유전자 목록의 농축을 테스트하기 위해 어떤 통계 테스트를 사용해야합니까?


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특정 DNA 손상 제에 대한 세포 민감도를 테스트하는 실험을 수행했습니다. 본 발명자들은 약물에 특이 적으로 민감한 270 개의 유전자를 발견하였으며 분석 된 총 유전자 수는 3668 개였다. 270 개의 민감한 유전자 중 38 개가 "DNA 복구 유전자"로 분류되었다. 게놈에 포함 된 "DNA 복구 유전자"의 수가 112이고 게놈의 총 유전자 수가 3668 인 경우, 민감한 유전자가 DNA 복구 유전자를 풍부하게 하는가? 어떤 통계 테스트를 사용해야합니까? 온라인으로 p- 값을 계산하는 도구를 말해 주시면 감사하겠습니다.

답변:


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유전자 목록의 농축을 테스트하는 표준 실습은 초 지오메트리 테스트 또는 동일하게 일측 피셔의 정확한 테스트를 수행하는 것 입니다. 당신은 다음을 가지고 있습니다2×2 우발 사태 표 :

DNA RepairOtherSensitive38232270Not Sensitive74332433981123556

R다음과 같이 테스트를 수행 할 수 있습니다 .

fisher.test(matrix(c(38,74,232,3324),nrow=2,ncol=2),alternative="greater")

매우 중요한 결과를 제공합니다.

Fisher's Exact Test for Count Data

data:  matrix(c(38, 74, 232, 3324), nrow = 2, ncol = 2) 
p-value < 2.2e-16
alternative hypothesis: true odds ratio is greater than 1 
95 percent confidence interval:
5.062107      Inf 
sample estimates:
odds ratio 
7.34918

과다 표현 (과소 표현이 아닌)을 테스트 할 때 alternative매개 변수는로 설정됩니다 "greater".


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답변 해 주셔서 감사합니다. 또한 Fisher'exact 테스트는 분석에 좋은 방법이 될 수 있습니다. 테스트하고 싶은 다른 기능 클래스에 대한 결과를 수행 할 통계 소프트웨어가 없습니다. 모든 소수점 이하의 p 값을 얻는 "온라인"도구를 알고 있습니까?
Laura

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R은 무료로 다운로드 할 수 있습니다. r-project.org를 참조하십시오 . 따라서 소프트웨어가 없어도됩니다 (온라인 계산 방법이 필요하다고 생각하는 것은 잘못된 것입니다). 그러나 조금만 검색하면 이러한 것들을 스스로 찾을 수 있습니다. 좋은 질문에 대해서는 stats.stackexchange.com/help/how-to-ask 에서 조언을 참조하십시오 .
Nick Cox

@Nick 귀하의 조언은 훌륭하지만 포스터의 특징으로 삼지 마십시오. 이러한 문구는 공격으로 너무 쉽게 오해되므로 의도하지 않은 것입니다. 따라서 귀하의 의견에서 예비 문구를 제거했습니다 (정보가 추가되지 않았습니다).
whuber

이를위한 훌륭한 온라인 도구는 다음과 같습니다. mathcelebrity.com/fishers_exact_test.php

정확히 계산되는 것을 과도하게 표현하여 추가로 설명해 주시겠습니까?
sdgaw erzswer
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