내 디렉토리에 R 3.3.1을 설치하는 방법

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이것은 다소 중복되는 질문 이지만 ( 내 디렉토리에 설치된 R에 대한 PATH 설정 방법 참조 ) 새 버전의 R에서 새로운 문제가 발생했습니다.

내 디렉토리에 새로운 버전의 R (R 3.3.1)을 설치하려고했습니다. 이전 설치 흐름을 따랐습니다.

그러나 나는 전에 없었던 문제를 만났습니다. 

./configure --prefix=$HOME/Programme/R-3.3.1 
.......
checking for zlib.h... yes
checking if zlib version >= 1.2.5... no
checking whether zlib support suffices... configure: error: zlib library and headers are required

zlib 버전이 너무 낮아서 zlib의 현재 버전을 설치했습니다. 

tar xvf zlib-1.2.11.tar.gz
cd zlib-1.2.11
 ./configure --prefix=$HOME/Programme/zlib-1.2.11
make && make install

그런 다음 R과 같이 다시 구성을 시도했습니다. 

./configure --prefix=$HOME/Programme/R-3.3.1 --enable-R-shlib LDFLAGS="-L/$HOME/Programme/zlib-1.2.11/lib" CPPFLAGS="-I/$HOME/Programme/zlib-1.2.11/include"

여전히 나는 같은 오류가 있었다 :

checking if zlib version >= 1.2.5... no
checking whether zlib support suffices... configure: error: zlib library and headers are required

그런 다음 누군가 R의 구성 파일을 수정하여 문제를 우회 한 것을 보았습니다.
이 예제를 따라 zlib 오류를 해결했습니다. 그러나 다른 오류가 발생했습니다. 간단히 말해서 다른 종속 라이브러리를 설치했습니다.

tar xvf zlib-1.2.11.tar.gz
cd zlib-1.2.11
./configure --prefix=$HOME$Programme/zlib-1.2.11
make && make install

tar zxvf bzip2-1.0.6.tar.gz
cd bzip2-1.0.6
make -f Makefile-libbz2_so
make clean
# modify the Makefile (original: CC=gcc after modification: CC=gcc -fPIC) as suggested [here][2]
make 
make install PREFIX=/opt/bzip2-1.0.6

tar zxvf xz-5.2.3.tar.gz
cd /root/xz-5.2.3
./configure --prefix=$HOME/Programme/xz-5.2.3
make -j3
make install

tar zxvf pcre-8.40.tar.gz
cd /root/pcre-8.40
./configure  --prefix=$HOME/Programme/pcre-8.40  --enable-utf8
make -j3 && make install

tar zxvf curl-7.52.1.tar.gz
cd /root/curl-7.52.1
./configure  --prefix=$HOME/Programme/curl-7.52.1
make && make install

./configure --prefix=$HOME/Programme/R-3.3.1 --enable-R-shlib LDFLAGS="-L/$HOME/Programme/zlib-1.2.11/lib -L/$HOME/Programme/bzip2-1.0.6/lib -L/$HOME/Programme/xz-5.2.3/lib -L/$HOME/Programme/pcre-8.40/lib -L/$HOME/Programme/curl-7.52.1/lib" CPPFLAGS="-I/$HOME/Programme/zlib-1.2.11/include -I/$HOME/Programme/bzip2-1.0.6/include -I/$HOME/Programme/xz-5.2.3/include -I/$HOME/Programme/pcre-8.40/include -I/$HOME/Programme/curl-7.52.1/include"

구성이 작동하는 것 같습니다.

R is now configured for x86_64-pc-linux-gnu

  Source directory:          .
  Installation directory:    $HOME/Programme/R-3.3.1

  C compiler:                gcc -std=gnu99  -g -O2
  Fortran 77 compiler:       gfortran  -g -O2

  C++ compiler:              g++  -g -O2
  C++11 compiler:            g++  -std=c++0x -g -O2
  Fortran 90/95 compiler:    gfortran -g -O2
  Obj-C compiler:         

  Interfaces supported:      X11, tcltk
  External libraries:        readline, curl
  Additional capabilities:   PNG, JPEG, NLS, cairo, ICU
  Options enabled:           shared R library, shared BLAS, R profiling

  Capabilities skipped:      TIFF
  Options not enabled:       memory profiling
  Recommended packages:      yes

하지만 내가 전화하면 

make && make install

여전히 "make"는 끝날 때까지 만들 수 없습니다. 

