한 파일에서 다른 파일로 나열된 패턴 찾기

한 파일에 나열된 패턴을 찾아 다른 파일에서 찾고 싶습니다. 두 번째 파일에는 쉼표로 구분 된 패턴이 있습니다.

예를 들어 첫 번째 파일 F1에는 유전자가 있습니다

ENSG00000187546
ENSG00000113492  
ENSG00000166971

두 번째 파일 F2에는 필요한 유전자가 몇 개 더 있고 (5 개 열)

 region     gene           chromosome  start       end

 intronic   ENSG00000135870 1   173921301   173921301
intergenic  ENSG00000166971(dist=56181),ENSG00000103494(dist=37091) 16 53594504    53594504
ncRNA_intronic  ENSG00000215231 5   5039185 5039185
intronic    ENSG00000157890 15  66353740    66353740

따라서 두 번째 파일에있는 ENSG00000166971 유전자는 쉼표로 구분 된 다른 유전자가 있으므로 grep에 표시되지 않습니다.

내 코드는 다음과 같습니다

grep -f "F1.txt" "F2.txt" >output.txt

그 값 중 하나가 있고 그와 관련된 데이터가 있더라도 그 값을 원합니다.이를 수행 할 방법이 있습니까?

어떤 버전 grep을 사용하고 있습니까? 코드를 시도한 결과는 다음과 같습니다.

$ grep -f file1 file2
ENSG00000187546
ENSG00000113492
ENSG00000166971,ENSG00000186106

일치하는 결과 만 원하는 경우 grep의 -o스위치를 사용하여 일치하는 항목 만보고 할 수 있습니다 .

$ grep -o -f file1 file2 
ENSG00000187546
ENSG00000113492
ENSG00000166971

그렙 버전

$ grep --version
grep (GNU grep) 2.14
Copyright (C) 2012 Free Software Foundation, Inc.
License GPLv3+: GNU GPL version 3 or later <http://gnu.org/licenses/gpl.html>.
This is free software: you are free to change and redistribute it.
There is NO WARRANTY, to the extent permitted by law.

Written by Mike Haertel and others, see <http://git.sv.gnu.org/cgit/grep.git/tree/AUTHORS>.

F1.txt에서 삐걱 거리는 문자?

이것을 더 디버깅하는 동안 나는 파일의 두 번째 줄 끝에 여러 가지 흩어진 공간을 발견했다 F1.txt. 를 사용하여 볼 수 있습니다 hexdump.

$ hexdump -C ff1
00000000  45 4e 53 47 30 30 30 30  30 31 38 37 35 34 36 0a  |ENSG00000187546.|
00000010  45 4e 53 47 30 30 30 30  30 31 31 33 34 39 32 20  |ENSG00000113492 |
00000020  20 0a 45 4e 53 47 30 30  30 30 30 31 36 36 39 37  | .ENSG0000016697|
00000030  31 0a                                             |1.|
00000032

ASCII 코드 20으로 표시됩니다 32 20 20 0a. 여기에서 해당 코드를 볼 수 있습니다 .