통계 생태에 관한 책?


9

나는이 질문이 전에 요구되었다는 것을 알고있다 : 생태학 연구를위한 참고서 지만 내가 찾고있는 것은 아니다.

내가 찾고있는 것은 누군가 통계 생태학에 대한 좋은 책 (또는 표준 참조)을 추천 할 수 있는지입니다. 나는 통계에 대해 아주 잘 알고 있기 때문에이 책은 어느 수준 에나있을 수있다. 나는이 책을 사용하여 생태학에 통계를 적용하는 것에 대해 더 많은 것을 가르치기 위해 자신을 가르치고있을 것이므로 좋은 / 흥미로운 예를 가진 입문 책조차도 높이 평가 될 것입니다. 또한 제 연구는 베이지안 통계를 중심으로하는 경향이 있으므로 베이지안 통계를 통합 한 책이 훨씬 좋습니다!


1
관심있는 특정 생태 분야가 있습니까? 그것의 큰 분야 (나는 하나입니다! --- 생태 학자, 분야가 아니라 ... :-) 그리고 많은 좋은 참고 문헌이 있지만 주제의 특정 영역을 다루고 있습니다. 또한 코드 예제로 무언가를 원하십니까? 아니면 이론에 만족하십니까? 전자의 경우 특정 언어 / 소프트웨어?
Gavin Simpson

@GavinSimpson 내 전문 분야는 가우시안 프로세스 (Gaussian Processes)이므로 생태학 분야의 공간 모드는 아마도 가장 큰 관심 분야 일 것입니다. 솔직히 말하지만 나는 모든 주제에 100 % 정통하지는 않아서 소개 책이 저에게도 흥미로울 것입니다. 코드 또는 이론 책도 환영합니다. 흥미로운 연구 주제를 찾고 있다고 생각합니다.

답변:


8

개인적으로 추천하는 좋은 책은 다음과 같습니다.

  • Hilborn & Mangel (1997) 생태 탐정 : 데이터와 모델을 대면 . 프린스턴 대학 출판부.

    이것은 생태 학적 예가있는 통계에 관한 것이지만 그에 대해서는 잘못된 것이 없습니다. 이것은 생태학에서 통계 어떻게 사용될 있는지에 대한 좋은 맛을 줄 것 입니다. 날짜를 적어 두십시오. 최신 개발 또는 응용 프로그램 중 일부는 다루지 않습니다.

  • M. 헨리 H. 스티븐스 (2009) R과 생태의 뇌관 . 봄 병아리.

    아마도 너무 기본적이고 공간적인 것은 아니지만 아마도 생태 학자에게 가르 칠 다양한 주제를 다루고 R 코드로 생태 이론과 모델을 보여줍니다.

  • BM Bolker (2008) R의 생태 모델 및 데이터 . 프린스턴 대학 출판부.

    나는이 책을 좋아한다. 통계 배경에 익숙하지만 생태 학적 맥락에 적용되는 주제를 다룹니다. R 코드를 사용하여 모델을 피팅하고 기본 원칙에서 최적화하는 데 중점을 둡니다.

  • James S. Clark (2007) 생태 데이터 모델 : 소개 . 프린스턴 대학 출판부.

    제목의 "소개"로 연기하지 마십시오. 이것은 소개 일뿐입니다. Bayesian 접근법을 사용하여 손으로 모델을 피팅하는 것에 대한 광범위한 적용 범위, 많은 이론, 강조 (R 랩 매뉴얼 동반자가 자신의 Gibbs 샘플러 작성에 대해 설명합니다!)

책은 아니지만 가우시안 프로세스에 대한 관심을 구체적으로 언급하면서 추가하겠습니다. 웹 사이트 가있는 INLA (Integrated Nested Laplace Approximation)를 살펴보십시오 . R 패키지이며 많은 예제를 가지고 있습니다. FAQ 를 보면 특히 다음과 같은 접근 방식을 설명하는 몇 가지 논문을 찾을 수 있습니다.

H. Rue, S. Martino 및 N. Chopin. 통합 된 중첩 된 라플라스 근사값을 사용하여 잠재적 가우시안 모델에 대한 대략적인 베이지안 추론 (토론 포함). 왕립 통계 학회지, 시리즈 B, 71 (2) : 319 {392, 2009. (PDF는 여기에서 볼 수 있습니다 ).


4

베이지안 통계를 기반으로 한 좋은 생태 책은 다음과 같습니다.

