전산 과학

전산 물리학 저널 (Journal of Computational Physics)은 과거에 컴퓨터 과학의 중요한 출구였으며, 이전에 출판했습니다. 서명 한 사람 (나 같은) 사람들의 이익을 위해 엘스 비어의 불매 운동을 , 어떤 비 엘스 비어 저널은 전산 물리학 저널에 제출 된 수의 논문을 발간하기위한 적절한 장소가 될 것입니다? 좋은 대안은 : JCP와 관련된 주제에서 …

29 publications 

물리학 학사 학위를 취득한 사람으로서 분자 시뮬레이션 작업을 시작했을 때 다소 스캔들되었습니다. 가장 상세하고 계산적으로 비싼 시뮬레이션조차도 첫 번째 원리에서 물의 전체 동작을 정량적으로 재현 할 수 없다는 것을 발견 한 것은 충격적이었습니다. 이전에는 양자 역학의 기본 법칙이 중력을 제외하고는 일반적으로 분자 규모와 관련이 없다고 여겨지는 문제라고 생각했습니다. 그러나 일단 …

29 quantum-mechanics  simulation 

나는 최근 에 메타 현상 의 공식화 에 직면했다 : " 두 개는 쉽고, 세 개는 어렵다 "(Federico Poloni에 의해 이런 식으로 표현됨). 두 개체에 대해 특정 문제가 공식화되면 비교적 쉽게 해결할 수 있습니다. 그러나, 3 개 엔터티-포 뮬레이션에 대한 알고리즘은 그 어려움을 엄청나게 증가 시키며, 심지어 솔루션을 실현 불가능하거나 …

29 linear-algebra  computational-physics  computational-geometry  computational-chemistry 

문제 현재 유한 요소 탐색기 스토크 스 시뮬레이션에서 작업 중이며 다양한 매개 변수의 효과를 조사하고 싶습니다. 일부 매개 변수는 입력 파일 또는 명령 행 옵션을 통해 지정됩니다. 다른 매개 변수는 Makefile에 플래그로 제공되므로 해당 옵션을 변경할 때마다 코드를 다시 컴파일해야합니다. 매개 변수 공간을 체계적으로 탐색하는 좋은 방법에 대한 조언을 얻고 …

29 software  finite-element  python  c++ 

데트 ( A ) ≈ 0데트(에이)≈0\det(A) \approx 0 대화도 마찬가지입니까? 잘못 조정 된 행렬에 거의 제로 결정 요인이 있습니까? 옥타브에서 시도한 것이 있습니다. a = rand(4,4); det(a) %0.008 cond(a)%125 a(:,4) = 1*a(:,1) + 2*a(:,2) = 0.000000001*ones(4,1); det(a)%1.8E-11 cond(a)%3.46E10

29 linear-algebra  condition-number 

MPI 표준 3.0 버전은 공식적으로 C ++ 인터페이스를 삭제했습니다 (이전에는 더 이상 사용되지 않음). 구현에서 여전히 지원할 수 있지만 MPI-3의 새로운 기능에는 MPI 표준에 정의 된 C ++ 인터페이스가 없습니다. 자세한 내용은 http://blogs.cisco.com/performance/the-mpi-c-bindings-what-happened-and-why/ 를 참조하십시오. MPI에서 C ++ 인터페이스를 제거하려는 동기는 C 인터페이스보다 중요한 가치가 없다는 것이 었습니다. "s / …

28 c++  mpi 

통계 및 다양한 응용에서 공분산 행렬을 계산합니다. 공분산 행렬 은 다양한 용도에 대해 양의 명확한 (고려 된 경우) 대칭입니다. 때때로, 우리는 다양한 계산을 위해이 행렬의 역수가 필요합니다 (예를 들어,이 역을 (단독) 중심 행렬로하는 2 차 형태). 이 매트릭스의 품질과 의도 된 용도를 고려할 때 다음과 같이 궁금합니다. 수치 안정성 측면에서이 …

27 linear-algebra  matrix 

과학 컴퓨팅에서 병렬화로 속도를 낼 수없는 유명한 문제 / 알고리즘이 있습니까? CUDA에 관한 책을 읽는 동안 대부분의 일이 가능할 것 같습니다.

