«computational-chemistry» 태그된 질문

나는 최근 에 메타 현상 의 공식화 에 직면했다 : " 두 개는 쉽고, 세 개는 어렵다 "(Federico Poloni에 의해 이런 식으로 표현됨). 두 개체에 대해 특정 문제가 공식화되면 비교적 쉽게 해결할 수 있습니다. 그러나, 3 개 엔터티-포 뮬레이션에 대한 알고리즘은 그 어려움을 엄청나게 증가 시키며, 심지어 솔루션을 실현 불가능하거나 …

29 linear-algebra  computational-physics  computational-geometry  computational-chemistry 

마지막으로 새로 발견 된 분자 개체에서 원자가 공간적으로 어떻게 배열되는지 알아 냈습니다. 예를 들어, 분광법을 통해, 당신은 이제 많은 원자 좌표, 원자 유형, 결합 길이, 결합 유형 및 분자에 대한 것들을 소유하고 있습니다. 이제 분자의 점 그룹 (대칭 그룹)을 결정하는 데 관심이 있습니다. 메탄 (같은 간단한 분자 ), 또는 벤젠 …

17 computational-chemistry 

Wikipedia에서 전산 과학에 대해 읽었지만 이해가 명확하지 않습니다. 컴퓨터 과학은 프로그래밍과 관련이 있습니까? 계산에서 계산 과학이 어떻게 다른 _ ____ , 빈은 어떤 분야 (재료 과학, 공학, 화학, 생물학 등)을 할 수있는 곳? (나는 계산 재료 과학을 할 것입니다.)

16 computational-chemistry  education 

특히 Gaussian 03으로 시작했지만 GAMESS-US로 계속되는 B3LYP 관련 작업을 확장하고 싶습니다. 기본 B3LYP 방법으로 제공되는 에너지는 동일하지 않습니다. 이에 대한 설명은 GAMESS-US 매뉴얼 (추가 정보 섹션)에 있습니다. GAMESS의 B3LYP는 VWN5 전자 가스 상관 기능에 부분적으로 기초합니다. VWN 논문에서 국소 상관에 대해 언급 된 두 가지 가능한 매개 변수가있는 5 개의 …

15 computational-chemistry  density-functional-theory 

정확히 카운터 포이즈 보정이란 무엇입니까? 필요한시기와 이유를 설명 할 수 있습니까?

15 computational-chemistry  basis-set 

분자가 비 결합 파괴 조건에있을 때 Hartree-Fock이 평형 기하학을 계산하기에 근사치가 아닌 경우가 있습니까?

14 computational-chemistry  hartree-fock 

나는 프로그래밍에 익숙하지 않고 첫 번째 큰 문제를 해결하고 첫 번째 큰 프로그램을 작성하려고합니다. 나는 배울 코드의 오픈 소스 예제를 찾았지만, 지금까지 완전히 이해하지 못하거나 실제로 배우기에는 관련이 있지만 너무 멀리 떨어져있는 언어로 된 코드 만 발견했습니다. 여기서 개념적 단계를 수행하는 데 문제가 있습니다. 작은 유기 분자를 구축, 수정 및 …

12 computational-chemistry  python  visualization 

단백질은 일반적으로 만화 형태로 표시되며 β 시트는 화살표로, α 나선은 코일로 표시됩니다. 궁금합니다.이 표현의 구성을 설명하는 참조가 어딘가에 있습니까? 즉, 이러한 그래픽을 구성하는 데 어떤 수학적 대상이 사용되며, 어떤 원자 / 방향이 만들어 졌습니까?

12 computational-chemistry  visualization 

3D 포인트의 들로네 테셀레이션에 해당하는 그래프를 열거하는 알고리즘이 있습니까? 그렇다면 "Delaunay 그래프"에 해당하는 형상의 효율적인 매개 변수화가 있습니까? 결합 등에 대한 사전 지식없이 지정된 조성의 분자의 모든 안정한 기하학을 체계적으로 열거하려고합니다. 편집 : 은 N 꼭짓점 이있는 그래프 세트입니다 . 하자 D를 : R 3 N → G N은 지도 …

12 algorithms  computational-chemistry  delaunay-triangulation 

주어진 모델과의 정확성을 비교하기 위해 Matlab을 사용하여 1d 및 2d 이미지를 생성하고 있습니다. 내 방법을 표준 Gaussian .wfn 모델과 비교해야하며 분자와 라플라시안의 밀도를 분석하여이를 수행 할 것입니다. 나는 .wfn 근사치 (등고선지도를 통해)에 대한 근사치의 차이에 대한 2 차원 이미지 생성에 관심이 있으며 결합 경로와 두 원자 사이의 직접 선을 따라 …

11 matlab  computational-chemistry  publications 

정상 모드 가 아닌 분자 진동을 시각화하고 싶습니다 . 모션의 정적, 벡터 표현을 표현하고 싶습니다. 벡터 스타일 (크기, 색상 등)의 유연성을 원합니다. 또한 진동 비디오를 제작하는 데 관심이 있습니다. 분자 진동을 표시하기위한 좋은 자료는 무엇입니까? 필자는 오픈 소스 도구를 선호하지만 상용 소프트웨어를 사용하는 것이 대안보다 낫다면 상용 소프트웨어를 사용하여 즐겁게 …

11 computational-chemistry 

시간 독립적 전자 Schroedinger 방정식을 해결하는 Hartree-Fock 자기 일관성 필드 방법에서, 우리 는 스핀 궤도의 선택과 관련하여 외부 분야의 전자 시스템의 접지 상태 에너지 을 최소화하려고합니다 . { χ i } .E0E0E_{0}{χi}{χi}\{\chi_{i}\} 우리는 반복적 1 전자 하 트리 - 폭 상태 방정식을 해결 이렇게 F I χ ( X I …

10 computational-chemistry  iterative-method  convergence  hartree-fock 

일부 기본 집합은 "상관 일관성"이라고합니다. 실제로 무엇을 의미합니까?

10 computational-chemistry  basis-set