분자 진동을 시각화하는 데 사용할 수있는 오픈 소스 도구는 무엇입니까?

정상 모드 가 아닌 분자 진동을 시각화하고 싶습니다 . 모션의 정적, 벡터 표현을 표현하고 싶습니다. 벡터 스타일 (크기, 색상 등)의 유연성을 원합니다. 또한 진동 비디오를 제작하는 데 관심이 있습니다.

분자 진동을 표시하기위한 좋은 자료는 무엇입니까?

필자는 오픈 소스 도구를 선호하지만 상용 소프트웨어를 사용하는 것이 대안보다 낫다면 상용 소프트웨어를 사용하여 즐겁게 할 것입니다.

겠습니까 파이 몰 또는 VMD는 비디오의 요구에 적합한 도구가 될? (VMD에는 최소한 Tk / Tcl 스크립팅 기능이 포함되어 있습니다.) VMD를 사용하려면 PDB와 같은 지오메트리 설명이 필요합니다. 이것은 아마도 Pymol에도 충분할 것입니다 (그러나 Pymol을 사용하지 않았으므로 다른 누군가가 그것에 대해 언급 할 수 있습니다).

내가 한 방식은 아마 다음과 같습니다.

1. 분자 형상을 아보가드로에 넣습니다
2. 원하는 방식으로보기를 설정하십시오.
3. 렌더링하지 않고 입력 파일을 유지하면서 POVRay로 내보내기
4. POVRay 파일에서 어떤 원자가 무엇인지 알아 내십시오
5. 원통과 원뿔을 사용하여 벡터 추가 (매크로를 사용하여 벡터를 정의하여 쉽고 시각적으로 일관되게 함)

Avogadro는 POVRay 및 ffmpeg를 사용하여 XYZ 형식의 입력 시퀀스를 애니메이션에 렌더링 할 수도 있지만 현재 Windows를 사용하고 있기 때문에 시도한 것이 아니며 Avogadro는 povray 실행 파일의 위치를 ​​지정할 수있는 옵션이없는 것 같습니다 그것이 당신의 길에 있지 않다면입니다.

파이썬 애호가인지 아닌지에 따라 Avogadro Python 콘솔을 사용하여 원자에 힘을 설정 한 다음 Avogadro에서 힘 벡터 표시를 사용할 수도 있습니다. 그러나 그것은 시도한 것이 아닙니다.

나는 진동 매개 변수를 직접 넣고 시각화하거나 애니메이션 할 수있는 완벽하게 편리한 도구를 알지 못합니다.

도움이 될만한 새로운 VMD 플러그인 NMWiz 가 있습니다. NMWiz는 Normal Mode Wizard의 약자이지만 진동을 설명하는 벡터를 시각화하는 데 도움이됩니다. NMWiz는 현재 베타 테스트중인 최신 버전의 VMD 1.9.1에서 사용할 수 있습니다.

NMWiz의 입력 파일 형식은 NMD 라고하는 간단한 형식입니다 . 좌표 한 줄과 벡터 한 줄이면 충분합니다. 원하는 방식으로 화살표를 표시하고 크기를 조정하고 크기를 조정할 수 있습니다. 또한 궤적을 즉석에서 생성하여 애니메이션 (진동)을 생성 할 수 있으며 VMD를 사용하여 고품질 영화를 만들 수 있습니다.

해당 작업에 대해 기성품 ( "포인트 앤 클릭") 도구를 알지 못합니다. 그러나의 조합을 사용하여

1. 짧은 파이썬 스크립트
2. 분자 모델링 툴킷
3. 키메라 또는 VMD

파이썬 지식이 있다면 좋은 결과를 빨리 얻을 수 있습니다. 실제로, Molecular Modeling Toolkit과 함께 매우 유사한 스크립트가 예제로 제공됩니다. Examples / Visualization / vector_field_chimera.py 또는 Examples / Visualization / vector_field_vmd.py를보십시오. 진동 데이터를 스크립트로 가져 오는 데 걸리는 모든 값으로 일반 모드 계산을 대체해야합니다.

몰레 켈 을 조사 했습니까 ? 진동의 (비 분획 적) 중첩 만 필요한 경우, Molekel은 귀하의 요구를 충족시켜야합니다.

NWChem에는 xyz 좌표 목록을 동영상으로 변환하는 스크립트가 포함되어 있습니다. NWChem은 Apache 스타일 라이센스에 따라 OSS이므로 원하는대로 재사용 할 수 있습니다.

분자 진동의 시각화를 위해 Molden, ECCE, Avogadro 및 Jmol을 사용합니다. 모두 OSS입니다 (ECCE는 최근에야). 당신은 당신이 원하는 것을하기 위해 해킹 할 수 있습니다.