27 parallel-computing 

편집 : 고유 값의 크기가 1 이상인지 테스트하고 있습니다. 큰 희소 비대칭 행렬의 최대 절대 고유 값을 찾아야합니다. 나는 R의 eigen()함수를 사용하여 EISPACK 또는 LAPACK의 QR algo를 사용하여 모든 고유 값을 찾은 다음 abs()절대 값을 얻는 데 사용 합니다. 그러나 나는 더 빨리해야합니다. igraphR 패키지 에서 ARPACK 인터페이스를 사용해 보았습니다 …

27 linear-algebra  algorithms  eigensystem  sparse-matrix 

나는 오래된 Fortran 77 코드를 감싸기 위해 f2py2e 를 알고 있지만 새로운 Fortran 95 코드에서는 작동하지 않는다는 것을 이해하고 있습니다. 나는 무엇을 사용 해야하는지 연구하고 fwrap과 G3 f2py를 보았습니다.이 중 현재 상태에 대한 설명이나 사용법 (기본 사용법 제외)은 없습니다. 또한 f2py 버전에는 3 세대 f2py를 사용할 수있는 옵션이 있지만 작동하지 …

27 python  fortran 

파이썬의 numpy 라이브러리를 사용하여 여러 행과 열의 순서를 변경하여 밀도가 높은 사각형 전이 행렬을 제자리에서 수정하고 싶습니다. 수학적으로 이것은 순열 행렬 P에 의해 행렬을 미리 곱하고 P ^ -1 = P ^ T에 의해 곱셈하는 것에 해당하지만, 이것은 계산적으로 합리적인 해결책은 아닙니다. 지금은 수동으로 행과 열을 교환하고 있지만 numpy에는 멋진 …

27 linear-algebra  python  numpy 

내가 작업 한 프로젝트의 C ++ 선형 대수 라이브러리를 살펴 보았습니다. 여전히 이해하지 못하는 것은 BLAS와 LAPACK을 다른 선형 대수 라이브러리에 연결하는 것입니다. 선형 대수 라이브러리에 대한이 기사를 살펴보면 흥미로운 점을 발견했습니다. 일부 라이브러리는 BLAS 및 LAPACK과 독립적입니다. 일부는 BLAS 및 LAPACK이 필요합니다 일부는 BLAS 및 LAPACK에 대한 선택적 인터페이스가 …

26 linear-algebra  software  lapack  blas 

분자 시뮬레이션에서 다루어야 할 주요 문제 중 하나는 거리 의존적 힘의 계산입니다. 우리는 이격 거리의에도 힘을 가지고 힘과 거리의 기능을 제한 할 수있는 경우 , 우리는 거리의 제곱 계산할 수 있습니다 R 2 = R ⋅ 연구를 하고에 대해 걱정할 필요가 없습니다 R . 그러나 이상한 힘이 있다면 r = …

26 efficiency 

이 질문은 계산 과학 스택 교환에서 답변을 얻을 수 있기 때문에 수학 스택 교환에서 마이그레이션 되었습니다. 6 년 전에 이주했습니다 . 수치 ODE 솔버 의 소프트웨어 라이브러리 작업을 시작 하려고하며 솔버 구현을위한 테스트를 공식화하는 방법에 어려움을 겪고 있습니다. 내 야심은 결국 라이브러리에는 비 강성 및 뻣뻣한 문제에 대한 솔버와 적어도 …

26 ode 

PDE에 대한 일반적인 이산화 체계에 익숙하지 않습니다. 크랭크-니콜슨 (Crank-Nicolson)이 확산 방정식을 이산화시키는 데 널리 사용되는 방식이라는 것을 알고 있습니다. 이류 용어로도 좋은 선택입니까? 반응 확산 확산 현상 방정식 을 푸는 데 흥미가 있습니다 . ∂u∂t+∇⋅(vu−D∇u)=f∂u∂t+∇⋅(vu−D∇u)=f\frac{\partial u}{\partial t} + \nabla \cdot \left( \boldsymbol{v} u - D\nabla u \right) = f 여기서 …

26 pde  discretization  advection  diffusion