전산 과학

내가 이해하는 것처럼 선형 프로그램에 대한 솔루션은 항상 다면체 실행 가능한 세트의 정점에서 발생하기 때문에 (솔루션이 존재하고 최소화 문제를 가정하여 최적의 목적 함수 값이 아래에서 제한되는 경우) 어떻게 검색 할 수 있습니까? 실현 가능한 지역의 내부가 더 좋습니까? 더 빨리 수렴됩니까? 어떤 상황에서 내부 포인트 방법보다 단순한 방법을 사용하는 것이 …

14 convex-optimization  linear-programming 

필자는 PDE에 대한 근사 솔루션을 찾는 대부분의 방법이 차원 수에 따라 확장 성이 낮으며 Monte Carlo가 ~ 100 차원을 요구하는 상황에 사용된다는 것을 알고 있습니다. ~ 4-10 차원에서 PDE를 효율적으로 수치 적으로 해결하는 좋은 방법은 무엇입니까? 10 ~ 100? 몬테카를로 외에 차원의 수에 맞게 확장 할 수있는 방법이 있습니까?

14 pde  monte-carlo  high-dimensional 

플라즈마 역학 시뮬레이션은 종종 너무 많은 정보를 생성합니다. 시뮬레이션 중에 최소 10 개의 속성에 대해 (8192x1024x1024x1500)의 그리드 (x, y, z, t)에 다양한 물리적 속성을 기록합니다. 이 정보는 시뮬레이션이 완료된 후에 처리됩니다. 그것으로 우리는 속성 영화를 만들고 푸리에 분석, 평균 속성을 계산합니다. 우리가 작은 시스템을 연구 할 때 가능한 한 많은 …

14 performance  io  data-management 

저는 수학적 생물학 / 역학 분야에서 상당히 많이 일하고 있습니다. 대부분의 모델링 / 계산 과학 연구는 여전히 ODE 세트에 의해 지배되고 있으며, 때로는 상당히 정교한 ODE 세트가 있습니다. 이 모델의 장점 중 하나는 설명하고 복제하기가 쉽다는 것입니다. 매개 변수 값과 방정식 자체에 대한 표를 제공하며, 연구 수행에 필요한 방식으로 연구를 …

14 ode  computational-biology 

멀티 그리드 방법은 일반적으로 레벨에서 Dirichlet 문제를 해결합니다 (예 : point Jacobi 또는 Gauss-Seidel). 연속 유한 요소법을 사용할 때 작은 Dirichlet 문제를 조립하는 것보다 작은 Neumann 문제를 조립하는 것이 훨씬 저렴합니다. BDDC (FETI-DP와 같은)와 같은 비 중첩 도메인 분해 방법은 레벨에서 "고정 된"Neumann 문제를 해결하는 멀티 그리드 방법으로 해석 할 …

14 pde  multigrid 

PETSc를 가지고 놀고 있었고 MPI 를 통해 둘 이상의 프로세스로 프로그램 을 실행할 때 더 느리게 실행되는 것으로 나타났습니다 ! 무슨 일이 일어나고 있는지 어떻게 확인할 수 있습니까?

14 linear-algebra  petsc 

저는 분자 역학 (MD) 시뮬레이션을 처음 사용합니다. 시뮬레이션 시간 측면에서 분자 역학 시뮬레이션의 복잡성은 무엇입니까? 다시 말해, 시뮬레이션 시간을 10 나노초에서 20 나노초로 늘리려면 런타임 증가와 관련하여 무엇을 기대할 수 있습니까?

14 molecular-dynamics  complexity 

분자가 비 결합 파괴 조건에있을 때 Hartree-Fock이 평형 기하학을 계산하기에 근사치가 아닌 경우가 있습니까?