Kery, M. 2010. 생태학자를위한 WinBUGS 소개 : 회귀, 분산 분석, 혼합 모형 및 관련 분석에 대한 베이지안 접근 . 학술 출판사.

Kery, M. 및 M. Schaub. 2011 년 의 Winbugs를 사용하여 베이지안 인구 분석 : 계층 적 관점 . 학술 출판사.

Royle, JA 및 RM Dorazio. 2008. 생태학의 계층 적 모델링 및 추론 : 인구, 인구 및 지역 사회의 데이터 분석 . 학술 출판사

또한 Zuur et al. (2009) 매우 유용합니다.

Zuur, A., EN Ieno, N. Walker, AA Saveliey 및 GM Smith. R과 생태학의 혼합 효과 모델 및 확장 . 봄 병아리.


@Gavin Simpson, 세 번째 책을들은 적이 있습니까?

4

Jack Weiss ( 평화롭게 휴식취할 수도 있음 )는 생태 / 환경 원칙을 잘 이해 한 훌륭한 훈련 된 통계 학자 였습니다 . 그는 미국 전역 및 전 세계의 생태 / 환경 과학자들에게 귀중한 통계 컨설턴트로 일했습니다.

그는 내가 아는 책이 없지만 그의 과정 노트는 여전히 온라인에서 볼 수 있습니다 .

  1. 생태 통계 방법 (또는 2012 년판)

    과정 설명 :생태 학자와 그 친척을위한 통계 모델링 과정입니다. 우리는 기본 통계 방법, 주로 회귀 분석에 중점을두고 생태 데이터 분석에 더 적합하게 확장 할 수있는 방법을 설명합니다. 이러한 확장에는보다 사실적인 확률 모델 (정규 분포 이외의)을 사용하고 관측치가 통계적으로 독립적이지 않은 상황을 설명합니다. 각 모델에 대해 우리는 잦은 (가능한 경우) 방법과 베이지안 방법을 사용하여 추정하는 방법을 살펴볼 것입니다. 여기서 강조는 폭보다는 깊이에 있습니다. (내가 가르치는 다른 대학원 과정 인 ECOL 562는 환경 과학에 유용한 광범위한 통계 방법을 다루는 설문 조사 과정입니다.이 과정은 해당 과정의 자료 중 40 %에 초점을 맞추지 만 더 깊이 다루고 있습니다.)

    가설 검정과 같은 통계 분석의 표준 파라 메트릭 접근 방식에 익숙한 것으로 가정합니다. 이 과정은 학부 통계 과정에서 일반적으로 가르치는 것과 생태 및 환경 과학의 데이터를 성공적으로 분석하는 데 실제로 필요한 것 사이의 전환으로 제공됩니다. 이상적인 수강생은 이미 기초 통계 과정을 이수했으며 환경 과학 및 생태학에 대한 통계의 현대적 적용을보고자하는 상위 수준의 학부생 또는 초급 대학원생입니다. 주제는 다음과 같습니다.

    - Basic concepts in regression: categorical predictors and interactions
    - Statistical distributions important in ecological modeling: binomial, Poisson, negative binomial, normal, lognormal, gamma
    - Likelihood theory and its applications in regression
    - Bayesian approaches to model fitting
    - Model selection protocols: Information-theoretic alternatives to significance testing
    - Generalized linear models: Poisson regression, negative binomial regression, logistic regression, gamma regression
    - Mixed effects models for analyzing temporally and spatially correlated data
      - Random intercepts and slopes models
      - Multilevel models with 2 and 3 levels
      - Hierarchical Bayesian modeling
      - Nonlinear mixed effects models
      - Mixed effects models with nested and crossed random effects
      - Hybrid mixed effects models with multivariate responses
    
  2. 환경 과학 통계 [또는 2007 ; 2012 년 버전]

    과정 설명 :생태 및 환경 과학을위한 통계적 방법 소개. 이것은 주제 코스입니다. 여기서 우리의 강조는 깊이보다는 폭에 있습니다. (내가 가르치는 다른 대학원 과정은이 과정의 첫 번째 1/3에서 다룬 주제에 대해 심도있는 접근법을 취합니다.) 가설 검정과 같은 통계 분석의 표준 매개 변수 접근법에 익숙한 것으로 가정합니다. 이 과정은 학부 통계 과정에서 일반적으로 가르치는 것과 생태 및 환경 과학의 데이터를 성공적으로 분석하는 데 실제로 필요한 것 사이의 전환으로 사용됩니다. 이상적인 수강생은 이미 기초 통계 과정을 이수했으며 환경 과학 및 생태학에 대한 통계의 현대적 적용을보고 싶어하는 상위 수준의 학부 또는 초급 대학원생입니다. 주제는 다음과 같습니다.

