R의 간격 검열 콕스 비례 위험 모델

간격 검열 생존 시간이 주어지면 어떻게 간격 검열 Cox PH 모델을 수행 R합니까? rseek 검색은 패키지를 켜고 intcox더 이상 R저장소에 없습니다. 패키지 의 coxph함수가 survival간격 검열 생존 데이터를 처리 할 수 없다고 거의 긍정적 입니다.

또한 데이터를 무시하고 coxph함수 를 사용하고 싶지 않습니다 . 이 방법은 구간 검열의 불확실성을 무시하기 때문에 계수의 표준 오차를 과소 평가합니다.

r survival cox-model interval-censoring

— wcampbell
소스

normal intcox을 CRAN사용 하지 않아도 패키지를 설치할 수 있습니다 install.packages("intcox").

— smillig

흠 ... 나는 그것을 할 수 없었습니다. 미러 선택이 다운로드에 영향을 줄 수 있습니까?

— wcampbell

가능하지만 모르겠습니다. 방금 Berlin CRAN을 사용하여 약 10 분 전에 수행했습니다 (R 버전 2.15.1).

— smillig

생존 분석 CRAN 작업보기 간격 검열를 지원하는 번호를 포함하여 생존 분석에 사용할 패키지를 요약 한 것입니다.

— jthetzel

2015년 12월 21, 나는 할 수 있었다 install.packages("intcox")어떤 특별한 문제없이 (R-(STABLE)하지만 현대의 R 작동합니다)

— 벤 Bolker

답변:

위에서 언급했듯이 survreg 기능을 사용할 수 있습니다. 참고 사항 : 이것은 엄격하게 Cox PH 모델이 아니라 위치 규모 모델입니다. 기본 로그 변환을 사용하면 이것이 후미 모델입니다. 지수 분포의 경우 비례 위험과 후미 모델이 동일하므로 분포가 지수로 설정된 경우 지수 기준선이있는 비례 위험 모델입니다. 마찬가지로, 기준선 Weibull 분포 후미 모델을 사용하는 경우 모수 추정값은 Weibull 기준선 분포를 사용하여 비례 위험 모델에 사용 된 것과 선형 변환됩니다. 그러나 일반적으로 survreg는 Cox PH 모델에 적합하지 않습니다.

intcox에서 구현 된 것처럼 반 파라 메트릭 모델이 필요한 경우주의 할 사항은 다음과 같습니다. 현재 intcox 버전에 몇 가지 문제가 있습니다 (알고리즘은 일반적으로 MLE에서 상당히 멀리 떨어져 종료되고 무수정 된 관측으로 완벽하게 실패 함, 표준 오류 없음) 자동으로 표시).

사용할 수있는 새로운 대안은 "icenReg"패키지입니다.

편견 허용 : 이것은 icenReg의 저자입니다.

— 클리프 AB
소스

우리 사이트에 오신 것을 환영합니다! 우리는 당신과 당신의 훌륭한 기여를 기쁘게 생각합니다.

— whuber

@Cliff AB ic_sp 함수에서 어떤 반 파라 메트릭 방법을 사용하십니까? 이 방법에 대한 논문이나 튜토리얼이 있습니까?

— Munichong

@Munichong : 전체 논문은 여기 에서 찾을 수 있습니다 . 또는 패키지의 비 네트는 모델에 대한 빠른 소개도 제공합니다. 참조 여기

— 클리프 AB에게

@CliffAB 내 데이터가 너무 커서 메모리에 맞지 않기 때문에 확률 적 인 방식으로 ic_sp를 수정하고 싶습니다. 미니 배치를 ic_sp에 공급하고 maxIter = 1로 설정하고 그라디언트를 가져오고 베타를 반복적으로 업데이트하십시오. ic_sp 함수에서 그래디언트에 액세스하는 방법을 알고 있습니까?

— Munichong

@Munichong : 흥미로운! 불행히도이 방법이 효과가 있다고 생각하지 않습니다. 특히 ic_sp데이터에서 고유 한 시간만큼 많은 매개 변수를 갖는 기준 생존 분포 (오른쪽 검열 된 경우와 달리)를 추정해야합니다. 이것은 미니 배치에 문제를 일으킨다. 연속 시간을 사용하면 기준 단계는 배치마다 정렬되지 않습니다.

— Cliff AB

R에서 구간 검열 분석을 수행하려면 Surv 오브젝트를 작성한 후 survfit ()을 사용해야합니다. 변수가 여러 개인 경우 intcox 패키지가 문제를 해결합니다.

— JMarcelino
소스