DNA 시퀀서 문제


11

나는 최근에 MinION USB 게놈 (DNA) 시퀀서를 얻었습니다. 실망스럽게도 우분투에서 제대로 작동하지 않는 것 같습니다.

우분투 12.04 릴리스를 사용하고 있습니다. 시퀀서는 동봉 된 스크립트 / 드라이버에 의해 올바르게 감지되지만 샘플을 감지하지 못하는 것 같습니다.

프로세스의 스크린 샷을 첨부하고 있습니다. 어떤 도움이라도 대단히 감사하겠습니다!

여기에 이미지 설명을 입력하십시오


1
gksu
nanofarad

장치가 / var / log / syslog 또는 다른 유용한 메시지를 표시합니까?
Christian

답변:


2

장치가 스크립트에 의해 올바르게 감지되면 문제가 우분투 문제가 아닌 유전자 시퀀서 측면에있는 것 같습니다. 교정 루틴과 같은 다른 기능을 위해 시퀀서와 통신 할 수있는 다른 유틸리티가 있습니까? 우분투가 컴퓨터와 통신하여 다른 작업을 수행 할 수 있다면 컴퓨터가 아닌 유전자 시퀀서에 문제가 있다고 생각합니다. 사용 가능한 소프트웨어가있는 경우 다른 운영 체제를 사용해보십시오. 마지막으로 시퀀서에 최신 펌웨어가 있고 연결에 사용중인 소프트웨어가 최신인지 확인하십시오.


내가 추측 할 다른 것이 있습니다. 즉, 쉘에서 실행하면 우선 순위를 최대한 활용하지 못할 수 있습니다. 이것은 그리드에서 허용되기 전에 완전한 인증이 필요한 Oxford nanopore 시퀀서입니다. 그는 샘플을 실행하고 액세스하기에 충분한 정보가 없습니다. 이것이 바로 제 생각입니다.
all4naija 2016 년

이것은 독립적 인 DNA 시퀀서입니다. 인터페이스는 제공된 스크립트가 말하고있는 정상적인 USB 직렬 포트 어댑터 일 가능성이 높습니다. 제대로 작동하는 것 같습니다. 나는 문제가 컴퓨터와의 인터페이스가 아니라 시퀀서 끝 부분에 있다고 생각합니다. GridION은 "클라우드 컴퓨팅"플랫폼이 아니며, 더 큰 작업을위한 병렬 유전자 배열입니다.
Adrian

더 많은 정보를 원하시면 : nanoporetech.com/technology/the-gridion-system/…
all4naija

1

거친 추측 : 권한 문제 일 수 있습니까? 일부 장치는 일반 사용자로 실행될 때 일부 작업에는 문제없이 작동하지만 root다른 작업을 수행 하려면 권한이 필요 합니다. 따라서 sudo ./gseq도움이되는지 시도 하고 볼 수 있습니다 . 그래도 도움이되지만 항상 실행하고 싶지 않은 root경우 장치 파일을 추적하고 권한을 변경하여 일반 계정을 사용하여 장치에 액세스 할 수 있습니다. 이것은 아마도 udev 규칙을 만드는 것을 포함 할 것입니다. 이 솔루션은 약간 긴 샷이므로 여기서는 다루지 않습니다.


0

장치의 6 시간 수명이 초과되었을 수 있습니까? 장치 오류 또는 프로세스 문제 일 가능성이 높습니다. 프로그램이 장치와 통신하고있는 것으로 보이므로이 문제를 해결하려면 MinION 기술 지원이 주 담당자가되어야합니다.

크리스

당사 사이트를 사용함과 동시에 당사의 쿠키 정책개인정보 보호정책을 읽고 이해하였음을 인정하는 것으로 간주합니다.
Licensed under cc by-sa 3.0 with attribution required.