«lme4-nlme» 태그된 질문

이 포럼에서를 사용하여 다양한 계층 적 모델을 지정하는 올바른 방법에 대한 많은 토론이 lmer있습니다. 한 곳에서 모든 정보를 얻는 것이 좋을 것이라고 생각했습니다. 시작해야 할 몇 가지 질문 : 어떻게 한 그룹이 다른 내에 중첩되는 여러 수준을 지정합니다 : 그 것이다 (1|group1:group2)나 (1+group1|group2)? 차이 무엇 (~1 + ....)과 (1 | …

160 r  mixed-model  random-effects-model  fixed-effects-model  lme4-nlme 

다음은 중첩 및 교차 임의 효과를 이해하는 방법입니다. 하위 수준 요인이 특정 수준의 상위 수준 요인에만 나타나는 경우 중첩 된 임의 효과가 발생합니다. 예를 들어, 정해진 시간에 수업 내 학생. 에서 lme4나는 우리가 동일한 두 가지 방법 중 하나로 중첩 된 데이터에 대한 임의 효과를 나타냅니다 생각 : (1|class/pupil) # …

88 r  mixed-model  multilevel-analysis  lme4-nlme 

우리가 글머를 다시 장착하면 모델이 수렴하기 어려운 시간을 찾고 있다는 경고를받을 수 있습니다 ... 예 : >Warning message: In checkConv(attr(opt, "derivs"), opt$par, ctrl = control$checkConv, : Model failed to converge with max|grad| = 0.00389462 (tol = 0.001) @Ben Bolker 가이 스레드 에서 설명한 수렴을 확인하는 다른 방법 은 다음과 같습니다. …

88 r  mixed-model  lme4-nlme 

사용하여 로지스틱 회귀 피팅 lme4가 로 끝을 Error in mer_finalize(ans) : Downdated X'X is not positive definite. 이 오류의 가능한 원인은 명백히 순위 부족입니다. 계급 부족이란 무엇이며 어떻게 해결해야합니까?

87 r  logistic  lme4-nlme 

내가 사용하는 몇 가지 혼합 효과 모델 (특히 세로 모델)에 맞게이 lme4에서를 R하지만 정말 모델과 그들과 함께가는 코드를 마스터하고 싶습니다. 그러나 두 발로 다이빙하기 전에 (그리고 책을 사기 전에) 올바른 라이브러리를 배우고 있는지 확인하고 싶습니다. lme4방금보다 쉽게 ​​발견했기 때문에 지금까지 사용 nlme했지만 nlme내 목적에 더 좋으면 사용해야한다고 생각합니다. 나는 단순한 …

85 r  mixed-model  lme4-nlme 

혼합 모델에 맞추기 위해 R의 lme4를 사용합니다. lmer(value~status+(1|experiment))) 가치가 지속되는 곳, 상태와 실험이 요인이며 Linear mixed model fit by REML Formula: value ~ status + (1 | experiment) AIC BIC logLik deviance REMLdev 29.1 46.98 -9.548 5.911 19.1 Random effects: Groups Name Variance Std.Dev. experiment (Intercept) 0.065526 0.25598 Residual 0.053029 …

56 r  hypothesis-testing  mixed-model  p-value  lme4-nlme 

계량 경제학의 "무작위 효과 모델"이 계량 경제학 외부의 "임의 차단과 혼합 된 모델"에 해당한다고 생각했지만 지금은 확실하지 않습니다. 그렇습니까? 계량 경제학은 "고정 효과"및 "무작위 효과"와 같은 용어를 혼합 모형에 대한 문헌과 약간 다르게 사용하며 이는 악명 높은 혼란을 야기합니다. 가 선형 적으로 의존 하지만 다른 측정 그룹에서 다른 절편을 갖는 …

56 mixed-model  econometrics  panel-data  lme4-nlme  plm 

최근에 단어를 다른 상황에서 볼 때 ERP (EEG)를 측정하여 반복 노출 (연습 : 1 일에서 10 일까지)에 대해 새로운 단어의 의미를 얻는 방법을 측정했습니다. 또한 문맥의 속성, 예를 들어 새로운 단어의 의미 (높음 대 낮음)의 발견에 대한 유용성을 제어했습니다. 특히 연습의 효과에 관심이 있습니다 (일). 개별 ERP 기록은 시끄럽기 때문에 …

55 r  mixed-model  lme4-nlme  random-effects-model 

종속 변수, 종속 변수 및 독립 변수 또는 독립 변수 만 로그 변환인지 해석에 차이가 있는지 궁금합니다. 의 경우를 고려 log(DV) = Intercept + B1*IV + Error IV를 백분율 증가로 해석 할 수 있지만 log(DV) = Intercept + B1*log(IV) + Error 또는 내가있을 때 DV = Intercept + B1*log(IV) + …

