생존 분석을위한 CPH, 가속 장애 시간 모델 또는 신경망 비교


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나는 생존 분석에 익숙하지 않으며 최근에 특정 목표가 주어지면 그것을 수행하는 다른 방법이 있다는 것을 배웠습니다. 이러한 방법의 실제 구현 및 적절성에 관심이 있습니다.

나는 시간, 상태 및 기타 의료 데이터를 고려하여 환자의 생존을 얻는 방법으로 전통적인 콕스 비례 위험 , 가속 장애 시간 모델신경망 (다층 퍼셉트론)을 제시했습니다. 이 연구는 5 년 안에 결정된 것으로 알려져 있으며, 목표는 매년 새로운 기록을 줄 생존 위험을 제공하는 것입니다.

Cox PH에서 다른 방법을 선택한 두 가지 사례를 발견했습니다.

  1. " Cox PH 모델에서 생존 시간 측면에서 예측을 얻는 방법 "을 찾았 으며 다음 과 같이 언급되었습니다.

    특정 시점에서 생존 확률의 추정치를 얻는 데 특히 관심이있는 경우 파라 메트릭 생존 모델 (일명 가속 고장 시간 모델)을 제시 합니다. 이들은 R의 생존 패키지로 구현되며, 파라 메트릭 생존 시간 분포를 제공합니다. 여기서 관심있는 시간을 연결하고 생존 확률을 다시 얻을 수 있습니다.

    권장 사이트로 가서 survival패키지 에서 함수를 찾았습니다 survreg.

  2. 이 의견 에서 신경망이 제안되었습니다 .

    ... 생존 ​​분석에 대한 신경망 접근의 한 가지 장점은 Cox 분석의 기초가되는 가정에 의존하지 않는다는 것입니다.

    " 생존 예측을 포함하는 출력으로서 목표 벡터를 갖는 R 신경망 모델 "이라는 질문을 가진 다른 사람 은 신경망과 Cox PH에서 생존을 결정하는 철저한 방법을 제시했다.

    생존을 얻는 R 코드는 다음과 같습니다.

    mymodel <- neuralnet(T1+T2+T3+T4+T5~covar1+covar2+covar3+..., data=mydata, hidden=1)
    compute(mymodel,data=mydata)
  3. R 포럼에 가서 " predict.coxph and predict.survreg " 질문에서이 답변을 찾았습니다 .

    실제로, 사용자의 predict()기능을 coxph통해 직접 "시간"예측을 얻을 수는 없지만 선형 및 지수 위험 점수 만 얻을 수 있습니다. 시간을 확보하기 위해 기준선 위험을 계산해야하고 Cox 모델에 내재되어 있기 때문에 간단하지 않기 때문입니다.

나는 관심있는 기간 동안 생존율을 얻는 데 가장 적합한 세 가지 (또는 Cox PH에 대한 인수를 고려한 두 가지) 중 어느 것이 가장 궁금한가? 나는 생존 분석에 어떤 것을 사용할지 혼란 스럽습니다.

답변:


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모델을 만드는 이유에 따라 다릅니다. 생존 모델을 구성하는 두 가지 주요 이유는 (1) 예측을하거나 (2) 공변량의 효과 크기를 모델링하는 것입니다.

공변량 세트를 사용하여 예상 생존 시간을 얻으려는 예측 설정에서 이들을 사용하려는 경우 신경망은 보편적 근사치이며 일반적인 (반) 모수보다 가정이 적기 때문에 최선의 선택 일 수 있습니다 모델. 덜 대중적이지만 덜 강력하지 않은 또 다른 옵션은 지원 벡터 머신 입니다.

효과 크기를 정량화하기 위해 모델링하는 경우 신경망은 많이 사용되지 않습니다. Cox 비례 위험과 가속 고장 시간 모델을 모두이 목표에 사용할 수 있습니다. 콕스 PH 모델은 현재까지 가장 널리 위험도 각 공변량 / 상호 작용 효과 크기의 측정치를 제공하는 임상에서 사용. 그러나 엔지니어링 환경에서는 AFT 모델이 선택의 무기입니다.


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응답 해주셔서 감사합니다! " 공변량 세트가 주어지면 예상되는 생존 시간을 얻는 것 "이라고 정확히 말하였습니다 . 나는 연구에서 신경망과 SVM과 함께 가야 할 것이다.
Final Litiu

@Marc Claesen : Cox PH 모델은 P (survival time> t)를 제공합니다. 생존 시간의 PDF를 얻을 수 없으며 PDF에서 샘플을 얻을 수 없습니까?
statBeginner

@Marc Claesen 신경망은 생존 분석 문제에 직접 적용 할 수 없지만 생존 분석 문제는 먼저 분류 또는 회귀 문제로 변환되어야한다고 가정합니다. 신경망을 적용 할 수 있도록 생존 분석 문제를 분류 또는 회귀 문제로 변환하는 방법을 설명해 주시겠습니까? 가능한 경우 여기에 답하십시오 stats.stackexchange.com/questions/199549/…
GeorgeOfTheRF
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