«microarray» 태그된 질문

1000 개의 기능을 갖춘 마이크로 어레이 연구에서 랜덤 포레스트 알고리즘을 두 그룹의 강력한 분류 자로 사용하고 있습니다. 논문에서 재현 할 수 있도록 충분한 정보가있을 수 있도록 임의의 숲을 제시하는 가장 좋은 방법은 무엇입니까? 피처 수가 적을 경우 실제로 트리를 그리는 플롯 방법이 있습니까? 오류율의 OOB 추정치는 인용하기 가장 좋은 통계입니까?

75 r  machine-learning  classification  random-forest  microarray 

마이크로 어레이를 사용한 유전자 발현 연구에서, 강도 데이터는 정규화되어야 개체간에, 유전자 사이에서 강도를 비교할 수있다. 개념적이고 알고리즘 적으로 "양자 정규화"는 어떻게 작동하며 이것을 비 통계 전문가에게 어떻게 설명 하시겠습니까?

15 genetics  normalization  microarray 

이 포럼의 누군가가 유전자 발현 연구에서이 기본적인 문제를 해결해 줄 수 있기를 바랍니다. 나는 실험 조직과 대조 조직의 깊은 시퀀싱을했다. 그런 다음 대조군보다 실험 샘플에서 유전자의 배수 농축 값을 얻었습니다. 기준 게놈에는 ~ 15,000 개의 유전자가 있습니다. 15,000 개 유전자 중 3,000 개가 대조군과 비교하여 관심있는 샘플에서 특정 컷오프 이상으로 …

13 r  genetics  bioinformatics  microarray  biostatistics 

참고 :이 질문은 법적 이유로 인해 이전 질문을 삭제해야했기 때문에 다시 게시되었습니다. SAS의 PROC MIXED를 R lme의 nlme패키지 기능과 비교하는 동안 다소 혼란스러운 차이점을 발견했습니다. 구체적으로는, 다른 시험에서 자유도간에 상이 PROC MIXED하고 lme, 그리고 왜 생각해. 다음 데이터 세트에서 시작하십시오 (아래 제공된 R 코드). ind : 측정 대상을 나타내는 계수 …

12 r  mixed-model  sas  degrees-of-freedom  pdf  unbiased-estimator  distance-functions  functional-data-analysis  hellinger  time-series  outliers  c++  relative-risk  absolute-risk  rare-events  regression  t-test  multiple-regression  survival  teaching  multiple-regression  regression  self-study  t-distribution  machine-learning  recommender-system  self-study  binomial  standard-deviation  data-visualization  r  predictive-models  pearson-r  spearman-rho  r  regression  modeling  r  categorical-data  data-visualization  ggplot2  many-categories  machine-learning  cross-validation  weka  microarray  variance  sampling  monte-carlo  regression  cross-validation  model-selection  feature-selection  elastic-net  distance-functions  information-theory  r  regression  mixed-model  random-effects-model  fixed-effects-model  dataset  data-mining 

이 기사 에서 다음과 같은 이식편을 가져옵니다 . 부트 스트랩을 사용하고 R boot패키지가있는 선형 혼합 모델을 위해 파라 메트릭, 반 파라 메트릭 및 비 파라 메트릭 부트 스트랩 부트 스트랩을 구현하려고 초보자 입니다. R 코드 내 R코드 는 다음과 같습니다 . library(SASmixed) library(lme4) library(boot) fm1Cult <- lmer(drywt ~ Inoc + …

9 r  mixed-model  bootstrap  central-limit-theorem  stable-distribution  time-series  hypothesis-testing  markov-process  r  correlation  categorical-data  association-measure  meta-analysis  r  anova  confidence-interval  lm  r  bayesian  multilevel-analysis  logit  regression  logistic  least-squares  eda  regression  notation  distributions  random-variable  expected-value  distributions  markov-process  hidden-markov-model  r  variance  group-differences  microarray  r  descriptive-statistics  machine-learning  references  r  regression  r  categorical-data  random-forest  data-transformation  data-visualization  interactive-visualization  binomial  beta-distribution  time-series  forecasting  logistic  arima  beta-regression  r  time-series  seasonality  large-data  unevenly-spaced-time-series  correlation  statistical-significance  normalization  population  group-differences  demography