«algorithms» 태그된 질문

CFD에서 모든 과제를 수행하기 위해 프로그래밍 언어로 파이썬을 사용하기 시작했습니다. 프로그래밍 경험이 거의 없습니다. 저는 기계 공학 분야 출신이며 항공 우주 공학 분야의 고등 교육을 추구하고 있습니다. 때때로 CFD의 컴퓨팅 측면은 방정식을 조작하거나 수학을 수행하는 것보다 지루합니다. 프로그램을보다 빠르게 실행시키는 일반적인 지침은 무엇입니까? 병렬 처리를 수행하는 요령은 무엇입니까? 더 빨리 …

16 algorithms  python  fluid-dynamics 

특히 이기종 Helmholtz에 대한 멀티 레벨 역 기반 ILU 프리 컨디셔너 의 직렬 성능에 깊은 인상을 받았지만 오픈 소스 구현을 찾을 수 없다는 것에 놀랐습니다. 특히, ILUPACK 은 바이너리를 학자에게 무료로 제공하지만 소스 코드를 공개하지는 않습니다. 아무도 그들의 구현을 오픈 소스 화하지 않은 경우가 실제로 있습니까?

15 pde  algorithms  linear-solver  libraries  preconditioning 

두 개의 공간 차원과 시간 계산으로 두 개의 결합 된 PDE 시스템을 해결하고 있습니다. 함수 평가는 비용이 많이 들기 때문에 다단계 방법을 사용하고 싶습니다 (Runge-Kutta 4-5를 사용하여 초기화). 5 개의 이전 함수 평가를 사용하는 Adams-Bashforth 방법의 전역 오류는 (이것은 아래 참조 된 Wikipedia 기사에서 경우 )이며 단계 당 하나의 함수 …

14 pde  algorithms  finite-element  error-estimation 

3D로 수백만 개의 데이터 포인트로 실행되는 데이터 세트가 있습니다. 내가하고있는 계산을 위해서는 반경의 각 데이터 점에 대한 이웃 (범위 검색)을 계산하고 함수를 맞추고 적합에 대한 오류를 계산하고 다음 데이터 점에 대해 이것을 반복해야합니다. 내 코드는 제대로 작동하지만 데이터 포인트 당 약 1 초가 걸리는 데 시간이 오래 걸립니다! 각 포인트마다 …

14 algorithms  data-structures  nearest-neighbors  spatial-data 

두 벡터 사이의 각도에 대한 고전적인 공식을 적용 할 때 : α=arccosv1⋅v2∥v1∥∥v2∥α=arccos⁡v1⋅v2‖v1‖‖v2‖\alpha = \arccos \frac{\mathbf{v_1} \cdot \mathbf{v_2}}{\|\mathbf{v_1}\| \|\mathbf{v_2}\|} 매우 작거나 예각 인 경우 정밀도가 떨어지고 결과가 정확하지 않다는 것을 알 수 있습니다. 이 스택 오버플로 답변에 설명 된 것처럼 한 가지 해결책은 대신 아크 탄젠트를 사용하는 것입니다. α=arctan2(∥v1×v2∥,v1⋅v2)α=arctan⁡2(‖v1×v2‖,v1⋅v2)\alpha = \arctan2 …

14 algorithms  precision  numerical-limitations 

과학 컴퓨팅에 사용되는 많은 알고리즘은 수학적으로 덜 집중적 인 형태의 소프트웨어 엔지니어링에서 일반적으로 고려되는 알고리즘과는 다른 고유 구조를 가지고 있습니다. 특히, 개별 수학적 알고리즘은 종종 수백 또는 수천 줄의 코드를 포함하는 매우 복잡한 경향이 있지만 그럼에도 불구하고 상태를 포함하지 않으며 (즉, 복잡한 데이터 구조에 영향을 미치지 않음) 프로그래밍 방식의 관점에서 …

13 algorithms 

수치 안정성을 희생하지 않고 큰 희소 행렬에서 행렬 연산을 수행하는 라이브러리를 찾고 있습니다. 행렬은 1000+ x 1000+이고 행렬 값은 0과 1000 사이입니다. 인덱스 미적분 알고리즘을 수행 하므로 행렬의 행 벡터를 연속적으로 생성합니다. 각 행을 개발할 때 선형 독립성을 테스트해야합니다. 원하는 수의 선형 독립 벡터로 행렬을 채우면 행렬을 줄 바꿈 형태로 …