46 regression  data-transformation  interpretation  regression-coefficients  logarithm  r  dataset  stata  hypothesis-testing  contingency-tables  hypothesis-testing  statistical-significance  standard-deviation  unbiased-estimator  t-distribution  r  functional-data-analysis  maximum-likelihood  bootstrap  regression  change-point  regression  sas  hypothesis-testing  bayesian  randomness  predictive-models  nonparametric  terminology  parametric  correlation  effect-size  loess  mean  pdf  quantile-function  bioinformatics  regression  terminology  r-squared  pdf  maximum  multivariate-analysis  references  data-visualization  r  pca  r  mixed-model  lme4-nlme  distributions  probability  bayesian  prior  anova  chi-squared  binomial  generalized-linear-model  anova  repeated-measures  t-test  post-hoc  clustering  variance  probability  hypothesis-testing  references  binomial  profile-likelihood  self-study  excel  data-transformation  skewness  distributions  statistical-significance  econometrics  spatial  r  regression  anova  spss  linear-model 

편집 2 : 원래 한 요인에 대한 반복 측정으로 2 요인 분산 분석을 실행해야한다고 생각했지만 선형 혼합 효과 모델이 내 데이터에 더 효과적이라고 생각합니다. 나는 무슨 일이 필요한지 거의 알고 있다고 생각하지만 여전히 몇 가지 요점으로 혼란 스럽습니다. 분석해야 할 실험은 다음과 같습니다. 대상은 여러 치료 그룹 중 하나에 배정되었다 …

41 r  anova  mixed-model  repeated-measures  lme4-nlme 

수치 유도 MLE 의의 GLMM가 실제로 어렵고, 나는 알고있다, 우리는 (사용, 예를 들면 무력 최적화를 사용하지 않아야 optim하는 간단한 방식으로). 그러나 내 교육 목적으로 모델을 올바르게 이해하기 위해 노력하고 싶습니다 (아래 코드 참조). 나는에서 일관되지 않은 결과를 얻는다는 것을 알았습니다 glmer(). 특히, glmer내가 작성한 가능성 함수에 따라 MLE을 초기 값으로 …

37 r  maximum-likelihood  optimization  lme4-nlme 

lmer () 모델에서 예측 주위의 예측 간격을 얻고 싶습니다. 이에 대한 토론을 찾았습니다. http://rstudio-pubs-static.s3.amazonaws.com/24365_2803ab8299934e888a60e7b16113f619.html http://glmm.wikidot.com/faq 그러나 그들은 무작위 효과의 불확실성을 고려하지 않은 것으로 보인다. 구체적인 예는 다음과 같습니다. 나는 금붕어를 경주하고 있습니다. 지난 100 개 인종에 대한 데이터가 있습니다. RE 추정치와 FE 추정치의 불확실성을 고려하여 101st를 예측하고 싶습니다. 나는 물고기에 …

37 r  mixed-model  prediction  prediction-interval  lme4-nlme 

Effectspackage 는 package 를 통해 얻은 선형 혼합 효과 모델 결과 를 플로팅 하기위한 매우 빠르고 편리한 방법을 제공 lme4합니다 . 이 effect함수는 신뢰 구간 (CI)을 매우 빠르게 계산하지만 이러한 신뢰 구간은 얼마나 신뢰할 수 있습니까? 예를 들면 다음과 같습니다. library(lme4) library(effects) library(ggplot) data(Pastes) fm1 <- lmer(strength ~ batch + …

36 r  mixed-model  confidence-interval  effects  lme4-nlme 

I는 최근에 실현 화합물 대칭의 혼합 모델의 상호 연관 구조를 설정할 때 임의의 요소와 고정 요소와 다른 요소로만 피사체 혼합 모델은 ANOVA에 해당된다. 그러므로 나는 혼합 된 (즉, split-plot) 분산 분석의 맥락에서 복합 대칭이 무엇을 의미하는지 알고 싶습니다. 복합 대칭 외에도 lme다음과 같은 다른 유형의 상관 구조를 제공합니다. corSymm 추가 …

35 correlation  anova  mixed-model  lme4-nlme 

다음과 같이 구성된 실험에서 수집 한 데이터가 있습니다. 각각 30 그루의 나무가있는 두 곳. 15 개가 치료되고 15 개가 각 현장에서 통제됩니다. 각 나무에서 우리는 줄기 세 조각과 뿌리 세 조각을 샘플링하므로 나무 당 6 레벨 1 샘플이 두 요소 수준 (뿌리, 줄기) 중 하나로 표시됩니다. 그런 다음 줄기 / …

34 r  mixed-model  model  nested-data  lme4-nlme