈도 를 반응 변수 (각각 사이트에서 일반적으로 10-20 명의 개체가 샘플링 된 Fennoscandinavia에서 샘플링 된 129 개 사이트) 및 여러 기후 및 성장 계절 변수로 일반 첨가 모델 (GAM)을 사용 했습니다. 예측 변수 모델 결과는 다음과 같습니다 (TMAX04-06 = 4 월 -6 월의 최고 온도, Phen_NPPMN = 평균 성장 계절 식물 생산성, PET_HE_YR = 연간 잠재적 증발산, Dist_Coast = 해안까지의 거리) :
Family: binomial
Link function: logit
Formula: Binomial_WW1 ~ s(TMAX_04) + s(TMAX_05) + s(TMAX_06) + s(Phen_NPPMN) +
s(PET_HE_YR) + s(Dist_Coast)
Parametric coefficients:
Estimate Std. Error z value Pr(>|z|)
(Intercept) -0.74372 0.04736 -15.7 <2e-16 ***
---
Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1
Approximate significance of smooth terms:
edf Ref.df Chi.sq p-value
s(TMAX_04) 3.8100 4.812 25.729 9.43e-05 ***
s(TMAX_05) 0.8601 1.000 5.887 0.01526 *
s(TMAX_06) 0.8862 1.000 7.644 0.00569 **
s(Phen_NPPMN) 6.2177 7.375 39.028 3.16e-06 ***
s(PET_HE_YR) 3.1882 4.147 18.039 0.00145 **
s(Dist_Coast) 2.2882 2.857 9.725 0.01906 *
---
Signif. codes: 0 ‘***’ 0.001 ‘**’ 0.01 ‘*’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1
R-sq.(adj) = 0.909 Deviance explained = 89.7%
REML score = 326.73 Scale est. = 1 n = 129
그림 1. 이중 대립 AFLP 마커에 대해 관찰 된 "산"대립 유전자 빈도. 등고선 0.1 주파수 간격, 색상 음영은 파란색이 가장 낮고 빨간색이 가장 높습니다.
그림 2. 이중 대립 AFLP 마커에 대해 예측 된 "산"대립 유전자 빈도. 등고선 0.1 주파수 간격, 색상 음영은 파란색이 가장 낮고 빨간색이 가장 높습니다.
그림 3. 생태 학적 선택 모델 (GAM 사용) 잔차는 전체 연구 지역 (Fennoscandinavia)과 노르웨이, 스웨덴 및 핀란드에 대해 별도로 분류되었습니다. 빨간색 파선은 다른 AFLP 마커에서 유추 된 북부와 남부 인구 사이의 2 차 접촉 구역을 나타내며 아프리카의 별도의 동계에서 자란 깃털의 안정한 동위 원소 분석입니다. 가는 검은 색 점선은 영역의 중심입니다.