전산 과학

PETSc가 Mat있고 상태 번호를 추정하고 싶습니다.

15 petsc  linear-algebra 

특히 Gaussian 03으로 시작했지만 GAMESS-US로 계속되는 B3LYP 관련 작업을 확장하고 싶습니다. 기본 B3LYP 방법으로 제공되는 에너지는 동일하지 않습니다. 이에 대한 설명은 GAMESS-US 매뉴얼 (추가 정보 섹션)에 있습니다. GAMESS의 B3LYP는 VWN5 전자 가스 상관 기능에 부분적으로 기초합니다. VWN 논문에서 국소 상관에 대해 언급 된 두 가지 가능한 매개 변수가있는 5 개의 …

15 computational-chemistry  density-functional-theory 

반도체 시뮬레이션에서 방정식이 정규화되어 값이 정규화되는 것이 일반적입니다. 예를 들어, 극단적 인 경우 반도체의 전자 밀도는 18 배 이상 변할 수 있으며 전기장은 6 (또는 그 이상) 자릿수 이상으로 형태가 변할 수 있습니다. 그러나 논문은 실제로 이것을하는 이유를 제공하지 않습니다. 개인적으로 나는 실제 단위로 방정식을 다루는 것을 기쁘게 생각합니다.이를 수행하는 …

15 pde  condition-number  scaling 

계산 물리학의 맥락에서 거대한 희소 행렬의 고유 값 계산을 수행하는 더 큰 코드를 개발 중입니다. 고유 값은 분석적으로 잘 알려져 있기 때문에 간단한 고조파 발진기에 대해 일차원으로 테스트합니다. 그렇게하고 내 자신의 루틴을 SciPy의 빌트인 솔버와 비교하면서 아래 그림에 표시된 이상한 점을 발견했습니다. 여기에서 처음 100 개의 숫자로 계산 된 고유 …

15 python  sparse-matrix  numpy  eigenvalues 

때로는 코드를 최적화하는 동안 코드의 특정 부분에 시간을 내야 할 필요가 있지만 몇 년 동안 다음을 사용했지만 더 간단하고 더 나은 방법이 있는지 궁금합니다. call system_clock(count_rate=clock_rate) !Find the time rate call system_clock(count=clock_start) !Start Timer call do_something_subroutine !This is what gets timed call system_clock(count=clock_stop) ! Stop Timer e_time = real(clock_stop-clock_start)/real(clock_rate)

15 optimization  fortran  profiling 

나는 수치 적으로 정수의 형태를 수행하려고 할 때 일화 적으로 들었습니다. ∫∞0에프( x ) J0( x )d x∫0∞에프(엑스)제이0(엑스)디엑스\int_0^\infty f(x) J_0(x)\,\mathrm{d}x 와 (등, 예를 들어, 매우, 진동 정칙 그 자체를) 부드럽게 잘 행동, 그것은 정확도로 재 작성하는 데 도움이 될 것입니다에프( x )에프(엑스)f(x) 1π∫π0∫∞0에프( x ) cos( x 죄θ )d xd …

15 quadrature  special-functions 

데이터 세트 x1,x2,…,xkx1,x2,…,xkx_{1}, x_{2}, \ldots, x_{k} 있고 합계 k를 최소화하도록 매개 변수 을 찾고 싶습니다. ∑ i = 1 | m - x i | . 그건mmm∑i=1k∣∣m−xi∣∣.∑i=1k|m−xi|.\sum_{i=1}^{k}\big|m-x_i\big|. minm∑i=1k∣∣m−xi∣∣.minm∑i=1k|m−xi|.\min_{m}\sum_{i=1}^{k}\big|m-x_i\big|.

15 optimization  convex-optimization 

정확히 카운터 포이즈 보정이란 무엇입니까? 필요한시기와 이유를 설명 할 수 있습니까?

15 computational-chemistry  basis-set 

구조화 된 격자 형식의 두 개의 VTK 파일이 있다고 가정합니다. 구조화 된 그리드는 동일하며 (동일한 순서로 포인트 목록이 동일 함) 각 VTK 파일에서 필드를 "Phi"라고합니다. 동일한 구조화 된 그리드로 세 번째 VTK 파일을 다시 만들고 첫 번째 VTK 파일의 Phi와 두 번째 VTK 파일의 Phi의 차이 인 필드를 플로팅하려고합니다. 이 …

15 visualization  vtk 

5 차원 모집단 균형 모델을 수치 적으로 해결하기 위해 코드를 병렬화하고 있습니다. 현재 FORTRAN에 매우 좋은 MPICH2 병렬 코드가 있지만 매개 변수 값을 늘리면 배열이 너무 커서 분산 메모리 모드에서 실행할 수 없습니다. 각 노드에는 2 개의 8 코어 CPU와 128GB RAM이있는 15 개의 노드가있는 클러스터에 액세스 할 수 있습니다. …

14 parallel-computing  fortran  numerics  mpi  compiling 

다양한 외부 힘에 대해 Langevin 방정식을 시뮬레이션하고 있습니다. C의 출처는 내 결과에 편견 rand()을 stdlib.h가져올 수 있다고 말하면서 Mersenne Twister를 사용하고 있습니다. 그럼에도 불구하고, 선형 합동 발생기가 시뮬레이션에서 어떤 종류의 오류를 유발할 수 있는지 정확히 알고 싶습니다. 이것들은 내가 시도한 것입니다. 초평면을보기 위해 3D 랜덤 튜플을 생성합니다. 나는 아무것도 볼 …

14 computational-physics 

두 개의 공간 차원과 시간 계산으로 두 개의 결합 된 PDE 시스템을 해결하고 있습니다. 함수 평가는 비용이 많이 들기 때문에 다단계 방법을 사용하고 싶습니다 (Runge-Kutta 4-5를 사용하여 초기화). 5 개의 이전 함수 평가를 사용하는 Adams-Bashforth 방법의 전역 오류는 (이것은 아래 참조 된 Wikipedia 기사에서 경우 )이며 단계 당 하나의 함수 …

14 pde  algorithms  finite-element  error-estimation 

임의의 정방 행렬을 반전시키는 두 가지 반복 방법을 비교하고 있습니다. 행렬은 임의적이기 때문에 모든 테스트 사례는 다른 반복 횟수와 다른 경과 시간을 모두 사용합니다. 내 질문은 평균 CPU 시간 외에도 두 방법 모두 방법을 비교하는 데 유용한 정보로 얻은 반복 평균 값입니다.

14 performance  benchmarking 

현재 박사 학위 논문을 쓰고 있습니다. 나는 이전에 사용되지 않은 소프트웨어 엔지니어링 모범 사례를 적용하면서 기존 과학 코드를 정리하고 확장하는 박사 학위의 상당 부분을 논문에 쓰려고했습니다. 단순히 "단위 테스트를 추가했습니다"라고 말하지 않고 다음과 같이 작성할 수 있기를 원합니다. J. Doe는 1975 년에 단위 테스트를 발명했다 [ 23 ] . Bloggs에 …

14 reference-request 

여기 누구든지 파이썬을 통해 차세대 (예 : K20) GPU와 함께 배정도 과학 컴퓨팅을 사용 했습니까? 이 기술이 빠르게 발전하고 있음을 알고 있지만 현재이를 수행하는 가장 좋은 방법은 무엇입니까? GPU는 인기있는 과학 Python 라이브러리 numpy 및 scipy의 범위를 벗어 났으며 theano를 사용하고 싶었지만 GPU에는 float32 정밀도 만 사용하는 것 같습니다. 나는 …

14 python  gpu  precision