통계 생태에 관한 책?


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나는이 질문이 전에 요구되었다는 것을 알고있다 : 생태학 연구를위한 참고서 지만 내가 찾고있는 것은 아니다.

내가 찾고있는 것은 누군가 통계 생태학에 대한 좋은 책 (또는 표준 참조)을 추천 할 수 있는지입니다. 나는 통계에 대해 아주 잘 알고 있기 때문에이 책은 어느 수준 에나있을 수있다. 나는이 책을 사용하여 생태학에 통계를 적용하는 것에 대해 더 많은 것을 가르치기 위해 자신을 가르치고있을 것이므로 좋은 / 흥미로운 예를 가진 입문 책조차도 높이 평가 될 것입니다. 또한 제 연구는 베이지안 통계를 중심으로하는 경향이 있으므로 베이지안 통계를 통합 한 책이 훨씬 좋습니다!


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관심있는 특정 생태 분야가 있습니까? 그것의 큰 분야 (나는 하나입니다! --- 생태 학자, 분야가 아니라 ... :-) 그리고 많은 좋은 참고 문헌이 있지만 주제의 특정 영역을 다루고 있습니다. 또한 코드 예제로 무언가를 원하십니까? 아니면 이론에 만족하십니까? 전자의 경우 특정 언어 / 소프트웨어?
— Gavin Simpson

@GavinSimpson 내 전문 분야는 가우시안 프로세스 (Gaussian Processes)이므로 생태학 분야의 공간 모드는 아마도 가장 큰 관심 분야 일 것입니다. 솔직히 말하지만 나는 모든 주제에 100 % 정통하지는 않아서 소개 책이 저에게도 흥미로울 것입니다. 코드 또는 이론 책도 환영합니다. 흥미로운 연구 주제를 찾고 있다고 생각합니다.

답변:


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개인적으로 추천하는 좋은 책은 다음과 같습니다.

  • Hilborn & Mangel (1997) 생태 탐정 : 데이터와 모델을 대면 . 프린스턴 대학 출판부.

    이것은 생태 학적 예가있는 통계에 관한 것이지만 그에 대해서는 잘못된 것이 없습니다. 이것은 생태학에서 통계 가 어떻게 사용될 수 있는지에 대한 좋은 맛을 줄 것 입니다. 날짜를 적어 두십시오. 최신 개발 또는 응용 프로그램 중 일부는 다루지 않습니다.

  • M. 헨리 H. 스티븐스 (2009) R과 생태의 뇌관 . 봄 병아리.

    아마도 너무 기본적이고 공간적인 것은 아니지만 아마도 생태 학자에게 가르 칠 다양한 주제를 다루고 R 코드로 생태 이론과 모델을 보여줍니다.

  • BM Bolker (2008) R의 생태 모델 및 데이터 . 프린스턴 대학 출판부.

    나는이 책을 좋아한다. 통계 배경에 익숙하지만 생태 학적 맥락에 적용되는 주제를 다룹니다. R 코드를 사용하여 모델을 피팅하고 기본 원칙에서 최적화하는 데 중점을 둡니다.

  • James S. Clark (2007) 생태 데이터 모델 : 소개 . 프린스턴 대학 출판부.

    제목의 "소개"로 연기하지 마십시오. 이것은 소개 일뿐입니다. Bayesian 접근법을 사용하여 손으로 모델을 피팅하는 것에 대한 광범위한 적용 범위, 많은 이론, 강조 (R 랩 매뉴얼 동반자가 자신의 Gibbs 샘플러 작성에 대해 설명합니다!)

책은 아니지만 가우시안 프로세스에 대한 관심을 구체적으로 언급하면서 추가하겠습니다. 웹 사이트 가있는 INLA (Integrated Nested Laplace Approximation)를 살펴보십시오 . R 패키지이며 많은 예제를 가지고 있습니다. FAQ 를 보면 특히 다음과 같은 접근 방식을 설명하는 몇 가지 논문을 찾을 수 있습니다.

H. Rue, S. Martino 및 N. Chopin. 통합 된 중첩 된 라플라스 근사값을 사용하여 잠재적 가우시안 모델에 대한 대략적인 베이지안 추론 (토론 포함). 왕립 통계 학회지, 시리즈 B, 71 (2) : 319 {392, 2009. (PDF는 여기에서 볼 수 있습니다 ).


