이미지 처리-핵 계산


10

그런 이미지에서 핵의 수를 세는 프로그램을 만들려고합니다.

여기에 이미지 설명을 입력하십시오

내가 이미 한 일은 단계별로 다음과 같습니다.

  1. 교번 순차 필터 적용 (점진적으로 더 큰 구조 요소로 이미지 닫기 및 열기)
  2. 거리 변환 적용
  3. 거리 변환 이미지를 사용하여 유역 분할을 적용하여 최소값 탐지

다음과 같은 결과를 얻습니다 (각 색상은 계산 된 새로운 핵을 나타냅니다).

여기에 이미지 설명을 입력하십시오

우리가 볼 수 있듯이, 특히 많은 수의 불완전한 핵이 있습니다. 그 문제의 이유는 유역 변환 (거리 변환 사용)에 대한 최소값을 부과 한 방법이라고 말하지만, 그 경우에는 최소값을 부과하는 다른 아이디어가 실제로 없습니다.

Distance Transform은 객체의 진원도를 기반으로 최소값을 생성하므로 Alternating Sequential Filter보다 핵을 반올림하는 더 나은 대안을 알고 싶습니다 (위의 이미지를 보면 대부분의 "오버 카운트"는 덜 둥근 핵). 또한 유역 변환에 최소값을 부과하는 더 나은 방법을 알고 싶습니다.


3
나는 때때로 이런 종류의 질문을 직장에서 받고 ... 들어 가지 않습니다. 나는 일반적으로 사용자에게 현미경으로 돌아가서 알맞은 이미지를 얻도록 요청합니다. 손으로 정확하게 계산할 수 있는지 잘 모르겠습니다. 귀하의 경우에 이것이 옵션입니까 (내가 의미하는 이미징 부분을 다시 실행)?
Jean-Yves

분석해야 할 이미지 수와 빈도에 따라 효과가있을 수 있지만, 이러한 종류의 작업에서 사람이 더 나은지 알면 미친 아이디어 : Amazon Mechanical Turk를 사용해보십시오.
DarenW

이미지에 대한 진실을 제시 할 수 있습니까? (수동으로 당신이 묘사 한) 나는 이미지를 보았고 솔직히 나는 어느 것이 핵인지 또는 어느 것이 유물인지 말할 수 없다. 몇 개의 픽셀로만 구성된 핵이 있습니까? 핵은 둥글거나 타원이라고 가정합니까? 그리고 @ Jean-Yves가 지적했듯이 더 나은 사진을 얻을 수 있습니까? 우리 모두는 명암과 광도를 조정할 수 있지만 샘플을 다시 칠할 수는 없습니다.
visoft

답변:


1

유역의 과분 절 문제를 처리하는 방법에 대한 많은 기사가 있지만 강력한 셀 이미지 세분화 방법 (2004 년 Bengtsson 등의 과학 기사)을 읽어야한다고 생각합니다 .

여기에는 셀 이미지를 분할하는 다양한 방법이 포함되며 사용자와 유사한 형광 현미경 이미지에서 유역에서 과분 할을 처리하는 방법을 보여주는 실제 예제가 포함되어 있습니다. 접근 방식과 비슷한 거리 변환의 시드를 사용하고 경계가 약한 영역을 병합합니다. 이 기사는 잘 읽고 개념은 Matlab에서 구현하기가 매우 간단합니다.

훨씬 더 최근의 접근 방식을 위해 Svensson의 퍼지 거리 정보기반으로 3D 퍼지 객체에 대한 분해 체계를 읽을 수 있습니다 . 그것은 Bengtsson 등에서와 유사한 방법을 사용하지만 , 기사에서 사용되는 객체에 대해 더 나은 밀도 표현을 제공하는 퍼지 거리 변환 에서 작동합니다.


0

형태 적 재구성 방법 인 "확장 된 최대 변환"을 시도 할 수 있습니다. 반전 및 부과 할 수있는 대비 기준이 주어지면 최대 점을 감지합니다. Matlab에서 구현됩니다.

당사 사이트를 사용함과 동시에 당사의 쿠키 정책개인정보 보호정책을 읽고 이해하였음을 인정하는 것으로 간주합니다.
Licensed under cc by-sa 3.0 with attribution required.