R에서 공간 데이터 클러스터링

해수면 온도 (SST) 월간 데이터 집합이 있으며 비슷한 SST 패턴을 가진 지역을 탐지하기 위해 몇 가지 클러스터 방법을 적용하고 싶습니다. 1985에서 2009까지 실행되는 월간 데이터 파일 세트가 있으며 첫 번째 단계로 매월 클러스터링을 적용하고 싶습니다.

각 파일에는 약 50 %가 랜드이고 99.99 값이 NA 인 358416 포인트에 대한 그리드 데이터가 포함됩니다. 데이터 형식은 다음과 같습니다

   lon     lat   sst
-10.042  44.979  12.38
 -9.998  44.979  12.69
 -9.954  44.979  12.90
 -9.910  44.979  12.90
 -9.866  44.979  12.54
 -9.822  44.979  12.37
 -9.778  44.979  12.37
 -9.734  44.979  12.51
 -9.690  44.979  12.39
 -9.646  44.979  12.36

CLARA 클러스터링 방법을 사용해 보았지만 분명히 좋은 결과를 얻었지만 isolines를 부드럽게하는 것 같습니다. 그런 다음 이것이 공간 데이터를 분석하는 가장 좋은 클러스터링 방법인지 확실하지 않습니다.

이 유형의 데이터 세트에 전용 인 다른 클러스터링 방법이 있습니까? 일부 참고 문헌은 읽기 시작하는 것이 좋습니다.

미리 감사드립니다.

r clustering spatial

— pacomet
소스

cran.r-project.org/web/views/Spatial.html을 확인하십시오 . 이름에 클러스터가있는 몇 가지 패키지가있을 수 있습니다.

— Andy W

공간 데이터를 클러스터링하기에 적합한 R 패키지가 있습니까?

— kaptan

@kaptan 불행하게도, 난하지 않았다 그리고 그것은 중 하나입니다

— pacomet

(x, y, T) \in R^{3}

$(x,y,T)\in\mathbb{R}^3$

R

$\mathbb{R}$

답변:

확장 가능한 클러스터링, 분할 및 정복 방식, 병렬 클러스터링 및 증분 방식에 대한 다양한 접근 방식이 있습니다. 이는 일반적인 클러스터링 방법을 사용한 후에 일반적인 방법입니다. 클러스터링의 좋은 방법은 DBSCAN (노이즈가있는 응용 프로그램의 밀도 기반 공간 클러스터링)이며 가장 많이 사용되는 클러스터링 알고리즘 중 하나입니다.

— 404Dreamer_ML
소스

좋아, 나는 DBSCAN을 찾아서 시험해 볼 것이다. 고마워

— pacomet

어떤 대답이 도움이되거나 다른 방법을 찾게되면 우리에게 더 나은 방법을 찾게되므로 모든 커뮤니티가이를 활용할 것입니다. 또는 답변을 선택하여 질문을 마무리하십시오.

— 404Dreamer_ML

응답이 지연되어 죄송하지만 요점은 dbscan을 시도 할 시간이 많지 않았으며 첫 번째 시도로 인해 메모리 문제가 발생했습니다. R은 벡터를 할당 할 수 없다고 말합니다. 토지 (유효하지 않은) SST 포인트를 제거 할 때 300000 포인트로 끝나는 779191 포인트의 4km 간격 그리드로 시작합니다. 어쩌면 나는 올바른 접근법을 얻지 못했을 것입니다. 어떤 힌트라도 감사하겠습니다.

— pacomet

안녕하세요, 여전히 해결책을 찾을 수 없습니다. DBSCAN에 대한 몇 가지 문서를 읽었으며 몇 가지 질문이 있습니다. R로 최소 거리를 찾는 방법은 무엇입니까? 내 데이터는 3 차원 경도, 위도 및 온도이므로 어떤 "거리"를 사용해야합니까? whicn 치수는 그 거리와 관련이 있습니까? 온도? 클러스터의 최소 포인트 수를 결정하는 방법이 있습니까? Google 검색 내 것과 비슷한 데이터 세트에서 dbscan을 사용하는 R 예제를 찾을 수 없었습니다. 이러한 종류의 예제가있는 웹 사이트를 알고 있습니까? 그래서 나는 내 사건을 읽고 적응하려고 노력할 수 있습니다. 다시 감사

— pacomet

일부 클러스터링이있는 공간 분석을위한 잘 문서화 된 파이썬 라이브러리는 pySAL 입니다.

공간 클러스터링에 중점을 둔 개발 단계의 또 다른 파이썬 라이브러리는 clusterPy (pdf slide presentation) 입니다.

클러스터링 알고리즘의 선택은 제한적이지만 멋진 매핑 인터페이스는 GUI 소프트웨어 GeoGrouper 입니다.

— b_dev
소스

고마워, 나는 파이썬으로 일한 적이 없다. 나는 R 솔루션을 찾으려고 노력할 것이다

— pacomet