    - Overview of regression
    - Likelihood theory and its applications in regression
    - Generalized linear models
    - Analysis of temporally correlated data
    - Mixed effects models
    - Generalized estimating equations
    - Bayesian methods
    - Generalized additive models
    - Survey sampling methods
    - Machine learning methods
    - Survival analysis
    - Contingency table analysis
    - Analysis of extreme values
    - Structural equation models
    
  3. 생태 및 진화에 대한 통계

    코스 설명 : 생태 학자와 그 친척을위한 통계 모델링 코스입니다. 우리는 기본 통계 방법, 주로 회귀 분석에 중점을두고 생태 데이터 분석에 더 적합하도록 확장 할 수있는 방법을 설명합니다. 이러한 확장에는보다 사실적인 확률 모델 (정규 분포 이외의)을 사용하고 관측치가 통계적으로 독립적이지 않은 상황을 설명합니다. 주제는 다음과 같습니다.

    - Experiments in ecology
    - Statistical distributions important in ecological modeling: binomial, Poisson, negative binomial, normal, lognormal, gamma, and exponential
    - Likelihood theory and its applications in regression
    - Bayesian approaches to model fitting
    - Model selection protocols: Information-theoretic alternatives to significance testing
    - Generalized linear models: Poisson regression, negative binomial regression, logistic regression, and others
    - Regression models for temporally and spatially correlated data: random coefficient models (multilevel models) and hierarchical Bayesian modeling
    
  4. 생태학 145— 통계 분석

    ECOL 145는 생태 데이터 분석에 대한 강렬한 소개입니다. 목표 독자는 분석 할 자신의 데이터를 이상적으로 가지고있는 생물학적 관련 분야의 동기가 높은 대학원생과 상위 수준의 학부생으로 구성됩니다. 이것은 진지한 실습 과정으로, 귀찮은 사람이나 단순히 감사하고 관찰하기를 원하는 사람들에게는 적합하지 않습니다. 우리는 두 가지 최신 통계 패키지 인 R과 WinBUGS를 사용하는 데 중점을 두어이 패키지를 사용하여 모든 데이터와 실제 데이터 세트를 처리합니다. 자신의 연구를 수행하고 자신의 데이터를 분석할수록이 과정이 더 유용 할 것입니다.

    이 과정의 관점은 확률 모델이 데이터 생성 메커니즘으로 가장 잘 생각된다는 점이며,이 관점에 따라 생태 데이터를 직접 모델링하기 위해 우도 기반 방법을 사용합니다. 데이터 세트는 출판 된 문헌, 내 컨설팅 프로젝트 또는 코스에 등록한 학생들이 제공합니다. 분석해야 할 데이터가있는 경우 수업 연습에 사용하기 위해 데이터를 제출할 수 있습니다. 주제는 다음과 같습니다.

    - Statistical distributions important in ecological modeling: binomial, Poisson, negative binomial, normal, lognormal, gamma, and exponential
    - Likelihood theory and its applications in regression
    - Generalized linear models: Poisson regression, negative binomial regression, logistic regression, and others
    - The perils of significance testing—multiple comparison adjustments and the false discovery rate
    - Model selection protocols: likelihood ratio tests, Wald tests, and information-theoretic alternatives to significance testing
    - Goodness of fit for GLMs: deviance statistics, extensions of R2, Pearson chi-square approaches
    - Regression models for temporally and spatially correlated data: random coefficient models (multilevel models) and the method of generalized estimating equations
    - Bayesian approaches to data analysis
    - Hierarchical Bayesian modeling using WinBUGS and R
    

코스 간에는 많은 부분이 겹칠 것이라 확신하지만 각 코스마다 그의 노트 (및 R 코드)를 사용할 수 있으며이 게시물을 방문하는 대부분의 사람들에게 매우 유용합니다.


추가 과정 기반 온라인 자료는 여기
theforestecologist
당사 사이트를 사용함과 동시에 당사의 쿠키 정책개인정보 보호정책을 읽고 이해하였음을 인정하는 것으로 간주합니다.
Licensed under cc by-sa 3.0 with attribution required.