전산 과학

두 행렬이 모두 CSC 또는 CSR 형식이라는 가정하에 희소 행렬 곱셈 연산에 대해 0이 아닌 숫자를 미리 찾는 빠르고 효율적인 방법이 있는지 궁금합니다. smmp 패키지에 하나가 있지만 C 또는 C ++로 이미 구현 된 것이 필요하다는 것을 알고 있습니다. 도움을 주시면 감사하겠습니다. 미리 감사드립니다.

17 matrix  sparse-matrix 

다른 날에는 전산 유체 역학 강사가 없었으며 박사 학위 후보를 보내 그를 대신했습니다. 그는 강의에서 유체 흐름 시뮬레이션을위한 다양한 이산화 기법과 관련된 몇 가지 단점을 지적하는 것처럼 보였다. 유한 차이 방법 : 보존을 만족시키고 불규칙한 형상을 적용하기가 어렵습니다. 유한 체적 방법 : 가장자리와 1 차원 물리학쪽으로 편향되는 경향이 있습니다. 유한 …

17 fluid-dynamics 

병렬 축소는 해당 작업이 연관되어 있다고 가정합니다. 부동 소수점 숫자를 추가하면이 가정이 위반됩니다. 내가 왜 이것에 관심이 있는지 물을 수 있습니다. 음, 결과를 재현성이 떨어집니다. 그리고 시뮬레이션 된 어닐링이 그러한 재현 불가능한 결과를 생성하는 서브 루틴에 대해 매개 변수를 최적화 (또는 적합)하기 위해 사용될 때 더 나빠집니다. 이 문제를 처리하는 …

17 parallel-computing  reproducibility 

최소의 범위를 찾고자하는 비 볼록 2D 기능이 있습니다. 이 기능은 매우 부드럽습니다. 그것을 평가하는 것은 비용이 많이 든다. 허용 가능한 오류는 각 축에서 함수 도메인의 약 3 %입니다. NLOPT 라이브러리에서 DIRECT 알고리즘의 구현을 시도했지만 필요한 정확도에 필요한 함수 평가량 측면에서 무차별 강제 검색보다 크게 개선되지 않았으며 일부 이상 치가있었습니다. 다른 …

17 optimization 

공유 메모리 환경 (예 : OpenMP, Pthreads 또는 TBB를 통해 스레드)에서 메모리 대역폭 제한 계산을 수행 할 때 각 스레드가 대부분의 메모리에 액세스 하도록 메모리가 실제 메모리에 올바르게 분산되도록하는 방법에는 딜레마가 있습니다. "로컬"메모리 버스. 인터페이스는 이식성이 없지만 대부분의 운영 체제에는 스레드 선호도를 설정하는 방법이 있습니다 (예 : pthread_setaffinity_np()많은 POSIX 시스템, …

17 performance  memory-management  multicore 

C ++ 언어는 템플릿을 통한 일반적인 프로그래밍 및 메타 프로그래밍 을 제공합니다 . 이러한 기술은 많은 대규모 과학 컴퓨팅 패키지 (예 : MPQC , LAMMPS , CGAL , Trilinos )에 적용되었습니다. 그러나 전체 개발 시간과 동일하거나 적절한 효율성에 대한 유용성 측면에서 C 또는 Fortran과 같은 비 제네릭, 비 메타 언어를 …

17 performance  c++  programming-paradigms 

나는 항상 손으로 물건을 계산하지만, 지금 나의 동지들은 불쾌 해지고 위의 표현과 같이 물건을 막는 것과 관련하여 많은 반복적 인 운동을하고 있습니다. 이러한 종류의 방정식을 단순화하기 위해 Python 또는 R과 같은 오픈 소스 소프트웨어에 특히 관심이 있습니다. 나는 볼프람 알파를 사용하여 시도 하지만 실패했습니다. 식 x = √ 를 대체 …

17 education  symbolic-computation 

수치 분석법 문헌에서, 많은 연구 논문은 새로운 알고리즘 변형에 대한 설명으로 구성되며, 새로운 분석법을 하나 또는 두 개의 기존 분석법과 비교하는 몇 가지 테스트 문제가 뒤 따릅니다. 이것은 결정하기 어렵다 새로운 관심사가 다른 관심있는 문제 에서 어떻게 수행 될 것인가 새로운 방법이 기존의 다른 방법 과 비교되는 방법 물론이 두 …