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베이지안 통계를 기반으로 한 좋은 생태 책은 다음과 같습니다.

Kery, M. 2010. 생태학자를위한 WinBUGS 소개 : 회귀, 분산 분석, 혼합 모형 및 관련 분석에 대한 베이지안 접근 . 학술 출판사.

Kery, M. 및 M. Schaub. 2011 년 의 Winbugs를 사용하여 베이지안 인구 분석 : 계층 적 관점 . 학술 출판사.

Royle, JA 및 RM Dorazio. 2008. 생태학의 계층 적 모델링 및 추론 : 인구, 인구 및 지역 사회의 데이터 분석 . 학술 출판사

또한 Zuur et al. (2009) 매우 유용합니다.

Zuur, A., EN Ieno, N. Walker, AA Saveliey 및 GM Smith. R과 생태학의 혼합 효과 모델 및 확장 . 봄 병아리.


@Gavin Simpson, 세 번째 책을들은 적이 있습니까?

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Jack Weiss ( 평화롭게 휴식 을 취할 수도 있음 )는 생태 / 환경 원칙을 잘 이해 한 훌륭한 훈련 된 통계 학자 였습니다 . 그는 미국 전역 및 전 세계의 생태 / 환경 과학자들에게 귀중한 통계 컨설턴트로 일했습니다.

그는 내가 아는 책이 없지만 그의 과정 노트는 여전히 온라인에서 볼 수 있습니다 .

  1. 생태 통계 방법 (또는 2012 년판)

    과정 설명 :생태 학자와 그 친척을위한 통계 모델링 과정입니다. 우리는 기본 통계 방법, 주로 회귀 분석에 중점을두고 생태 데이터 분석에 더 적합하게 확장 할 수있는 방법을 설명합니다. 이러한 확장에는보다 사실적인 확률 모델 (정규 분포 이외의)을 사용하고 관측치가 통계적으로 독립적이지 않은 상황을 설명합니다. 각 모델에 대해 우리는 잦은 (가능한 경우) 방법과 베이지안 방법을 사용하여 추정하는 방법을 살펴볼 것입니다. 여기서 강조는 폭보다는 깊이에 있습니다. (내가 가르치는 다른 대학원 과정 인 ECOL 562는 환경 과학에 유용한 광범위한 통계 방법을 다루는 설문 조사 과정입니다.이 과정은 해당 과정의 자료 중 40 %에 초점을 맞추지 만 더 깊이 다루고 있습니다.)

    가설 검정과 같은 통계 분석의 표준 파라 메트릭 접근 방식에 익숙한 것으로 가정합니다. 이 과정은 학부 통계 과정에서 일반적으로 가르치는 것과 생태 및 환경 과학의 데이터를 성공적으로 분석하는 데 실제로 필요한 것 사이의 전환으로 제공됩니다. 이상적인 수강생은 이미 기초 통계 과정을 이수했으며 환경 과학 및 생태학에 대한 통계의 현대적 적용을보고자하는 상위 수준의 학부생 또는 초급 대학원생입니다. 주제는 다음과 같습니다.

    - Basic concepts in regression: categorical predictors and interactions
    - Statistical distributions important in ecological modeling: binomial, Poisson, negative binomial, normal, lognormal, gamma
    - Likelihood theory and its applications in regression
    - Bayesian approaches to model fitting
    - Model selection protocols: Information-theoretic alternatives to significance testing
    - Generalized linear models: Poisson regression, negative binomial regression, logistic regression, gamma regression
    - Mixed effects models for analyzing temporally and spatially correlated data
      - Random intercepts and slopes models
      - Multilevel models with 2 and 3 levels
      - Hierarchical Bayesian modeling
      - Nonlinear mixed effects models
      - Mixed effects models with nested and crossed random effects
      - Hybrid mixed effects models with multivariate responses
    
  2. 환경 과학 통계 [또는 2007 ; 2012 년 버전]

    과정 설명 :생태 및 환경 과학을위한 통계적 방법 소개. 이것은 주제 코스입니다. 여기서 우리의 강조는 깊이보다는 폭에 있습니다. (내가 가르치는 다른 대학원 과정은이 과정의 첫 번째 1/3에서 다룬 주제에 대해 심도있는 접근법을 취합니다.) 가설 검정과 같은 통계 분석의 표준 매개 변수 접근법에 익숙한 것으로 가정합니다. 이 과정은 학부 통계 과정에서 일반적으로 가르치는 것과 생태 및 환경 과학의 데이터를 성공적으로 분석하는 데 실제로 필요한 것 사이의 전환으로 사용됩니다. 이상적인 수강생은 이미 기초 통계 과정을 이수했으며 환경 과학 및 생태학에 대한 통계의 현대적 적용을보고 싶어하는 상위 수준의 학부 또는 초급 대학원생입니다. 주제는 다음과 같습니다.

