OSError : [Errno 2] juncBASE에 해당 파일 또는 디렉토리가 없습니다


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나는 파이썬에 익숙하지 않고 juncBase에 의한 대안 스 플라이 싱 디스커버리를하고 싶지만 juncBase 매뉴얼의 첫 번째 단계에서 오류가 있습니다.

sabah@sabah-virtual-machine:~/juncBase/juncBASE_v0.6 $ python2.7 runCufflinks.py -i IlluminaHBM_2.0_samp2test_bam.txt --txt_ref UCSC.hg19.knownGene_w_gene_symbol_EnsemblChr.gtf --out_dir /home/sabah/juncBase/juncBASE_v0.6/out --num_processes 2
cufflinks -o /home/sabah/juncBase/juncBASE_v0.6/out/kidney_cufflinks -g UCSC.hg19.knownGene_w_gene_symbol_EnsemblChr.gtf -u kidney.bam
Traceback (most recent call last):
  File "runCufflinks.py", line 242, in <module>
    if __name__ == "__main__": main()
  File "runCufflinks.py", line 201, in main
    Popen(cmd, shell=True, executable=SHELL)
  File "/usr/lib/python2.7/subprocess.py", line 710, in __init__
    errread, errwrite)
  File "/usr/lib/python2.7/subprocess.py", line 1335, in _execute_child
    raise child_exception
OSError: [Errno 2] No such file or directory

도와 줄래? 내가 입력하면 python2.7 runCufflinks.py이 명령의 인수가 표시됩니다.

답변:


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파이썬이 언급 된 파일을 찾을 수 없습니다. 소스 코드와 매뉴얼을 보면 다음과 같이 언급됩니다.

bam 파일의 전체 경로를 지정하기 위해이 파일 [IlluminaHBM_2.0_samp2test_bam.txt]를 수정해야 할 수도 있습니다.

따라서 귀하의 경우 테스트 파일을 다운로드하지 않았거나 다음과 같이 IlluminaHBM_2.0_samp2test_bam.txt 를 편집해야 할 수도 있습니다 :

kidney  /home/sabah/juncBase/juncBASE_v0.6/kidney.bam
breast  /home/sabah/juncBase/juncBASE_v0.6/breast.bam
adrenal /home/sabah/juncBase/juncBASE_v0.6/adrenal.bam
colon   /home/sabah/juncBase/juncBASE_v0.6/colon.bam
lung    /home/sabah/juncBase/juncBASE_v0.6/lung.bam
liver   /home/sabah/juncBase/juncBASE_v0.6/liver.bam

업데이트 : 내 문제는 1이어야하는 num_processes 인수였습니다.
Hassan
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