전산 과학

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처음부터 병렬 과학 계산 소프트웨어를 개발하고 싶습니다. 어떤 언어를 시작할지 생각하고 싶습니다. 이 프로그램에는 많은 LU 인수 분해 및 희소 선형 솔버 사용과 함께 데이터를 txt 파일로 읽고 쓰는 작업과 많은 계산을 동시에 수행하는 작업이 포함됩니다. 내가 생각한 후보 솔루션은 OpenMP 또는 공동 배열을 사용하는 Fortran 2003/2008, openmp cilk + …

18 python hpc c++ fortran simulation

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GPU가 CPU보다 빠른 통계 방법은 무엇입니까?

방금 데스크탑에 Nvidia GT660 그래픽 카드를 설치했으며, 어려움을 겪은 후 R과 인터페이스 할 수 있습니다. GPU, 특히 gputools를 사용하는 여러 R 패키지를 가지고 놀았으며 GPU와 CPU에서 몇 가지 기본 작업을 수행하는 데 걸리는 시간을 비교했습니다. 인 버팅 매트릭스 (CPU 더 빠름) qr 분해 (CPU 더 빠름) 큰 상관 행렬 (CPU …

18 r gpu

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BLAS 구현은 동일한 결과를 보장합니까?

두 가지 다른 BLAS 구현이 주어지면 정확히 동일한 부동 소수점 계산을 수행하고 동일한 결과를 반환 할 것으로 기대할 수 있습니까? 또는 예를 들어 스칼라 곱을 하고 다른 하나는 계산하여 IEEE 부동 소수점에서 다른 결과를 얻을 수 산수?( ( x1와이1+x2와이2) + x삼와이삼)+ x4와이4((엑스1와이1+엑스2와이2)+엑스삼와이삼)+엑스4와이4 ((x_1y_1 + x_2y_2) + x_3y_3) + x_4y_4 ( …

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과학 코드의 많은 상수, 변수를 다루는 C ++ 모범 사례

흐름에 존재하는 생물학적 물질로 유체 흐름을 시뮬레이션하는 코드를 개발 중입니다. 여기에는 몇 가지 추가 생물학적 모델과 결합 된 표준 Navier-Stokes 방정식이 포함됩니다. 많은 매개 변수 / 상수가 있습니다. 주요 계산을 처리하는 함수를 작성했지만 문제는 이러한 계산에 의존하는 많은 상수 / 매개 변수입니다. 함수에 10-20 개의 인수를 전달하는 것은 번거로운 것 …

17 c++

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어떤 버전의 포트란을 배워야합니까?

저는 항공 우주 공학 분야에 관심이있는 기계 공학 학생입니다. 여기서 Fortran은 여전히 일반적으로 사용됩니다. 배우기 위해 시간을 투자해야하는 포트란 버전은 무엇입니까?

17 fortran

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상위 Runge–Kutta 방법이 더 자주 사용되지 않는 이유는 무엇입니까?

나는 왜 높은 차수 (즉, 4보다 큰) Runge-Kutta 방법이 거의 논의되지 않은지 (최소한 나의 지식으로는) 왜 궁금했다. 나는 단계 당 더 많은 계산 시간이 필요하다는 것을 이해하지만 (예 : 12 차 임베디드 단계가있는 RK14 ) 더 높은 Runge-Kutta 방법 (예 : 안정성 문제)을 사용하는 다른 단점이 있습니까? 극단적 인 시간 …

17 ode runge-kutta

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멋진 소프트웨어 디자인으로 20 %의 성능 저하

객체 지향 프로그래밍을 최대한 활용하도록 가르치는 방법으로 희소 행렬 계산을위한 작은 라이브러리를 작성하고 있습니다. 나는 부품 (연결성 구조를 나타내는 희소 행렬과 그래프)이 매우 느슨하게 결합 된 멋진 객체 모델을 만들기 위해 열심히 노력했습니다. 내 생각에 코드는 훨씬 확장 가능하고 유지 관리가 가능합니다. 그러나 무딘 접근 방식을 사용하는 것보다 다소 느립니다. …

