R : 그룹 별 상관 관계 계산

R에는 클래스 레이블 C (인수)와 두 개의 측정치 M1 과 M2로 구성된 데이터 프레임이 있습니다. 각 클래스 내에서 M1 과 M2 간의 상관 관계를 어떻게 계산 합니까?

이상적으로는 각 클래스에 대해 하나의 행과 클래스 레이블 C 및 상관 관계 의 두 개의 열이있는 데이터 프레임을 다시 얻습니다 .

패키지 plyr는 갈 길입니다.

간단한 해결책은 다음과 같습니다.

xx <- data.frame(group = rep(1:4, 100), a = rnorm(400) , b = rnorm(400) )
head(xx)

require(plyr)
func <- function(xx)
{
return(data.frame(COR = cor(xx$a, xx$b)))
}

ddply(xx, .(group), func)

출력은 다음과 같습니다.

  group         COR
1     1  0.05152923
2     2 -0.15066838
3     3 -0.04717481
4     4  0.07899114

기본 패키지에서 함수를 사용하려는 경우 함수를 사용한 by다음 데이터를 다시 어셈블 할 수 있습니다 .

xx <- data.frame(group = rep(1:4, 100), a = rnorm(400) , b = rnorm(400) )
head(xx)

# This returns a "by" object
result <- by(xx[,2:3], xx$group, function(x) {cor(x$a, x$b)})

# You get pretty close to what you want if you coerce it into a data frame via a matrix
result.dataframe <- as.data.frame(as.matrix(result))

# Add the group column from the row names
result.dataframe$C <- rownames(result)

기본 패키지 및 Tal의 예제 데이터를 사용하는 또 다른 예 :

DataCov <- do.call( rbind, lapply( split(xx, xx$group),
             function(x) data.frame(group=x$group[1], mCov=cov(x$a, x$b)) ) )

data.table을 사용하는 것이 dplyr보다 짧습니다.

dt <- data.table(xx)
dtCor <- dt[, .(mCor = cor(M1,M2)), by=C]

다음은 각 상관 관계에 대한 n 및 p 값이있는 표를 제공하는 유사한 방법입니다 (편의상 소수점 이하 3 자리로 반올림).

library(Hmisc)
corrByGroup <- function(xx){
  return(data.frame(cbind(correl = round(rcorr(xx$a, xx$b)$r[1,2], digits=3),
                          n = rcorr(xx$a, xx$b)$n[1,2],
                          pvalue = round(rcorr(xx$a, xx$b)$P[1,2], digits=3))))
}

다음을 사용하여보다 현대적인 솔루션이 있습니다. dplyr 패키지를 (질문을 물을 때 아직 존재하지 않음).

입력을 구성하십시오.

xx <- data.frame(group = rep(1:4, 100), a = rnorm(400) , b = rnorm(400) )

상관 관계를 계산하십시오.

library(dplyr)
xx %>%
  group_by(group) %>%
  summarize(COR=cor(a,b))

출력 :

Source: local data frame [4 x 2]

  group         COR
  (int)       (dbl)
1     1  0.05112400
2     2  0.14203033
3     3 -0.02334135
4     4  0.10626273