...
  gcc -std=gnu99 -Wl,--export-dynamic -fopenmp  -L../../lib -L//HOME/Programme/zlib-1.2.11/lib -L//HOME/Programme/bzip2-1.0.6/lib -L//HOME/Programme/xz-5.2.3/lib -L//HOME/Programme/pcre-8.40/lib -L//HOME/Programme/curl-7.52.1/lib -o R.bin Rmain.o  -lR -lRblas
/usr/bin/ld: warning: libpcre.so.1, needed by ../../lib/libR.so, not found (try using -rpath or -rpath-link)
/usr/bin/ld: warning: liblzma.so.5, needed by ../../lib/libR.so, not found (try using -rpath or -rpath-link)
../../lib/libR.so: undefined reference to `pcre_fullinfo'
../../lib/libR.so: undefined reference to `lzma_lzma_preset@XZ_5.0'
../../lib/libR.so: undefined reference to `lzma_alone_decoder@XZ_5.0'
../../lib/libR.so: undefined reference to `lzma_crc64@XZ_5.0'
../../lib/libR.so: undefined reference to `lzma_raw_encoder@XZ_5.0'
../../lib/libR.so: undefined reference to `pcre_config'
../../lib/libR.so: undefined reference to `lzma_code@XZ_5.0'
../../lib/libR.so: undefined reference to `lzma_stream_decoder@XZ_5.0'
../../lib/libR.so: undefined reference to `pcre_free'
../../lib/libR.so: undefined reference to `lzma_raw_decoder@XZ_5.0'
../../lib/libR.so: undefined reference to `pcre_exec'
../../lib/libR.so: undefined reference to `lzma_version_string@XZ_5.0'
../../lib/libR.so: undefined reference to `pcre_maketables'
../../lib/libR.so: undefined reference to `lzma_stream_encoder@XZ_5.0'
../../lib/libR.so: undefined reference to `pcre_compile'
../../lib/libR.so: undefined reference to `pcre_study'
../../lib/libR.so: undefined reference to `pcre_version'
../../lib/libR.so: undefined reference to `lzma_end@XZ_5.0'
collect2: error: ld returned 1 exit status

...
make: *** [R] Error 1

후속 조치 : thrig의 제안에 따라 아래 행을 .cshrc 파일에 추가했습니다. 

setenv LD_LIBRARY_PATH $HOME/Programme/pcre-8.40/lib
setenv LD_LIBRARY_PATH $HOME/Programme/xz-5.2.3/lib

과 

source .cshrc

문제 해결됨!

software-installation  configure  r 
— 준
소스
--prefix=$HOME/Programme그리고 -L/$HOME/Programme/zlib-1.2.11/lib다른 두 가지 모습은 여기서 실제로 ZLIB입니까? (그리고 *.pc파일 과 함께 제공 되므로 사용할 수 pkg-config있습니까?)
— thrig
@ thrig, 죄송합니다. 구성 정보를 올바르게 넣지 않았습니다. 내가 한 것과 정확히 일치하도록 편집했습니다.
— Jun
2
"찾을 수 없음"공유 라이브러리의 LD_LIBRARY_PATH경우 필요한 lib디렉토리 를 포함 하도록 빠른 해킹이 설정 됩니다 .
— thrig
만약 그랬다면, 난 같은 공통 접두어로 종속성을 설치하려고 할 것 --prefix=/opt(대신 별도의 하위 디렉토리 이상 --prefix=/opt/zlib-1.2.11등) 한 다음에 적절한 검색 경로를 설정하는 pkg-config예를 export PKG_CONFIG_PATH=/opt/lib/pkgconfig:$PKG_CONFIG_PATH구성하기 전에R
— steeldriver
@thrig. TKS! 효과가 있었다!
— 6

답변:

5

이것은 위에서 언급 한 문제에 대한 해결책입니다.

예제를 따라 R의 구성 파일을 수정하십시오 .

tar xvf zlib-1.2.11.tar.gz
cd zlib-1.2.11
./configure --prefix=$HOME/Programme/zlib-1.2.11
make && make install

tar zxvf bzip2-1.0.6.tar.gz
cd bzip2-1.0.6
make -f Makefile-libbz2_so
make clean

여기에 제안 된대로 Makefile을 수정하십시오 (원본 : 수정 후 CC = gcc : CC = gcc -fPIC) .

make 
make install PREFIX=$HOME/Programme/bzip2-1.0.6

tar zxvf xz-5.2.3.tar.gz
cd xz-5.2.3
./configure --prefix=$HOME/Programme/xz-5.2.3
make -j3
make install

tar zxvf pcre-8.40.tar.gz
cd pcre-8.40
./configure  --prefix=$HOME/Programme/pcre-8.40  --enable-utf8
make -j3 && make install

tar zxvf curl-7.52.1.tar.gz
cd curl-7.52.1
./configure  --prefix=$HOME/Programme/curl-7.52.1 --with-ssl
make && make install

./configure --prefix=$HOME/Programme/R-3.3.1 --enable-R-shlib LDFLAGS="-L/$HOME/Programme/zlib-1.2.11/lib -L/$HOME/Programme/bzip2-1.0.6/lib -L/$HOME/Programme/xz-5.2.3/lib -L/$HOME/Programme/pcre-8.40/lib -L/$HOME/Programme/curl-7.52.1/lib" CPPFLAGS="-I/$HOME/Programme/zlib-1.2.11/include -I/$HOME/Programme/bzip2-1.0.6/include -I/$HOME/Programme/xz-5.2.3/include -I/$HOME/Programme/pcre-8.40/include -I/$HOME/Programme/curl-7.52.1/include"

내 .cshrc 파일에 아래 줄을 추가하십시오.

setenv LD_LIBRARY_PATH $HOME/Programme/pcre-8.40/lib
setenv LD_LIBRARY_PATH $HOME/Programme/xz-5.2.3/lib

과

source .cshrc

이제 R-3.3.1 디렉토리로 이동하십시오.

make && make install

작동해야합니다.

— 준
소스
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