17 linear-algebra sparse-matrix oop

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불연속 Galerkin : 노드 대 모달 장단점

불연속 galerkin 방법에서 솔루션을 나타내는 두 가지 일반적인 접근 방법이 있습니다 : 노드와 모달. 모달 : 해는 모달 계수에 곱한 다항식을 곱한 값으로 표시됩니다. 예 : 여기서 는 일반적으로 직교 다항식 예를 들어 Legendre. 이것의 하나의 장점은 직교 다항식이 대각선 질량 행렬을 생성한다는 것이다.u ( x , t ) = …

17 fluid-dynamics discontinuous-galerkin

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이진 대 ASCII 파일 크기

나중에 Paraview (.vtu 또는 vtk 파일)로 읽을 계산에서 일부 데이터를 작성해야합니다. 파일 크기에 관해서는 ASCII 형식이나 이진 형식으로 가야합니까?

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파이썬 대 FORTRAN

FORTRAN 또는 Python 중 어느 것이 더 낫습니까? 그리고 두 경우 모두 Gnuplot이 필요하다고 생각합니다. 현재 Windows 컴퓨터에서 작업하고 있습니다. Monte-Carlo 시뮬레이션, 수치 적분 및 미분, 분자 역학 등 물리 문제에 대한 수치 솔루션을 얻는 데 사용하고 싶습니다. FORTRAN (믿습니다)과 Python을 모두 소개하는 계산 물리학 과정을 봤습니다. 하나를 시작한 다음 …

17 python fortran

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스크립팅 된 메시 생성 소프트웨어

메쉬 생성 소프트웨어를 찾고 있습니다. 무료이며 오픈 소스입니다. 도메인 지정을위한 정상적인 스크립팅 인터페이스 제공 복잡한 형상에 사용 2D 및 3D 메시를 생성 할 수 있습니다. 어떤 옵션이 있습니까?

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현재 사용 가능한 GPU가 배정도 부동 소수점 산술을 지원합니까?

24 개의 Intel Xeon CPU를 포함하는 노드로 구성된 Ubuntu Linux 클러스터에서 MD (Molecular Dynamics) 코드 GROMACS 를 실행했습니다 . 내 관심의 대상은 부동 소수점 산술 정밀도에 다소 민감하다는 것이 밝혀 졌으므로 배정 밀도의 높은 계산 비용에도 불구하고 단 정밀도가 아닌 배정 밀도로 GROMACS를 실행해야했습니다. 클러스터에서 GROMACS를 배정도로 컴파일했습니다. CPU에 비해 …

17 hpc floating-point molecular-dynamics gpu

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로그-로그 병렬 스케일링 / 효율 플롯

내 자신의 많은 작업이 알고리즘의 스케일링을 개선하는 데 중점을두고 있으며, 병렬 스케일링 및 / 또는 병렬 효율성을 나타내는 선호되는 방법 중 하나는 코어 수에 대해 알고리즘 / 코드의 성능을 플롯하는 것입니다. 여기서 축은 코어 수를 나타내고 y 축은 몇 가지 메트릭을 나타냅니다 ( 예 : 단위 시간당 수행 한 작업). …

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대략적인 수치 미분법을 사용한 뉴턴-라프 슨 근사의 단점

함수 있고 f ( x ) ≈ 0 과 같은 x 를 찾고 싶다고 가정 해 봅시다 . Newton-Raphson 방법을 사용할 수 있습니다. 그러나 이것은 미분 함수 f ' ( x )를 알아야합니다 . f에 대한 분석 표현식을 사용하지 못할 수 있습니다. 예를 들어, f 는 실험 값의 데이터베이스를 참조하는 …

17 reference-request approximation

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Conjugate gradient가 GMRES보다 훨씬 잘 작동하는 문제

Conjugate gradient가 GMRES 방법보다 훨씬 우수한 경우에 관심이 있습니다. 일반적으로 CG는 저장이 덜 필요하고 CG에 대한 수렴 률에 대한 이론적 경계가 GMRES의 두 배이기 때문에 많은 SPD (대칭-양의-정의) 경우에 선호됩니다. 그러한 비율이 실제로 관찰되는 데 문제가 있습니까? GMRES가 동일한 수의 spmvs (희소 한 행렬-벡터 곱셈)에 대해 CG에 비해 성능이 우수하거나 …

17 linear-solver conjugate-gradient gmres