이항 GLMM (glmer)을 yes-no count가 아닌 백분율에 적용하는 방법은 무엇입니까?


21

종속 변수가 백분율 인 반복 측정 실험이 있고 독립 변수로 여러 요인이 있습니다. 이 설정을 직접 수용하는 것처럼 보이기 때문에 glmerR 패키지 를 사용 lme4하여 로지스틱 회귀 문제 (을 지정하여 family=binomial) 로 취급 하고 싶습니다 .

내 데이터는 다음과 같습니다

 > head(data.xvsy)
   foldnum      featureset noisered pooldur dpoolmode       auc
 1       0         mfcc-ms      nr0       1      mean 0.6760438
 2       1         mfcc-ms      nr0       1      mean 0.6739482
 3       0    melspec-maxp    nr075       1       max 0.8141421
 4       1    melspec-maxp    nr075       1       max 0.7822994
 5       0 chrmpeak-tpor1d    nr075       1       max 0.6547476
 6       1 chrmpeak-tpor1d    nr075       1       max 0.6699825

그리고 내가 원했던 R 명령이 적절합니다.

 glmer(auc~1+featureset*noisered*pooldur*dpoolmode+(1|foldnum), data.xvsy, family=binomial)

이 문제는 명령이 종속 변수가 정수가 아닌 것에 대해 불평한다는 것입니다.

In eval(expr, envir, enclos) : non-integer #successes in a binomial glm!

이 (파일럿) 데이터를 분석하면 이상한 결과를 얻을 수 있습니다.

binomial가족이 정수 (예-아니오)를 기대 하는 이유를 이해 하지만 백분율 데이터를 직접 회귀하는 것이 좋습니다. 이것을하는 방법?


1
10 개 중 5 개는 1000 개 중 500 개와 동일한 정보가 아니기 때문에 나에게는 괜찮지 않은 것 같습니다. "성공"& 하나의 카운트. "실패".
— Scortchi-Monica Monica 복원

@ Scortchi 감사합니다, 당신이 옳을 수도 있습니다. 나는 stats.stackexchange.com/questions/77376/… 이 질문과 비슷한 비율 (확률 적 결정에서 파생 된)의 백분율의 지속적인 성격에 대해 부분적으로 생각 했지만 정수 수로의 의미있는 변환을 통해 데이터를 표현할 수 있다고 생각합니다.
— Dan Stowell

답변:


22

의 반응 변수로 비율 벡터를 glmer(., family = binomial)사용하려면 weights인수를 사용하여 각 비율로 이어지는 시행 횟수를 설정해야합니다 . 예를 들어 패키지 의 cbpp데이터 사용lme4

glmer(incidence / size ~ period + (1 | herd), weights = size,
   family = binomial, data = cbpp)

총 시행 횟수를 모르는 경우 오류 메시지에 표시된대로 이항 모형이 적합하지 않습니다.


이 작업에 가중치를 사용하는지 여부를 말할 수 없습니다. 그러나 수식 왼쪽에 두 개의 열 행렬 (성공 / 실패)로 데이터를 입력 할 수 있습니다.
— ndoogan

그러나 @ndoogan은 원래 질문은 성공 / 실패가 아닌 비율에 관한 것이 었습니다. 위의 코드는 cbpp도움말 페이지 에서 가져온 것처럼 작동 합니다.
— Steve Walker

충분합니다. 비록, 내 말은 성공을위한 / (실패 하지 이항 모델의 비율 어디에서 온 분열을 의도)입니다.
— ndoogan

+1이지만 독자들은 @BenBolker의 답변 stats.stackexchange.com/questions/189115를 통해 과대 산포를 처리하는 가능한 방법에 대해 보고 싶어 할 것 입니다.
— amoeba는 Reinstate Monica

9

(0,1)


2
이항 모형은 비율의 모형입니다. 그러나 시행 횟수를 알고있는 경우에만 적합합니다. 당신이 가진 모든 것이 시행 횟수의 표시가없는 퍼센트라면, 베타 회귀가 적절하다고 생각합니다.
— ndoogan

(0,1)

고마워, 이것은 좋은 지적이다. 다른 답변은 서면으로 질문에 대답하기 때문에 받아 들일 수 있지만 베타 회귀에 대한 요점은 잘 정립되어 있으므로 올랐습니다.
— Dan Stowell
당사 사이트를 사용함과 동시에 당사의 쿠키 정책과 개인정보 보호정책을 읽고 이해하였음을 인정하는 것으로 간주합니다.
Licensed under cc by-sa 3.0 with attribution required.