17 pde  testing 

다중 고유 값과 벡터를 계산하기 위해 멀티 그리드를 사용할 계획이며 PETSc가 멀티 그리드에 대한 높은 수준의 지원을하는 것으로 나타났습니다. PETSc 문서에 따르면 PETSc의이 부분은 곧 교체 될 예정이므로 사용해서는 안됩니다. 어떤 다른 라이브러리가 멀티 그리드에 대한 높은 수준의 지원을 제공하고 있으며 PETSc가 새로운 멀티 그리드 지원을 얼마나 빨리 릴리스 할 …

17 petsc  libraries  multigrid 

OS X의 시작으로, 과학 컴퓨팅 및 HPC 응용 프로그램을위한 플랫폼으로서 Mac OS에 대해 적어도 Mac 세계 (당시 과학적 컴퓨팅에 가까운 곳은 없었 음)에는 많은 허브가있는 것 같았습니다. XGrid는 즉시 사용 가능했으며 Virginia Tech에는 멋진 Mac 기반 컴퓨팅 클러스터가 있었고 Stanford는 멋진 일 등을하고있었습니다. 그러나 최근에는 상황이 조용했습니다. Macresearch.org 사이트는 본질적으로 …

17 software  hpc 

과학 알고리즘을 개발하는 것은 실험 설계의 일부 나 알고리즘 성능의 일부로 변하기를 원하는 많은 매개 변수의 변경을 포함하는 반복 프로세스입니다. 반복 사이에서 쉽게 변경할 수 있고 쉽게 새로 추가 할 수 있도록 이러한 매개 변수를 구성하기 위해 어떤 전략을 취할 수 있습니까?

17 algorithms  testing  programming-paradigms 

ODE 시스템에 대한 IVP , y ( x 0 ) = y 0을 고려하십시오 . 가장 일반적으로이 문제는 Jacobi 행렬에서 뻣뻣한 것으로 간주됩니다y′=f(x,y)y′=f(x,y)y'=f(x,y)y(x0)=y0y(x0)=y0y(x_0)=y_0∂f∂y(x0,y0)∂f∂y(x0,y0)\frac{\partial f}{\partial y}(x_0,y_0) has both eigenvalues with very large negative real part and eigenvalues with very small negative real part (I consider only the stable case). 반면에 단 …

17 ode  stiffness 

저의 논문은 연소 모델 감소를위한 수치 적 방법을 개발하는 것입니다. 연소 시뮬레이션의 화학 부분에서 순수하게 분석법을 실행하고 0-D 시뮬레이션 (유량 없음)에 대한 많은 사례 연구가 있습니다. 내가 원하는 것은 흐름이있는 시뮬레이션, 바람직하게는 2D 또는 3D 시뮬레이션을 실행하는 것입니다. 계산 요구 사항이 높기 때문에 이러한 시뮬레이션은 병렬로 수행해야합니다. 또한 Chemkin 또는 …

17 pde  fluid-dynamics  software  parallel-computing 

마지막으로 새로 발견 된 분자 개체에서 원자가 공간적으로 어떻게 배열되는지 알아 냈습니다. 예를 들어, 분광법을 통해, 당신은 이제 많은 원자 좌표, 원자 유형, 결합 길이, 결합 유형 및 분자에 대한 것들을 소유하고 있습니다. 이제 분자의 점 그룹 (대칭 그룹)을 결정하는 데 관심이 있습니다. 메탄 (같은 간단한 분자 ), 또는 벤젠 …

17 computational-chemistry 

저의 배경은 유전체학이지만 최근 단백질 구조와 관련된 문제를 다루고 있습니다. C로 몇 가지 관련 프로그램을 작성하여 프로세스에서 처음부터 내 PDB 파일 파서를 작성했습니다. 나는 정말로 강력한 파서를 만드는 것에 대해 걱정하지 않았다. 나는 스스로 하나를 만드는 것이 PDB 형식을 실제로 이해하도록하는 가장 좋은 방법이라는 것을 알았다. 이제이 과정을 거쳤으므로 좀 …

17 computational-biology  pdb  c