«molecular-dynamics» 태그된 질문

24 개의 Intel Xeon CPU를 포함하는 노드로 구성된 Ubuntu Linux 클러스터에서 MD (Molecular Dynamics) 코드 GROMACS 를 실행했습니다 . 내 관심의 대상은 부동 소수점 산술 정밀도에 다소 민감하다는 것이 밝혀 졌으므로 배정 밀도의 높은 계산 비용에도 불구하고 단 정밀도가 아닌 배정 밀도로 GROMACS를 실행해야했습니다. 클러스터에서 GROMACS를 배정도로 컴파일했습니다. CPU에 비해 …

17 hpc  floating-point  molecular-dynamics  gpu 

옥타브에서 두 벡터의 유클리드 거리를 계산하는 빠른 방법이 있는지 알고 싶습니다. 특별한 기능이없는 것 같습니다. 따라서 수식을 사용해야 sqrt합니까?

16 octave  discretization  nonlinear-equations  newton-method  visualization  fluid-dynamics  mesh-generation  finite-element  finite-volume  optimization  algorithms  approximation  fluid-dynamics  navier-stokes  comsol  modeling  optimization  sparse-matrix  matrix  condition-number  visualization  matlab  quadrature  blas  intel-mkl  finite-element  gpu  discontinuous-galerkin  mathematica  optimization  convex-optimization  algorithms  reference-request  matlab  statistics  finite-element  numerical-analysis  petsc  molecular-dynamics  machine-learning  statistics  visualization  open-source  statistics  image-processing  visualization  python  petsc  finite-element  fluid-dynamics  stability  navier-stokes  incompressible 

Gromacs 및 DL_POLY와 같은 여러 소프트웨어 패키지를 사용하여 분자 역학 (MD) 시뮬레이션을 실행하고 있습니다. Gromacs는 이제 입자 분해 및 도메인 분해 알고리즘을 모두 지원합니다. Gromacs 시뮬레이션은 도메인 분해를 사용하지만, 최근까지 입자 분해가 Gromacs에서 구현 된 유일한 방법 임에도 불구하고 도메인 분해를 사용합니다. Gromacs 논문 중 하나 (DOI 10.1002 / jcc.20291)에서 …

15 parallel-computing  efficiency  molecular-dynamics  simulation 

저는 분자 역학 (MD) 시뮬레이션을 처음 사용합니다. 시뮬레이션 시간 측면에서 분자 역학 시뮬레이션의 복잡성은 무엇입니까? 다시 말해, 시뮬레이션 시간을 10 나노초에서 20 나노초로 늘리려면 런타임 증가와 관련하여 무엇을 기대할 수 있습니까?

14 molecular-dynamics  complexity 

이론적으로 에너지를 보존해야하는 시스템에서 가장 정확한 시뮬레이션은 에너지를 보존 할뿐 아니라 정확한 위치, 속도 등을 제공합니다. RK4는 leapfrog보다 정확하지만 leapfrog는 에너지를 절약하고 RK4는 그렇지 않습니다. 왜 이런거야?

13 computational-physics  time-integration  molecular-dynamics  runge-kutta 

테스트 목적으로 물의 분자 역학 시뮬레이션을 실행하고 있습니다. 상자가 아주 작습니다. 고전적인 MD를 사용하는 사람에게 물어 보면 DFT 사람에게 물어 보면 상대적으로 큽니다. 주기적 경계 조건에 58 개의 물 분자가 있습니다. CPU 시간을 절약하기 위해 ab initio MD를 실행하기 전에 클래식 포스 필드로 셀을 최적화하고 있습니다. 시스템을 1ns 동안 고전적으로 …

9 molecular-dynamics  density-functional-theory