14 computational-chemistry  hartree-fock 

혼합 정수 프로그래밍 문제가 있습니다. 그리고 현재 GLPK를 솔버로 사용하고 있습니다. 그러나 GLPK는 선형 프로그래밍 문제에는 좋지만 Mixed Integer 프로그래밍에는 시간이 훨씬 오래 걸리므로 요구 사항을 충족하지 못합니다. 다른 소프트웨어를 찾고 있습니다. 빠른 속도로 혼합 정수 프로그래밍 문제를 해결하기위한 다른 좋은 오픈 소스 도구가 있습니까? 감사!

14 optimization  software  linear-programming  mixed-integer-programming 

Eigen , Trilinos 및 deal.II 와 같은 계산 과학에서 잘 알려진 C ++ 라이브러리 std::complex<>는 복잡한 부동 소수점 숫자를 나타내는 표준 C ++ 템플릿 헤더 라이브러리 객체를 사용 합니다. 기본 생성자에 대한 질문에 대한 Jack Poulson의 답변 에서 그는 "여러 가지 이유로" Elementalstd::complex 에서 자신의 구현을 가지고 있다고 지적합니다 . …

14 linear-algebra  c++  programming-paradigms  complex 

저는 계산 물리학에 관심이 많으며 이러한 주제를 연구하는 것은 매우 재미 있습니다. 해외로 한 학기를 갈 계획인데 계산 물리학으로 어떤 대학이 잘 알려져 있는지 궁금했습니다. 특히 미국의 대학과 관련하여? 전산 물리학은 거대하고 독립적 인 물리학 분야가 아니라 종종 이론 물리학 부서에 통합되어 있음을 알고 있습니다. 그럼에도 불구하고 저는 활발하고 성장하는 …

14 education 

선형 합동 의사 난수 생성기 (PRNG)를 사용한다고 가정합니다. 시드 , 곱셈 계수 (a), 이동 계수 (c) 및 모듈러스 계수 (m)가 주어지면 PRNG 기간을 어떻게 결정할 수 있습니까? 실험 / 패턴 감지 알고리즘으로 결정합니까, 아니면주기를 계산하기위한 직접적인 공식이 있습니까? 엑스0x0x_0 내 질문은 특히 선형 합동 방법에 관한 것이지만, 다른 PRNG에 대해서도 …

14 random-number-generation 

두 벡터 사이의 각도에 대한 고전적인 공식을 적용 할 때 : α=arccosv1⋅v2∥v1∥∥v2∥α=arccos⁡v1⋅v2‖v1‖‖v2‖\alpha = \arccos \frac{\mathbf{v_1} \cdot \mathbf{v_2}}{\|\mathbf{v_1}\| \|\mathbf{v_2}\|} 매우 작거나 예각 인 경우 정밀도가 떨어지고 결과가 정확하지 않다는 것을 알 수 있습니다. 이 스택 오버플로 답변에 설명 된 것처럼 한 가지 해결책은 대신 아크 탄젠트를 사용하는 것입니다. α=arctan2(∥v1×v2∥,v1⋅v2)α=arctan⁡2(‖v1×v2‖,v1⋅v2)\alpha = \arctan2 …

14 algorithms  precision  numerical-limitations 

물리학, 생물학, 화학 등은 실험을위한 다양한 규칙 세트를 가지고 있습니다 : 관련이있는 사건, 샘플의 오염을 피하는 방법, 재생 과정을 만들고 수정하는 방법 등. 수치 실험에서 정확성과 재현성을 보장하기위한 표준, 프로토콜 및 모범 사례는 무엇입니까?

13 benchmarking  reproducibility  experiment 

내가 작업중 인 소프트웨어 프로젝트에서 밀도가 낮은 하위 행렬의 경우 특정 계산이 훨씬 쉽습니다. 일부 문제 인스턴스에는 밀도가 낮은 하위 행렬이 포함되어 있지만 요인이 아닌 전체가 제공되므로 하위 순위 구조를 활용하려면 순위를 확인하고 행렬을 인수 분해해야합니다. . 문제의 행렬은 일반적으로 완전히 또는 거의 완전히 밀도가 높으며 n은 100에서 수천까지입니다. 행렬의 …

13 linear-algebra  matrix  lapack  rank  matrix-factorization