    - Overview of regression
    - Likelihood theory and its applications in regression
    - Generalized linear models
    - Analysis of temporally correlated data
    - Mixed effects models
    - Generalized estimating equations
    - Bayesian methods
    - Generalized additive models
    - Survey sampling methods
    - Machine learning methods
    - Survival analysis
    - Contingency table analysis
    - Analysis of extreme values
    - Structural equation models
    
  3. 생태 및 진화에 대한 통계

    코스 설명 : 생태 학자와 그 친척을위한 통계 모델링 코스입니다. 우리는 기본 통계 방법, 주로 회귀 분석에 중점을두고 생태 데이터 분석에 더 적합하도록 확장 할 수있는 방법을 설명합니다. 이러한 확장에는보다 사실적인 확률 모델 (정규 분포 이외의)을 사용하고 관측치가 통계적으로 독립적이지 않은 상황을 설명합니다. 주제는 다음과 같습니다.

    - Experiments in ecology
    - Statistical distributions important in ecological modeling: binomial, Poisson, negative binomial, normal, lognormal, gamma, and exponential
    - Likelihood theory and its applications in regression
    - Bayesian approaches to model fitting
    - Model selection protocols: Information-theoretic alternatives to significance testing
    - Generalized linear models: Poisson regression, negative binomial regression, logistic regression, and others
    - Regression models for temporally and spatially correlated data: random coefficient models (multilevel models) and hierarchical Bayesian modeling
    
  4. 생태학 145— 통계 분석

    ECOL 145는 생태 데이터 분석에 대한 강렬한 소개입니다. 목표 독자는 분석 할 자신의 데이터를 이상적으로 가지고있는 생물학적 관련 분야의 동기가 높은 대학원생과 상위 수준의 학부생으로 구성됩니다. 이것은 진지한 실습 과정으로, 귀찮은 사람이나 단순히 감사하고 관찰하기를 원하는 사람들에게는 적합하지 않습니다. 우리는 두 가지 최신 통계 패키지 인 R과 WinBUGS를 사용하는 데 중점을 두어이 패키지를 사용하여 모든 데이터와 실제 데이터 세트를 처리합니다. 자신의 연구를 수행하고 자신의 데이터를 분석할수록이 과정이 더 유용 할 것입니다.

    이 과정의 관점은 확률 모델이 데이터 생성 메커니즘으로 가장 잘 생각된다는 점이며,이 관점에 따라 생태 데이터를 직접 모델링하기 위해 우도 기반 방법을 사용합니다. 데이터 세트는 출판 된 문헌, 내 컨설팅 프로젝트 또는 코스에 등록한 학생들이 제공합니다. 분석해야 할 데이터가있는 경우 수업 연습에 사용하기 위해 데이터를 제출할 수 있습니다. 주제는 다음과 같습니다.

    - Statistical distributions important in ecological modeling: binomial, Poisson, negative binomial, normal, lognormal, gamma, and exponential
    - Likelihood theory and its applications in regression
    - Generalized linear models: Poisson regression, negative binomial regression, logistic regression, and others
    - The perils of significance testing—multiple comparison adjustments and the false discovery rate
    - Model selection protocols: likelihood ratio tests, Wald tests, and information-theoretic alternatives to significance testing
    - Goodness of fit for GLMs: deviance statistics, extensions of R2, Pearson chi-square approaches
    - Regression models for temporally and spatially correlated data: random coefficient models (multilevel models) and the method of generalized estimating equations
    - Bayesian approaches to data analysis
    - Hierarchical Bayesian modeling using WinBUGS and R
    

코스 간에는 많은 부분이 겹칠 것이라 확신하지만 각 코스마다 그의 노트 (및 R 코드)를 사용할 수 있으며이 게시물을 방문하는 대부분의 사람들에게 매우 유용합니다.


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