Markov 체인 및 숨겨진 Markov 모델 학습을위한 리소스

57

Markov Chain 및 HMM에 대해 배울 수있는 자료 (자습서, 교과서, 웹 캐스트 등)를 찾고 있습니다. 저의 배경은 생물 학자이며 현재 생물 정보학 관련 프로젝트에 참여하고 있습니다.

또한 Markov 모델 및 HMM을 충분히 이해하는 데 필요한 수학적 배경은 무엇입니까?

Google을 사용하여 둘러 보았지만 지금까지 좋은 입문서를 찾지 못했습니다. 나는 여기 누군가가 더 잘 알고 있다고 확신합니다.

references  markov-process  hidden-markov-model  bioinformatics 
— 활
소스
2
정답이 없으므로 게시물을 커뮤니티 위키로 만들어야합니다.
— csgillespie
1
방금 변환했습니다.

답변:

19

다음은 몇 가지 자습서입니다 (PDF로 제공).

  1. Dugad와 Desai, 숨겨진 마르코프 모델에 대한 튜토리얼
  2. Valeria De Fonzo1, Filippo Aluffi-Pentini2 및 Valerio Parisi (2007). 생물 정보학의 숨겨진 Markov 모델 . 현재 생물 정보학 , 2 , 49-61.
  3. Smith, K. 인간 DNA에서 발견되는 유전자에 대한 응용과 생물 정보학의 숨겨진 Markov 모델

Bioconductor 튜토리얼도 살펴보십시오 .

무료 리소스를 원한다고 가정합니다. 그렇지 않으면 Polanski와 Kimmel (Springer, 2007)의 Bioinformatics 는 훌륭한 개요 (§2.8-2.9) 및 응용 프로그램 (Part II)을 제공합니다.

— chl
소스
8

HMM에 대한 Rabiner 튜토리얼 백서 에 대한 답변이 없다고하는 것은 매우 놀라운 일입니다 .

실제 구현 (본 논문의 후반부)은 음성 인식에 중점을두고 있지만이 논문은 명확하고 잘 표현 된 특성으로 인해 HMM 문헌에서 가장 일반적으로 인용되는 논문 일 것입니다.

마르코프 체인을 도입 한 다음 HMM으로 넘어갑니다.

— 주 바브
소스
5

생물 정보학 응용의 경우, HMM의 고전 텍스트는 Durbin, Eddy, Krough & Michison, " Biological Sequence Analsysis- 단백질과 핵산의 확률 모델", Cambridge University Press, 1998, ISBN 0-521-62971-3입니다. 그것은 기술이지만 매우 명확하며 매우 유용합니다.

MCMC의 경우 Springer의 Robert와 Casella의 " R을 사용한 Monte Carlo Methods 소개 "책이 최근 에 나왔지만 아직 읽을 기회가 없었습니다 (예를 들어 R을 사용합니다). 이것은 배우는 좋은 방법이지만, 먼저 R을 배울 필요가 있습니다.

— 디크 란 유대류
소스
3

프린스턴의 라몬 반 핸델 (Ramon van Handel)의 메모 는 다음과 같습니다 .

이 과정은 숨겨진 Markov 모델에 대한 몇 가지 기본 수학, 통계 및 계산 방법을 소개합니다.

첫 번째 섹션에는 생물학, 금융, 산업 분야에서 HMM의 유용한 응용 프로그램이 포함되어 있습니다.

— Rodrigo de Azevedo
소스
2

다음은 Markov Chains에 대한 대화식 소개입니다. http://setosa.io/ev/markov-chains/

— 갈리나 알 페로 비치
소스
질문은 Markov Chains 학습을위한 리소스를 요구하기 때문에 여기에 튜토리얼 링크가 적합합니다. 이것은 귀하의 답변이 자체적으로 포함되어 링크의 내용을 완전히 요약하지 않을 것으로 예상되는 경우 중 하나입니다. -그러나이 리소스가 무엇을 다루는 지, 예를 들어 어떤 레벨에서 (수학적 전제 조건입니까?), 그리고 어떤 주제를 다루는 지에 대한 약간의 설명과 함께 링크를 동반 할 수 있다면 훨씬 좋습니다.
— Silverfish
당사 사이트를 사용함과 동시에 당사의 쿠키 정책과 개인정보 보호정책을 읽고 이해하였음을 인정하는 것으로 간주합니다.
Licensed under cc by-sa 3.0 with attribution required.