유전자 목록의 농축을 테스트하기 위해 어떤 통계 테스트를 사용해야합니까?

특정 DNA 손상 제에 대한 세포 민감도를 테스트하는 실험을 수행했습니다. 본 발명자들은 약물에 특이 적으로 민감한 270 개의 유전자를 발견하였으며 분석 된 총 유전자 수는 3668 개였다. 270 개의 민감한 유전자 중 38 개가 "DNA 복구 유전자"로 분류되었다. 게놈에 포함 된 "DNA 복구 유전자"의 수가 112이고 게놈의 총 유전자 수가 3668 인 경우, 민감한 유전자가 DNA 복구 유전자를 풍부하게 하는가? 어떤 통계 테스트를 사용해야합니까? 온라인으로 p- 값을 계산하는 도구를 말해 주시면 감사하겠습니다.

biostatistics

— 로라
소스

유전자 목록의 농축을 테스트하는 표준 실습은 초 지오메트리 테스트 또는 동일하게 일측 피셔의 정확한 테스트를 수행하는 것 입니다. 당신은 다음을 가지고 있습니다 $2\times2$ 우발 사태 표 :

\begin{matrix} DNA Repair & Other \\ Sensitive & 38 & 232 & 270 \\ Not Sensitive & 74 & 3324 & 3398 \\ 112 & 3556 \end{matrix}

$\array{& \text{DNA Repair} & \text{Other} \\\text{Sensitive} & 38 & 232 & 270\\\text{Not Sensitive} & 74 & 3324 & 3398 \\ & 112 & 3556}$

R다음과 같이 테스트를 수행 할 수 있습니다 .

fisher.test(matrix(c(38,74,232,3324),nrow=2,ncol=2),alternative="greater")

매우 중요한 결과를 제공합니다.

Fisher's Exact Test for Count Data

data:  matrix(c(38, 74, 232, 3324), nrow = 2, ncol = 2) 
p-value < 2.2e-16
alternative hypothesis: true odds ratio is greater than 1 
95 percent confidence interval:
5.062107      Inf 
sample estimates:
odds ratio 
7.34918

과다 표현 (과소 표현이 아닌)을 테스트 할 때 alternative매개 변수는로 설정됩니다 "greater".

— 버크
소스

답변 해 주셔서 감사합니다. 또한 Fisher'exact 테스트는 분석에 좋은 방법이 될 수 있습니다. 테스트하고 싶은 다른 기능 클래스에 대한 결과를 수행 할 통계 소프트웨어가 없습니다. 모든 소수점 이하의 p 값을 얻는 "온라인"도구를 알고 있습니까?

— Laura

R은 무료로 다운로드 할 수 있습니다. r-project.org를 참조하십시오 . 따라서 소프트웨어가 없어도됩니다 (온라인 계산 방법이 필요하다고 생각하는 것은 잘못된 것입니다). 그러나 조금만 검색하면 이러한 것들을 스스로 찾을 수 있습니다. 좋은 질문에 대해서는 stats.stackexchange.com/help/how-to-ask 에서 조언을 참조하십시오 .

— Nick Cox

@Nick 귀하의 조언은 훌륭하지만 포스터의 특징으로 삼지 마십시오. 이러한 문구는 공격으로 너무 쉽게 오해되므로 의도하지 않은 것입니다. 따라서 귀하의 의견에서 예비 문구를 제거했습니다 (정보가 추가되지 않았습니다).

— whuber

이를위한 훌륭한 온라인 도구는 다음과 같습니다. mathcelebrity.com/fishers_exact_test.php

정확히 계산되는 것을 과도하게 표현하여 추가로 설명해 주시겠습니까?

— sdgaw erzswer