12 linear-algebra  algorithms  matrix 

3D 포인트의 들로네 테셀레이션에 해당하는 그래프를 열거하는 알고리즘이 있습니까? 그렇다면 "Delaunay 그래프"에 해당하는 형상의 효율적인 매개 변수화가 있습니까? 결합 등에 대한 사전 지식없이 지정된 조성의 분자의 모든 안정한 기하학을 체계적으로 열거하려고합니다. 편집 : 은 N 꼭짓점 이있는 그래프 세트입니다 . 하자 D를 : R 3 N → G N은 지도 …

12 algorithms  computational-chemistry  delaunay-triangulation 

다음과 같은 적분 변환을 수치 적으로 반전하려고합니다. 에프( y) = ∫∞0와이특급[ − 12( y2+ x2) ] 나0( x y) f( x )d xF(y)=∫0∞yexp⁡[−12(y2+x2)]I0(xy)f(x)dxF(y) = \int_{0}^{\infty} y\exp{\left[-\frac{1}{2}(y^2 + x^2)\right]} I_0\left(xy\right)f(x)\;\mathrm{d}x 따라서 주어진 f ( x ) 를 근사해야합니다 .에프( y)F(y)F(y)에프( x )f(x)f(x) 및 F ( y ) 는 실수이고 양수입니다에프( x …

11 algorithms  numerical-analysis  approximation  inverse-problem 

촐레 스키 분해 정리 상태 그래서 어느 것이 실제 대칭 포지티브 한정 행렬 촐레 스키 분해를 갖는 M = L L ⊤ L은 하 삼각 행렬이다.MMMM=LL⊤M=LL⊤M= LL^\topLLL 주어지면 Cholesky factor L 을 계산하는 빠른 알고리즘이 있다는 것을 이미 알고 있습니다 .MMMLLL 지금, 나는이 직사각형 주어진 가정 행렬 , 나는 것을 …

11 linear-algebra  algorithms 

안녕하세요 scicomp 커뮤니티, NetworkX (Python), JUNG 및 YFiles (Java) 와 같은 프레임 워크를 사용하여 그래프 알고리즘 분야에서 일했습니다 . 나는 지금 병렬 및 고성능 컴퓨팅 영역으로 들어가고 있습니다. 새 프로젝트의 경우 다음 기능을 갖춘 C ++ 그래프 라이브러리를 찾고 있습니다. 알고리즘 개발을 가능하게하는 직관적 인 인터페이스 동적 작업 지원 : …

11 algorithms  parallel-computing  libraries  graph-theory 

단일 mpi_allgather 작업 또는 하나의 mpi_scatter 및 하나의 mpi_gather 작업을 사용하여 병렬화 할 수있는 문제를 연구 중입니다. 이러한 작업은 while 루프 내에서 호출되므로 여러 번 호출 될 수 있습니다. MPI_allgather 스킴을 사용한 구현에서 중복 행렬 해석을 위해 모든 프로세스에 분산 벡터를 수집하고 있습니다. 다른 구현에서는 분산 벡터를 단일 프로세서 (루트 …

11 algorithms  complexity  mpi 

나는 큰 희소 행렬 (~ 2 백만 요소)의 Lanczos 대각선 화를하고 있습니다. Lanzcos 알고리즘의 거의 모든 단계는 Lanczos 행렬을 대각선으로 모아 수렴을 확인하는 것을 제외하고 GPU에서 병렬로 수행됩니다. 이를 위해 Numerical Recipes의 TQLI 알고리즘을 사용하고 있습니다. 평행하거나 쉽게 병렬화 할 수있는 3 각형 행렬의 고유 시스템을 찾는 방법이 있습니까? 병렬 …

11 linear-algebra  algorithms  eigensystem 

이것은 단순한 대칭 열거 문제입니다. 나는 여기에 완전한 배경을 제공하지만 양자 화학에 대한 지식은 필요하지 않습니다. 두 개의 입자 통합 이다 ⟨ I J | 케이 L ⟩ = ∫ ψ * I ( X ) ψ * J ( X ' ) ψ K ( X ) ψ (L) …

11 algorithms  performance 

질문 육면체 셀의 구조화되지 않은 메쉬와 관련하여 점 구름을 어떻게 정렬 하시겠습니까? 각 셀에는 센터와 셀을 나타내는 고유 한 레이블이 있습니다. 기본적으로 두 개의 구름 점 (원본 점 구름 및 셀 중심의 점 구름)이 있지만 셀 지오메트리 정보 (경계 상자)가 사용될 수 있습니다. 확실하지 않습니다. 결과 나는 몇 가지 질문을하고 …

11 algorithms  computational-geometry